In 1940 nam de Centrale voor Werkloozenzorg het initiatief om zorg te dragen voor de Nederlandse arbeiders die in het buitenland werkten en hun achtergebleven gezinnen. In dat zelfde jaar verzocht de Nederlandse Hervormde Vereniging voor Geestelijke Volksgezondheid de Kerkenraden der Nederlandse Hervormde Gemeenten om aandacht te schenken aan deze groep arbeiders. Onder leiding van de Centrale voor Werkloozenzorg ving men in 1941 aan met de organisatie van deze verzorging en werd contact gezocht met de plaatselijke commissies van de Centrale. Een aantal sociale werksters werden in Amsterdam, Rotterdam en Den Haag aangesteld voor de zorg van de tewerkgestelden en hun gezinnen. Aangezien de Centrale interkerkelijk werkte werd dit werk ook plaatselijk zo opgezet. Tot einde 1942 droeg de Centrale de kosten voor dit werk en tot januari 1943, het moment waarop zij officieel werd ontbonden, bleef zij dit werk stimuleren. In de meeste plaatsen bestonden al kerkeraadscommissies die belast waren met de geestelijke verzorging van de tewerkgestelden en in contact stonden met de sociale werksters die door de Centrale waren aangesteld.

In oktober 1942 verscheen er een circulaire van de Algemene Synodale Commissie van de Nederlandse Hervormde Kerk aan de Kerkenraden over het uitreiken en verzenden van lectuur aan de tewerkgestelden en drong men aan op het verzenden van adressen van de tewerkgestelden en hun gezinnen. De Synodale Commissie wilde dit omvangrijke werk centraal geleid zien. Op initiatief van de Commissie voor Kerkelijk Overleg werd er door de Algemene Synodale Commissie een Commissie voor de Geestelijke Verzorging van de tewerkgestelden in het buitenland (C.G.V.T.) ingesteld. Deze nieuwe commissie richtte zich in november 1942 tot de Kerkenraden met het verzoek om in elke gemeente een persoon of een commissie met dit werk te belasten. Eind november verscheen er een circulaire waarin een overzicht van het werk van de C.G.V.T. werd gegeven en de mogelijkheid om via de commissie geschikte christelijke lectuur te bestellen. In februari 1943 kwam de C.G.V.T. opnieuw met een nadere uiteenzetting van haar werk. Zij benadrukte het belang van een goede plaatselijke administratie, hulp en voorlichting bij vertrek of verlof van de tewerkgestelden, het bevorderen van het toezenden van levensmiddelenpakketten, een regelmatige correspondentie, het toezenden van periodieken, het beschikbaar stellen van geestelijke en ontspanningslectuur en hulp aan de achtergebleven gezinnen.

De C.G.V.T. trad in overleg met soortgelijke commissies van andere kerken om de eenheid van het werk te bevorderen. Zodoende had de commissie afgevaardigden van andere kerkgenootschappen in haar midden. In de·C.G.V.T. waren de volgende organisaties vertegenwoordigd: de deputaten van de Gereformeerde Kerken in Hersteld Verband belast met de geestelijke verzorging der tewerkgestelden in het buitenland, het Nederlands Bijbelgenootschap dat eveneens voorzag in de lectuurverzending, de Jeugdraad der Evangelische Lutherse Kerk, de Doopsgezinde Broederschap, het Leger des Heils en de Centrale voor Werkloozenzorg. Bovendien had ook de directeur van drukkerij Callenbach in Nijkerk, die lectuur voor de commissie drukte, zitting in de commissie.

Nadat de Centrale voor Werkloozenzorg in januari 1943 was verdwenen was coördinatie van het werk der plaatselijke kerkenraadscommissies gewenst. De C.G.V.T. werd daartoe in maart 1943 omgezet in een Synodale Commissie voor de Bijzondere Kerkelijke Gezinszorg (C.B.K.G.). Binnen deze commissie werd een sub-commissie Gezinszorg en een sub-commissie Geestelijke Verzorging ingesteld. Verder werd het werk van het Algemeen Secretariaat van de commissie verdeeld over het Bureau en overige secretariaten, te weten het secretariaat van Bijzondere Aangelegenheden, het secretariaat van het Kampwerk, het secretariaat van de buitendienst en het secretariaat van de Gezinszorg. In een circulaire wees de nieuwe commissie er op dat het werk zich meer zou gaan toespitsen op het terrein van bijzondere noden in de gezinnen die ten gevolge van oorlogsomstandigheden geestelijke steun nodig hebben. Deze "bijzondere nood" ontstond nadat de man of de vrouw (tijdelijk) aan het gezin ontvallen was. In grote steden nam de omvang van het werk steeds verder toe terwijl in andere plaatsen de aanpak van de bijzondere kerkelijke gezinszorg achterwege bleef. Op aandringen van de C.B.K.G. werden vanaf juni 1943 in een groot aantal plaatsen sociale werksters door de kerkenraden van de Nederlandse Hervormde gemeenten benoemd. In sommige plaatsen verrichtte een sociale werkster tevens de functie van hulpprediker.

