Bij de Staatsregelingen van 1798 en 1801 werd bepaald dat kerkelijke goederen eigendom blijven van plaatselijke hervormde gemeenten. Het toezicht op het beheer van deze goederen en fondsen werd provinciaal geregeld. Bij het nieuwe kerkelijk reglement van 1816 kreeg de staat rechtstreeks bemoeienis met het beheer van de goederen van de Nederlandse Hervormde Kerk *  . Deze bemoeienis bestond hieruit dat door de staat benoemde commissarissen en leden van Gedeputeerde Staten zitting hadden in deze zogenaamde Provinciale Colleges of Commissies van toezicht op de kerkelijke administratie. Daarnaast werd een bestuurscollege, de Algemene Synode ingesteld. Het toezicht op de provinciale colleges bleef voorbehouden aan de regering en de koning. Deze situatie veranderde in 1866, toen bij Koninklijk Besluit het toezicht op de provinciale colleges werd overgedragen aan een nieuw in te stellen Algemeen College van Toezicht op het beheer van de kerkelijke goederen en fondsen. Bepaald werd dat het College zou gaan bestaan uit veertien leden waarvan elf uit de provinciale colleges (die de gezamenlijke gemeenten in een provincie vertegenwoordigden) en drie aangewezen door de Algemene Synode *  .

In 1868 ontwierp het College een nieuw algemeen reglement op het beheer dat voorgelegd werd aan de gemeenten. Door ruim 800 gemeenten werd dit aangenomen terwijl ruim 400 gemeenten kozen voor een vorm waarbij beheerders geen verantwoording hadden af te leggen aan een "hoger college". Dit wordt ook wel "vrij" of "eigen beheer", vanaf 1951 "oud toezicht" genoemd. Aansluiting geschiedde op vrijwillige basis. Dit algemeen reglement werd op 17 juni 1870 door een nieuw bij Koninklijk Besluit ingesteld College van Toezicht vastgesteld en ter kennis van de Regering gebracht. Op 21 juli daaraan volgend trad het in werking. Het College kreeg de bevoegdheid bepalingen van een plaatselijk reglement die in strijd waren met het algemeen reglement te schorsen of te vernietigen. Daarnaast werd het College beroepsinstantie inzake besluiten van de provinciale colleges. De kosten voor bestuur en administratie van het algemeen college kwam voor rekening van de classes. De overige inkomsten kwamen uit een stelsel van een vaste bijdrage of omslag ("quotisatie") van de kerkvoogdijen, geïnd door en via de provinciale colleges. Als kascommissie van het college fungeerde een zogenaamd "Huishoudelijk fonds" *  .

De constructie van scheiding van bestuur (synode-kerkenraad) en beheer (College van Toezicht-kerkvoogdij) was sinds 1825 regelmatig punt van discussie in de synode. Diverse malen werd door de synode getracht meer invloed op het beheer van de gemeenten te krijgen door het vast stellen van (ontwerp) regelgeving, echter zonder resultaat. Een en ander liep soms zo hoog op dat de kwestie in 1880 zelfs in de Eerste Kamer van de Staten Generaal aan de orde kwam *  .

In 1915 hadden circa 900 gemeenten zich onder het toezicht van het algemeen college gevoegd. Vanaf 1939 komt de kwestie bestuur en beheer weer ter sprake in de synode en in het College van Toezicht. Door de synode werd in 1941 een zogenaamde Commissie Bestuur en Beheer ingesteld met de opdracht een regeling tot stand te brengen voor het beheer van de kerkelijke financiën, zowel op lokaal als bovenplaatselijk niveau, inclusief de circa 600 in die tijd bestaande "vrije" gemeenten.

Pas in 1951 kwam met het in werking treden van de nieuwe Kerkorde een regeling tot stand. In de Kerkorde werd de scheiding tussen bestuur en beheer opgeheven met als gevolg dat kerkvoogden als ouderling-kerkvoogd deel kunnen uitmaken van de kerkenraad en de synode in die situaties bevoegd is inzake (het toezicht op) het beheer. Daartoe werd door en namens de synode een Generaal College van Toezicht ingesteld. Gemeenten (kerkvoogdijen) werden vrij gelaten om al dan niet tot dit "nieuw beheer" en nieuwe toezicht toe te treden. In de overgangsbepalingen van de Kerkorde ontstond toen de situatie dat er drie verschillende kerkvoogdijen waren: onder het nieuwe toezicht (1), onder het oude toezicht (2) en met "vrij beheer" (3). Het College stemde met de instelling van het Generaal College van Toezicht in *  . Aldus ontstond ook de situatie dat in iedere provincie naast de bestaande provinciale colleges onder het oude toezicht aparte provinciale colleges van toezicht onder het nieuwe toezicht gingen functioneren. Gemeenten onder het nieuwe toezicht kwamen hieronder te vallen en de provinciale colleges ressorteerden weer onder het Generaal College van Toezicht *  .

Daarnaast trad op 1 augustus 1952 een door het College vastgesteld additioneel artikel op het algemeen reglement in werking waarbij de mogelijkheid werd geschapen dat een kerkvoogdij zich los zou kunnen maken van het algemeen reglement teneinde zich onder het nieuwe toezicht op basis van de Kerkorde te stellen *  . In de loop van de tijd maakten veel gemeenten, mede door fusies en het Samen-op-Weg proces (SoW), hier gebruik van. In 1962 bedroeg het aantal gemeenten onder het oude toezicht nog 450, 643 onder nieuw toezicht en 359 vrij beheer, dat wil zeggen geen toezicht op het beheer van geldmiddelen, kerkelijke goederen en fondsen. Mede door het SoW-proces vielen in 1990 nog slechts 179 gemeenten onder het oude toezicht. In de loop der jaren vond ook toenadering plaats met het Generaal College van Toezicht. Sinds de jaren tachtig was het College vertegenwoordigd in het bestuur van het Generaal College (vanaf de jaren negentig ook omgekeerd) en op 5 juli 1985 vond de eerste gezamenlijke vergadering plaats *  . Met de kerkordewijziging van 1991, waarbij de ordinanties 16 en 18 met betrekking tot het toezicht ingaande 1996 gingen gelden voor alle Hervormde gemeenten in Nederland (dus zowel die onder het oude, nieuwe of vrije toezicht), kwam ook een einde aan het College van Toezicht op het Beheer van de Kerkelijke Goederen en Fondsen van de Hervormde Gemeenten in Nederland *  .