Tijdens een conferentie voor inwendige zending op 10 augustus 1876 te Amsterdam kwam de wens naar voren om te komen tot oprichting van een vereniging, die de vervaardiging en verspreiding van evangelisatielectuur ter hand zou kunnen nemen. Onder leiding van ds. L. Lindeboom, predikant te Zaandam, later hoogleraar aan de Theologische School te Kampen, kwam het op 22 mei 1878 tijdens een vergadering van Zondagsschoolvereniging 'Jachin' in de Begijnekerk aan de Breestraat te Utrecht tot oprichting van het Gereformeerd Traktaatgenootschap 'Filippus'. Lindeboom was vijftig jaar lang voorzitter van het bestuur en is opgevolgd door andere hoogleraren van de Theologische Hogeschool te Kampen. Zijn opvolgers waren: prof. dr. T. Hoekstra (1928-1935), prof. dr. G.M. den Hartogh (1936-1958), prof. dr. J.T. Bakker (1959-1966) en prof. dr. J. Plomp (1968-1975). Plomp werd als voorzitter opgevolgd door het bestuurslid ds. W. Kats, de eerste niet-hoogleraar in die functie.

De naam van het genootschap is ontleend aan het bijbelverhaal uit Handelingen 8, waarin de 'evangelist' Filippus het evangelie verkondigde aan een hoge ambtenaar van de koningin van Ethiopië, belast met het beheer van haar schatkist. Deze 'minister van financiën' kwam na de uitleg van Filippus over een gedeelte uit het bijbelboek Jesaja tot geloof en werd vervolgens door Filippus gedoopt. Het verhaal eindigt met de woorden dat de hoge ambtenaar zijn weg vol blijdschap vervolgde (Handelingen 8:39). Dit gegeven geeft meteen de doelstelling van het traktaatgenootschap 'Filippus' weer: uitleg van de bijbel door het vervaardigen en verspreiden van evangelisatielectuur.

In de statuten van de Vereeniging Gereformeerd Tractaatgenootschap 'Filippus' is deze doelstelling als volgt geconcretiseerd: "vervaardiging en verspreiding van populaire Gereformeerde blaadjes en geschriftjes, bevattende a. kindertractaatjes; b. volksboekjes en c. volkslectuur. Onder c te verstaan boekjes en boeken van grooteren omvang, berekend op de behoeften, zoowel van het Christenvolk, vooral van de jongelingen, enz., als van de wereld; en boven den prijs van 20 cent; de uitgaven c worden niet gratis gezonden aan de leden. De uitgaven a en b dragen in den regel niet den naam des schrijvers; met die van c zal dit wel geschieden. Indien mogelijk, zal de arbeid zich verder uitbreiden tot uitgave van kerkboekjes met de Gereformeerde Belijdenisschriften, enz." (Koninklijk Besluit van 28 januari 1883 , nummer 27, gepubliceerd in de 'Nederlandsche Staats-Courant van dinsdag 13 maart 1883, nummer 60). Bij wijziging van de statuten in 1897 is deze doelstelling uitgebreid met herdrukken van schrijvers uit vroeger en later tijd, aanplakbiljetten tegen roepende zonden, tekstkaartjes, liederen, scheurkalenders, psalmboekjes met de gereformeerde liturgie en belijdenisschriften en "wat verder doelmatig mocht blijken". Naderhand zijn de statuten van de vereniging nog enkele malen gewijzigd. De doelstelling werd in de loop van de tijd verruimd tot het vervaardigen en verspreiden van gereformeerde lectuur. Zie voor de achtereenvolgende versies van de statuten in de periode 1883-1937 inv.nr. 129.

Op 9 december 1998 machtigde de arrondissementsrechtbank te Utrecht de rechtspersoon om de vereniging om te zetten in een stichting, genaamd Stichting Gereformeerd Traktaatgenootschap Filippus. In de statuten van de nieuwe rechtspersoon is de doelstelling als volgt omschreven: "de vervaardiging en verspreiding van christelijke lectuur die is gebaseerd op de Bijbel en het belijden van de kerk. De stichting beoogt niet het maken van enig vermogensvoordeel." Zie hiervoor inv.nr. 151.

Leden van de vereniging waren oorspronkelijk kerkenraden, commissies, verenigingen, mannen, vrouwen, jongelingen en jongedochters die instemmen met grondslag en doel van de vereniging. Na de omzetting van de vereniging in een stichting werden de toen nog ingeschreven leden donateurs van de stichting.

In 1878 begon de vereniging klein, namelijk met 111 contribuanten. In 1920 was zij uitgegroeid tot een vereniging van 4600 contribuanten. Na de Tweede Wereldoorlog was de vereniging uitgegroeid tot meer dan 10.000 leden. Daarnaast werd zij gesteund door honderden plaatselijke gereformeerde kerken, evangelisatiecommissies en zondagsscholen. Het werk werd financieel mogelijk gemaakt door contributies, giften en legaten.

Van 1880 tot en met 1952 hield de vereniging algemene ledenvergaderingen op verschillende plaatsen in het land. Daar werden referaten gehouden over onderwerpen die betrekking hebben op het evangelisatiewerk. De vereniging was daarmee niet alleen uitgever van traktaten, maar ook een forum voor bespreking van de vele vragen op het gebied van de verkondiging van het evangelie aan buitenkerkelijken.

In de Tweede Wereldoorlog werd om verschillende redenen veel van het werk stilgelegd: de publikatie van het boekje 'Doorvechten' van ds. E.I.F. Nawijn had namelijk het ongenoegen van de Gestapo gewekt. Zie hiervoor het jubileumboek in inv.nr. 387, p. 70. Ook de papierschaarste was oorzaak van het ontstaan van lacunes in de stroom van uitgaven.

