Sinds de opkomst van universiteiten in de Middeleeuwen hebben deze altijd een theologische faculteit gehad, die met name fungeerde voor de opleiding van priesters.

Na de Reformatie bleven de drie theologische faculteiten de aangewezen opleiding voor het ambt van predikant in de Nederduitse Gereformeerde Kerk. In 1816 werd de naam van deze organisatie officieel Nederlandsche Hervormde Kerk en naderhand (bij een nieuwe spelling) Nederlandse Hervormde Kerk. Op 12 december 2003 hebben de Generale Synode van de Nederlandse Hervormde Kerk, de Generale Synode van de Gereformeerde Kerken in Nederland, en de synode van de Evangelisch-lutherse kerk in het koninkrijk der Nederlanden besloten de aan hun zorg en leiding toevertrouwde kerken te verenigingen in de Protestantse kerk in Nederland. Op 1 mei 2004 zijn deze genoemde kerken opgegaan in de Protestantse Kerk in Nederland (PKN).

De faculteiten der godgeleerdheid aan de drie rijksuniversiteiten - Leiden, Utrecht, Groningen - zijn gesticht als opleidingen voor de ‘Dienaren des Woords’ van de Nederlandse Hervormde Kerk. Na de scheiding tussen Kerk en Staat in 1795 is de Hervormde Kerk gebruik blijven maken van deze faculteiten.

Na de bevrijding van het Franse bewind werd Willem I koning van het Verenigd Koninkrijk der Nederlanden. De koning hield zich ook bezig met kerkelijke vraagstukken. Hij liet in 1814 zijn ambtenaar J.D. Jansen een plan uitwerken voor de reorganisatie van het bestuur voor de kerk. Op 7 januari 1816 werd het ‘Algemeen Reglement voor het bestuur der Nederlandsche Hervormde Kerk in het Koningrijk der Nederlanden’ bij Koninklijk Besluit goedgekeurd. Door vele kerkleden werd dit gezien als een ongewenste inmenging van de koning in kerkzaken. Vanuit de universiteit in Leiden rees hiertegen verzet, zonder direct resultaat. Dit verzet leidde in de behoudende hoek in 1834 tot de afzetting van Hendrik de Cock, predikant in Ulrum. De beweging die hieruit ontstond wordt de Afscheiding genoemd en op meerdere plaatsen in Nederland werden predikanten uit hun ambt of in de gevangenis gezet. In 1886 vond tijdens de Doleantie een nieuwe afscheiding plaats onder leiding van de Amsterdamse predikant Abraham Kuyper, een antirevolutionaire politicus en journalist. Uit de samenvoeging van de dolerende kerken en de kerken die ontstaan waren uit de Afscheiding van 1834 ontstonden in 1892 de Gereformeerde Kerken in Nederland.

Tussen 1842 en 1870 werd de directe bemoeienis van de overheid met het kerkelijk bestuur geleidelijk opgeheven. Omdat de kerkelijke tucht ontbrak gingen de gemeenten zelf naar eigen normen een vorm van privétucht oefenen door op de kansel predikanten toe te laten die voldeden aan de criteria die men zelf stelde.

Rond de eeuwwisseling (1929 tot 1939) werden verschillende plannen voor reorganisatie van het kerkelijk bestuur opgesteld. Pas tijdens de Tweede Wereldoorlog kwam het tot een doorbraak wat resulteerde in het vaststellen van de kerkorde 1951.

Voor de opleiding van predikanten werden in de kerkorde uitvoerige bepalingen gegeven. De grondgedachte was dat voor de ‘Dienaren des Woords’ een universitaire theologische opleiding vereist was.

In 1990 zijn er belangrijke verstrekkende beslissingen genomen. Sinds de 19e eeuw werd de opleiding van toekomstige predikanten uitgevoerd volgens het model van ‘duplex ordo’, dat wil zeggen dat een deel van de vakken die bestudeerd moesten worden, werd verzorgd door de gewone (staatshoogleraren) van de theologische faculteiten en een ander deel van de vakken door de kerkelijke hoogleraren, die door de kerk zelf werden benoemd (zie inv.nrs. 76 t/m 83).

Bezwaren aan deze opleiding waren:
- de kerk kon slechts ten dele verantwoordelijkheid dragen voor de opleiding;
- de kerkelijke vakken hadden door hun speciale inhoud niet de kans gekregen zich te ontwikkelen tot volwaardige vakken;
- de kerkelijke hoogleraren golden niet als gewone hoogleraren, zij waren geen stemhebbende leden van de faculteit, van onderwijscommissies of van examencommissies.

Op allerlei manieren is onderzocht op welke wijze men aan die bezwaren tegemoet zou kunnen komen. Een in maart 1990 ingestelde commissie Interkerkelijke Werkgroep Onderwijs en Onderzoek Theologie (IWOOT) moest rapport uitbrengen aan de synoden van de Nederlandse Hervormde Kerk en van de Gereformeerde Kerken in Nederland. In de opzet van dit plan zou de instelling van een hervormde universiteit een mogelijkheid zijn.

In 1999 is door de drie kerkgenootschappen besloten de opleiding te concentreren op drie plaatsen (Groningen, Utrecht en Leiden) en samenwerking aan te gaan met de universiteiten aldaar.