In 1816 werd op last van de Algemene Synode het agendastelsel ingevoerd voor de kerkelijke bestuursorganen. Zo ook voor het archief van de Algemene Synode en Algemene Synodale Commissie. De zorg voor het archief komt eveneens bij de Algemene Synode te liggen. Het archief komt in de Kloosterkerk te 's-Gravenhage te liggen en later in de Willemskerk. Deze laatste werd in 1856 in gebruik genomen. Uit de Handelingen van 1858 blijkt dat het synodaal archief uit de consistorikamer van de Kloosterkerk gehaald is. Waarschijnlijk is het toen deels gebracht naar de Willemskerk. In 1858 blijkt er ook synodaal archief in het Rijksarchief te liggen, want in augustus 1858 verzoekt de Rijksarchivaris aan de secretaris om dit archief voor september uit het lokaal van het Rijksarchief te verwijderen. Het archief wordt uiteindelijk in een ruime kast in een lokaal van het ministerie van Eredienst geplaatst. Waarschijnlijk door ruimtegebrek verhuist er tevens een deel naar de woning van de secretaris. Zo maakt de kerk tot 1893 gebruik van ruimten, die door anderen werden aangeboden.

Het eerste dienstgebouw, Javastraat 100, dat door de kerk op 25 november 1892 wordt aangekocht, wordt in gebruik genomen als vergaderzaal van de Synode en bewaarplaats van het archief. Het archief wordt in 1894 van de Willemskerk overgebracht naar de Javastraat waar het vervolgens wordt opgeborgen in twee brandkasten in een benedenkamer van het gebouw. In 1903 wordt dr. G.A. Hulsebos aangesteld als archivaris van de Algemene Synode.
Het gebouw wordt verlaten in 1985 bij de centralisatie van de Haagse kantoren naar Leidschendam.

In 1984 had het Breed-moderamen van de Generale Synode, op advies van de Commissie voor de Archieven, besloten de oudere landelijke archieven van het kerkgenootschap van voor 1975 in bruikleen te geven aan de Tweede Afdeling van het Algemeen Rijksarchief te 's-Gravenhage (tegenwoordig het Nationaal Archief) *  . Slechts enkele meters van voor 1946 met onder ander notulen en circulaires uit de oorlogsperiode verhuizen mee naar Leidschendam. Eind 1999 wordt het Protestants Landelijk Dienstencentrum te Utrecht in gebruik genomen en verhuizen de archieven van Leidschendam naar Utrecht.

In 2004 verenigen drie kerkgenootschappen zich tot de Protestantse Kerk in Nederland: de Nederlandse Hervormde Kerk, de Gereformeerde Kerken in Nederland en de Evangelisch-Lutherse Kerk in het Koninkrijk der Nederlanden. De archieven van deze kerken waren op drie verschillende plaatsen ondergebracht, resp. bij het Nationaal Archief in 's Gravenhage, Het Utrechts Archief (HUA) in Utrecht en het Gemeentearchief van Amsterdam. Door de kerkvereniging werd het wenselijk om voor zowel de historische als toekomstige archieven van de Protestantse Kerk een gezamenlijke locatie te zoeken *  .

De locatie werd Het Utrecht Archief. Beide partijen tekenden uiteindelijk op dinsdag 5 september 2006 in Utrecht een overeenkomst. Hierin wordt onder meer overeengekomen dat de historische archieven van de Nederlandse Hervormde Kerk (1566-2004) en de Gereformeerde Kerken in Nederland (1836-2004) nu op één plek worden samengebracht, Het Utrechts Archief *  .

Voor inventarisatie en archiefverzorging werd het archief van de Synode en van de Algemene Synodale Commissie van de Nederlandse Hervormde kerk, 1816-1945 (110 meter), in januari 2006 van het Nationaal Archief overgebracht naar het Protestants Landelijk Dienstencentrum te Utrecht, waar zich al reeds 1 meter bevond. Deze meter was bij het maken van een archiefoverzicht in 2000 weer boven water gekomen en was toentertijd mee verhuisd van 's-Gravenhage naar Leidschendam en vervolgens naar Utrecht.
Hier in het Dienstencentrum werd de herinventarisatie onder leiding van F. Schoonheim ter hand genomen en na afronding van dit werk is het archief begin 2007, overgedragen aan Het Utrechts Archief.