Het traktaatgenootschap organiseerde-in samenwerking met zondagsschoolvereniging 'Jachin' en het Verband van Evangelisatiecommissies van de Gereformeerde Kerken in Nederland-congressen voor gereformeerde evangelisatie (1913, 1916 en 1946). De stukken van het laatste congres zijn te vinden in inv.nrs. 167 en 168. Zowel met 'Jachin' als met het Verband van Evangelisatiecommissies van de Gereformeerde Kerken in Nederland onderhield Filippus goede betrekkingen.

Aanvankelijk was het uitgeven van traktaten de belangrijkste opdracht van Filippus. Voor het bestuur was het vinden van schrijvers en schrijfsters, die geschikte kopij konden leveren, en het zoeken van wegen om de aldus verkregen lectuur weer af te zetten, belangrijke taken. In de loop van de jaren heeft Filippus een groot aantal traktaten uitgegeven. Zie hiervoor inv.nrs. 204-217. Drukkers van de publikaties waren P. Mobach te Breukelen (vanaf het begin), J.B. van de Brink te Zutphen en Uitgeverij Kok te Kampen. Nadien werden voor verschillende publikaties andere drukkers ingeschakeld. Het bestuur heeft tweemaal een korte periode (1978 en volgende jaren, alsmede 1998 en volgende jaren) samengewerkt met de Stichting Elisabethbode te Ruurlo.

Het bestuur was actief. Regelmatig waren er nieuwe plannen, maar er mislukte ook wel eens een initiatief. In dit verband kan de Recensie-bode genoemd worden, die gedurende een aantal jaren (1907-1911) verscheen. Zie hiervoor inv.nrs. 334-335. Na enige tijd bleek dat de bode, waarin recensies verschenen over goede volkslectuur, nauwelijks werd gelezen. Later gingen andere uitgevers door met vergelijkbare initiatieven.

De scheurkalender, waardoor Filippus vooral bekendheid heeft verkregen, verscheen voor het eerst in het jaar 1881. Deze uitgave is in de loop van de jaren in grote oplagen verschenen. Vanaf 1889 tot en met 1985 is een complete serie kalenders bewaard gebleven. Zie hiervoor inv.nrs. 232-323. Van deze kalender verscheen op verzoek van het Verband van Evangelisatie-commissies eveneens een goedkope uitgave onder de naam 'Zaadkorrels', waarvan enige tienduizenden per jaar tegen kostprijs hun weg vonden naar onder meer evangelisatie-commissies en zondagsscholen. Vanaf 1986 werd de vervaardiging van de scheurkalender gestaakt. Het Filippus-dagboek, dat vanaf 1978 verscheen, verving sinds 1986 de scheurkalender.

Onder de titel 'Levenswoorden' verschenen vanaf 1947 elke 14 dagen korte meditaties voor mensen die niet naar de kerk konden komen, zoals zieken, militairen, emigranten enz. Ook werden de meditaties gebruikt bij het evangelisatiewerk. Zie hiervoor inv.nrs. 337-353. Later verschenen de afzonderlijke onderwerpen per jaar in deeltjes. Zie hiervoor inv.nr. 354.

Omstreeks 1985 begon het bestuur met het publiceren van een serie brochures onder de titel 'kernvragen'; waarin onderwerpen over het christelijk geloof behandeld werden voor mensen, die vrijwel geen kennis van de bijbel hebben en wier relatie tot de kerk van onverschillig tot negatief is. Zie hiervoor inv.nr. 359.

Filippus heeft in de loop van haar bestaan ook andere publicaties verzorgd ten behoeve van de verbreiding van het Evangelie: folders, bijbelcursus, kinderboekjes, vele soorten tekstkaarten en boeken/boekjes voor bijvoorbeeld catechese, ziekenhuiswerk, mensen in het leger en in het bedrijfsleven. Zie hiervoor inv.nrs. 365-386 en 400-404.

Na het jubileum van 1953 (75-jarig bestaan van Filippus) kreeg het bestuur in Hattem op het adres Berkel 15 een kantoor met een administrateur, de heer R. J. Mulder, in 1962 opgevolgd door mevrouw J. Rietveld. In 1981 is het administratief centrum verplaatst naar een ruimte boven drukkerij Derksen in de Bloemstraat te Arnhem. Omdat deze drukkerij het drukwerk voor 'Filippus' verzorgde, werd aanvankelijk geaarzeld deze kantoorruimte te betrekken. Filippus zou te afhankelijk van haar drukkerij kunnen worden. Toen echter bleek dat het gebouw niet het eigendom van de drukkerij was, vond het bestuur dit geen bezwaar meer. Later betrok 'Filippus' het pand Bloemstraat 53 in Arnhem tegenover de drukkerij. Het Arnhemse kantoor is in 2002 opgeheven. De heer R. Schriemer heeft jarenlang (tot zijn plotselinge dood) leiding gegeven aan het bureau. Verder waren er werkzaam de dames M. L. van Oosten-de Koning, M. Vleeming-Schouten en mevrouw J. Raven (gedeeltelijk in deze periode, als notuliste) met mevrouw P. G. de Koning-Koopmans als oproepkracht.
In 2002 is de administratie verplaatst naar het woonadres van de secretaris/penningmeester de heer H. Hoogenhout te Baambrugge.

Door het ondertekenen van een overeenkomst werd in 2002 een samenwerkingsverband aangegaan met Uitgeversgroep Jongbloed B.V. te Heerenveen. Sindsdien is de stichting onderdeel van deze uitgeversgroep. Met deze samenwerking is Filippus een nieuwe fase ingegaan. De publicaties die in deze periode zijn verschenen zijn ook in de inventaris opgenomen. Zie hiervoor inv.nrs. 396-407.