In 1810 waren er te Utrecht twee stedelijke gevangenissen: het tuchthuis in het voormalige S. Nicolaasklooster in de Tuchthuissteeg en de gevangenis op het stadhuis. Het tuchthuis was een stedelijke instelling. Het zou volgens koninklijk dekreet van 1810 bij de nieuwe organisatie van de rechterlijke macht door het rijk worden overgenomen, maar stond nog onder het beheer van het stadsbestuur. Het diende tot onderbrenging van personen die waren veroordeeld door het stedelijk gerecht, door het departementaal gerechtshof, door gerechten van andere steden en door militaire vierscharen.

Het gevangenisgebouw zelf was zeer uitgebreid. Het omvatte 24 kamers en een strafhok voor de mannen en twee kamers, een ziekenkamer en een slaapvertrek voor de vrouwen. Een apart gedeelte was ingericht als barakken voor veroordeelde militairen. In totaal konden meer dan 100 gevangenen worden geherbergd. De mannen, die met tweeën of meer in een kamer waren ondergebracht, werden van tijd tot tijd op de binnenplaats gelucht. De vrouwen verbleven overdag in een gemeenschappelijke ruimte. Er waren ook gevangenen die geheel afgezonderd van de anderen waren geplaatst: veelal waren dit personen die op wens en kosten van de familie werden gedetineerd.

Alle gevangenen waren verplicht om zoveel als mogelijk met spinnen de kost te verdienen. Men droeg alle mogelijke zorg voor de gezondheid van de gedetineerden en door godsdienstig onderwijs beoogde men hen zedelijk te verheffen.

Onder toezicht van het stedelijk gerecht werd het bestuur van het gesticht uitgeoefend door de inwonende tuchthuisvader. Deze genoot een jaarlijks traktement van 1.000 gulden van het rijk, waarvan hij 300 gulden moest betalen aan het stadsbestuur als huur voor zijn dienstwoning. Het rijk betaalde ook zijn drie knechten, die ieder 150 gulden ontvingen. Daarnaast had hij nog twee meiden en iemand voor de boodschappen in dienst. De op de tweede verdieping van het stadhuis aangebrachte gevangenishokken dienden tot onderbrenging van kriminele gevangenen die nog moesten worden gevonnist, hetzij door het departementaal gerechtshof, hetzij door het stedelijk gerecht. Ook civiele gegijzelden werden hierin ondergebracht. In de verschillende vertrekken en cachots was plaats voor 46 gevangenen. Aan het hoofd van de gevangenis stond een cipier, die een jaarwedde ontving van 600 gulden, zonder verdere emolumenten. Hij moest voor voedsel en onderhoud zorgen, terwijl de stad jaarlijks 36 zakken turf en 50 pond kaarsen leverde. Hij was niet verplicht knechten te houden. De gijzelkamer of maison d'arret ressorteerde onder het departementaal bestuur. Zij diende tot opsluiting van nalatige rekenplichtigen, achterstallige belastingbetalers of van gezeten burgers, die van misdaad werden verdacht, maar tegen wie nog geen apprehentie corporeel (inhechtenisneming) was verleend. Deze afdeling telde vier kamers, die overigens zelden alle bezet waren.

Nog in de napoleontische tijd werden plannen uitgewerkt om de gevangenis op het stadhuis te doen inrichten als maison de police municipale, maison d'arret en maison de justice. De departementale gijzelkamer werd bestemd tot maison de correction voor kortgestraften. Misdadigers, berecht voor het Hof van Assizen, zouden worden opgesloten in het tuchthuis.

Het Koninklijk Besluit van 4 november 1821 nr. 16 vereiste de oprichting in de hoofdplaatsen der provincies van burgerlijke en militaire huizen van verzekering. Door het verbouwen van het stadhuis in 1824 kon de gevangenis voor de rechtbank van eerste aanleg van het arrondissement Utrecht daar niet langer blijven. Het werd met het provoosthuis verenigd in het tuchthuis. Hiertoe was het tuchthuis uitgebreid met een deel van een kazerne, de zogenaamde Claasbarak. De aanwezige kriminele gevangenen bracht men over naar Den Bosch. De naam van het gewezen tuchthuis werd veranderd in verenigd huis van arrest en provoosthuis. Bij het Koninklijk Besluit van 27 juli 1839 kreeg deze gevangenis de naam van burgerlijk en militair huis van verzekering.

In 1852 werd een aanvang gemaakt met de bouw van een cellulaire gevangenis. Tot dat einde was door het rijk het bolwerk Wolvenburg van de gemeente aangekocht voor de som van 14.000 gulden. De cellulaire gevangenis, voorlopig alleen bestemd voor veroordeelden tot eenzame opsluiting en voor gegijzelden om schulden, bevatte 116 cellen en werd op 1 juli 1856 in dienst gesteld. Het bouwvallig huis van burgerlijke en militaire verzekering zou nog slechts een paar jaren zijn tegenwoordige bestemming moeten dienen en dan vervangen worden door het aanbouwen van een vleugel bij de cellulaire gevangenis.

Het politiehuis, bestemd als huis van bewaring van veroordeelden wegens overtredingen strafbaar gesteld in het vierde boek van de Code Pénal en in plaatselijke strafverordeningen, werd opgeheven bij beschikking van de minister van Justitie van 14 juni 1861, 4e afdeling nr. 132. In het huis van verzekering werden op last van de minister enige lokalen tot kantonnale gevangenis ingericht. Deze verandering voerde men in juli 1861 in.

Opheffing van een aantal provinciale gerechtshoven en arrondissementsrechtbanken leidde er toe dat bij Koninklijk Besluit van 19 september 1877 nr. 24 het burgerlijk en militair huis van verzekering werd opgeheven en bestemd tot huis van arrest en huis van bewaring. Bij een volgend Koninklijk Besluit van 11 juni 1886 nr. 30 werd het huis van arrest en van bewaring huis van bewaring en de cellulaire gevangenis strafgevangenis en tevens hulphuis van bewaring. Op 1 november 1897 werd het nieuwe huis van bewaring gelegen aan de Gansstraat in gebruik genomen. Het oude gebouw werd overgedragen aan de gemeente Utrecht.

In de periode 1940-1945 had de bezetter onder andere de gevangenis aan het Wolvenplein en het huis van bewaring aan de Gansstraat geannexeerd. Deze deden respektievelijk dienst als Deutsche Untersuchungs- und Strafgefängnis en Kriegswehrmachtgefängnis. Laatstgenoemde instelling ressorteerde onder de Wehrmacht, terwijl de overige gevangenissen binnen het ressort van de Duitse politie vielen. Na de laatste reorganisatie van het gevangeniswezen zijn in Utrecht gevestigd: het huis van bewaring aan het Wolvenplein en de psychiatrische observatiekliniek aan de Gansstraat. Deze laatste instelling is in 1949 opgericht en heeft formeel de status van huis van bewaring.