Op 5 november 1979 richtte het Humanistisch Verbond de Stichting HVO op. Vanaf haar oprichting in 1979 is de Stichting HVO voornamelijk werkzaam op inhoudelijk gebied met het opleiden en begeleiden van leraren humanistisch vormingsonderwijs (hvo). De invloed van het Verbond op de Stichting HVO verminderde in de loop der jaren. Alleen bij het benoemen van het bestuur heeft het HV nog zeggenschap. Bij de statutenwijziging in 1993 richtte de stichting zich niet alleen op het basisonderwijs, maar ook op het voortgezet en beroepsonderwijs en veranderde de naam in Pedagogisch Studiecentrum HVO (PSC HVO). Met ingang van 1999 worden de activiteiten van PSC HVO als langlopend project van het Algemeen Pedagogisch Studiecentrum (APS) aangeboden. Op 14 juli 2003 werden de statuten voor het laatst aangepast aan de ontwikkeling van de stichting. De nieuwe naam is sindsdien Stichting HVO.
Het doel van de stichting wordt als volgt in de statuten beschreven: De stichting heeft tot doel om zonder winstoogmerk, binnen het kader van de Humanistische Alliantie, onderwijs en opvoeding in humanistisch perspectief te bevorderen. Daarnaast heeft de stichting als bijzonder doel om zonder winstoogmerk, binnen het kader van de Humanistische Alliantie, levens- en wereldbeschouwelijke vorming in humanistisch perspectief duurzaam te bevorderen.
In 1989 is in samenwerking met de SLO (Stichting Leerplanontwikkeling) een uitvoerig Leerplan hvo voor het basisonderwijs tot stand gebracht. In 1999 ontstond als samenwerkingsproject van de Stichting HVO en de Universiteit voor Humanistiek de verbrede lerarenopleiding van de eerstegraad Humanistisch vormingsonderwijs en levensbeschouwing. Ter versterking van dit samenwerkingsproject werd door de Stichting HVO een leerstoel. Theorie en praktijk van educatie in humanistisch perspectief, in het bijzonder van humanistisch vormingsonderwijs, gevestigd aan de Universiteit voor Humanistiek.