In beginsel werd in elke gemeente de geestelijke verzorging door een commissie uit de kerkeraad en een sociale werkster verricht, maar soms was een gemeente te klein voor een vaste kracht. In de praktijk kwam de geestelijke verzorging neer op het geven van inlichtingen over bijbelkringen, kerkdiensten en geestverwante gelovigen in de nieuwe omgeving. Men gaf advies over hetgeen meegenomen moest worden voor vertrek en vertelde over het leven dat de tewerkgestelde te wachten stond. De Nederlandse gemeenten konden bij de C.B.K.G. inlichtingen over het werk ter plaatse inwinnen en adressen verstrekken ten behoeve van de hulpverlening aan de gezinnen. Een voortdurend probleem vormde de adresmutaties van zowel de tewerkgestelden als hun gezinnen. Om het werk in de verschillende gemeenten te stimuleren had de commissie een drietal functionarissen aangesteld die in opdracht het secretariaat van de Buitendienst van de C.B.K.G. bezoeken aan verschillende gemeenten brachten. Daarnaast fungeerden in een groot aantal ringen predikanten als verbindingsschakel voor dit secretariaat en hadden gedelegeerden voor de C.B.K.G. in de Classicale commissies voor Kerkelijk Overleg zitting om het werk in de classis te stimuleren. De commissie had contact met afdelingen van Nederlandse kerkgenootschappen in Duitsland die werk verrichtten ten behoeve van de tewerkgestelden. Daarnaast had zij zelf contactpersonen naar Duitsland gestuurd die daar werk verrichtten met opdracht van de Synode.

In januari 1945 wordt de C.B.K.G. omgezet in een Urgentie-Commissie voor de Bijzondere Kerkelijke Gezinszorg waarbij adhoc subcommissies met nieuwe taken werden ingesteld. Allereerst werd er een commissie voor het samenstellen van richtlijnen voor de arbeid voor de bureaus voor huwelijks- en gezinsmoeilijkheden ingesteld om eveneens de mogelijkheden voor zo'n bureau in verschillende gemeenten na te gaan. Daarnaast een commissie voor het samenstellen van richtlijnen voor de zorg ten behoeve van onmaatschappelijke gezinnen en een commissie die zich richtte op weduwen en wezen. Op 15 februari kwam de Urgentie-Commissie met het bericht dat er een plan moest worden opgesteld om de voortzetting van het werk van de verschillende commissies verder vast te leggen waarna dit plan tot na de bevrijding niet meer ter sprake kwam. Al op 6 februari had de Urgentie-Commissie voor het bevrijd gebied een "Hulp-Secretariaat der Nederlandse Hervormde Kerk voor den arbeid van verschillende Synodale commissies" ingesteld dat in Breda zetelde. Tot dan toe was er begin 1945 bij de C.B.K.G. al sprake van een Nood-Secretariaat. Het Hulp-Secretariaat hield zich in bevrijd gebied onder andere bezig met de noodopleiding voor gezinsverzorgsters die door het Militair Gezag werden opgeroepen om te gaan werken in de gezinszorgcolonnes in de geteisterde gebieden (Arnhem, de Betuwe, de Maasoevers en Zeeland). Deze "Colonnes Noodvoorziening en Gezinszorg" bestonden voornamelijk uit gezinsverzorgsters, een kinderverzorgster, een verpleegster, een administratrice en aan het hoofd een leidster. De kosten van de colonnes werden mede gedragen door het Landelijk Bureau van de Stichting Nederlands Volksherstel.

Aangezien de repatriëring zo goed als afgelopen was en ook het buitenlands werk was komen te vervallen werd in september 1945 een uitbreiding van de dienst voor kampementen en inrichtingen (het Secretariaat van het Kampwerk) noodzakelijk geacht. Bovendien was na de instelling van een kerkelijke uitgeverij en boekhandel ook het bestaan van de eigen instelling niet meer te rechtvaardigen.
Steeds meer kwam de stimulering van het arbeidersjeugdwerk en stimulering van de gezinszorg en al de bijbehorende aspecten op de voorgrond, waardoor de instelling van een bureau voor gezinsmoeilijkheden nu echt noodzakelijk werd.
Het was de bedoeling om de oorspronkelijke evacuatiekampen, waar het secretariaat van het Kampwerk over ging, om te zetten in Jeugdzorgkampen, werkkampen, bewarings- en verblijfskampen en internerings- en vreemdelingenkampen. Daarnaast had de C.B.K.G. de taak om de plaatselijke en regionale opleidingen van gezinsverzorgsters en gemeentezusters te coördineren. De nadruk van het werk kwam in het najaar van 1945 dus te liggen op het gezinswerk en het kampwerk, de overige secretariaten moesten vervallen of worden opgenomen in het zogenaamde secretariaten-centrum zoals werd voorgesteld door het Instituut Kerk en Wereld. Hoewel op dat moment al de nadruk werd gelegd op de gezinszorg als voornaamste taak van de commissie van het werk vond de grootste reorganisatie pas in maart 1946 plaats met de oprichting van de Raad voor Kerk en Gezin.