Op 12 december 2003 vonden in Utrecht vergaderingen plaats van de drie afzonderlijke synoden: de hervormde synode in de Jacobikerk, de gereformeerde synode in de Nicolaïkerk en de lutherse synode in de Evangelisch-Lutherse kerk. De synoden stemden na een proces van ruim 40 jaar (gerekend vanaf de oproep van de Achttien) in met defnitieve vereniging van hun kerkgemeenschappen. Op dezelfde avond werd dit feit gevierd in de Domkerk in Utrecht, in het bijzijn van koningin Beatrix, minister Donner van Justitie en kardinaal Simonis. Bij deze gelegenheid ondertekenden de drie synodevoorzitters de ‘Verklaring van Vereniging van de Nederlandse Hervormde Kerk, de Gereformeerde Kerken in Nederland en de Evangelisch-Lutherse Kerk in het Koninkrijk der Nederlanden’. Een deel van de generale synode van de Nederlandse Hervormde Kerk kon zich niet vinden in de fusie. De stemming in de hervormde synode werd slechts op het nippertje gewonnen door de voorstanders met 51 tegen 24 stemmen. Voor dit ingrijpende besluit was minimaal een meerderheid van 2/3 van de uitgebrachte stemmen vereist. Wanneer 26 synodeleden tegen het verenigingsbesluit hadden gestemd, was de fusie niet doorgegaan. Op 1 mei 2004 werd de vereniging offcieel beklonken. Na die datum behielden de gemeenten en/of kerken de vrijheid zich daadwerkelijk met hun plaatselijke fusiepartners te verenigen of afzonderlijk te blijven functioneren en samenkomen. De leden van de kerk behoren tot verschillende modaliteiten: hervormd-gereformeerd (16%), confessioneel (26 %), evangelisch (8%), modern-midden (42%) en vrijzinnig (8%).

De laatste gezamenlijke vergadering van synoden vond plaats op 11 maart 2004 en stelde voorlopige regelingen vast voor de synode van de Protestantse Kerk in Nederland:
- de huishoudelijke regeling voor de generale synode,
- de regeling voor de verkiezing van het moderamen en de kleine synode,
- de huishoudelijke regeling voor de kleine synode en
- de instructie voor de commissies van rapport.
De vergadering werd afgesloten met een inspirerende rede van de lutherse prof. dr. J.P. Boendermaker met als titel ‘Reisgenoten - Synode ooit en straks, omzien en verwachting’.