In de vergadering van de Synode van de Nederlandse Hervormde Kerk van 25 juli 1946 komt de orgelcommissie voor het eerst aan de orde. De orgelcommissie is dan een onderdeel van de Raad voor Kerk en Eredienst. Er worden in deze vergadering zes personen tot lid van de commissie benoemd *  . In de Synodevergadering van 25 november 1947 wordt een ingekomen stuk behandeld waaruit blijkt dat de orgelcommissie haar opdracht teruggeeft. De synode besluit dan om de in 1946 benoemde commissie op te heffen en benoemt een nieuwe commissie van acht leden en een adviserend lid *  .

Het Hervormd Kerkelijk Vademecum noemt de orgelcommissie in 1948 en 1949 als een onderdeel van de Raad voor Kerk en Eredienst, maar ook in 1949 en in 1950 als een zelfstandige commissie *  . Ook in de adreslijst van de Nederlandse Hervormde Kerk uit 1950 staat de orgelcommissie geheel zelfstandig vermeld onder het opschrift 'commissies' en telt dan zeven leden, twee rapporteurs, een contactpersoon t.b.v. de Algemene Synodale Commissie en een contactpersoon t.b.v. de Bouw- en Restauratiecommissie *  . De handelingen van de synode berichten niets over de verzelfstandiging van de commissie, die in 1949 zijn beslag moet hebben gekregen. Het jaarverslag van de Orgelcommissie over 1958 bevat de zinsnede: '... voor einde 1959 o.a. naar aanleiding van haar 10-jarig bestaan ... ', terwijl in 1996 een symposium ter gelegenheid van het 50-jarig jubileum gehouden is.

De orgelcommissie vergaderde voor het laatst op 8 september 1999. Na een periode van voorbereiding trad de 'Commissie orgelzaken voor de Samen op Weg-kerken van de Vereniging van Kerkvoogdijen en het Landelijk verband van Commissies van Beheer waarin opgenomen de Hervormde orgelcommissie en de Gereformeerde orgelbouwadviescommissie' op 15 september 2001 officieel in werking.
De taken van de orgelcommissie waren geregeld in de kerkorde *  . Deze kerkorde verving in 1951 de zgn. 'Reglementenbundel' *  waarin niets over de orgelcommissie was opgenomen. In 1964 is voor de werkwijze van de orgelcommissie een afzonderlijke regeling vastgesteld, opgenomen in de Generale Regelingen bij de kerkorde *  (zie ook inv.nr. 67).

De taken zijn door de jaren heen weinig veranderd. De orgelcommissie moest door kerkelijke gemeenten worden ingeschakeld als men plannen maakte voor aankopen of restaureren van een orgel. Er mochten zelfs geen voorbereidende stappen worden gedaan, voordat advies en voorlichting gevraagd was van de orgelcommissie. Als er concrete plannen waren, werden die samen met kostenberekening en financieringsplan ter beoordeling voorgelegd aan de orgelcommissie. De commissie sprak zich erover uit of de gelden van de gemeente op een verantwoorde wijze besteed werden. Na het oordeel van de orgelcommissie besliste de provinciale kerkvoogdijcommissie, die toezicht moest houden, over de vraag of goedkeuring aan de plannen kon worden verleend *  .
Naast een voorzitter, secretaris en penningmeester was er een aantal gewone leden van de commissie. De commissie werd bijgestaan door adviserende leden, een deskundige (gecommitteerde voor orgelzaken) en adviseurs. Naast de secretaris van de commissie fungeerde ook een bureausecretaris. Men vergaderde als plenaire of als kleine orgelcommissie. Op een 'lijst van oude dossiers' uit 1976 zijn enkele subcommissies aangetroffen: Beoordelingscommissie (1945-1962), College van Advies (1948-1961), Plattegrondencommissie. Van deze commissies en van de ook bestaan hebbende Verwarmingscommissie zijn overigens geen stukken gevonden. Wel zijn stukken aangetroffen van de Artistieke Commissie (1958-1960).

Binnen de Nederlandse Hervormde kerk waren er vooral relaties met de Generale Synode en haar organen, met name de Bouw- en Restauratiecommissie en de organen voor toezicht. Er waren uiteraard ook contacten met plaatselijke gemeenten. Op kerkelijk gebied waren o.a. relaties met de Orgel-Advies-Commissie van de Gereformeerde Kerken in Nederland en met de Vereniging van Kerkvoogdijen. Buiten de kerk waren er bijvoorbeeld contacten met de Rijksdienst voor de Monumentenzorg en firma's die orgels bouwen en restaureren en na de watersnoodramp in 1953 met hulpverlenende instanties.