De opbouw van dit archief is als volgt: eerst zijn alle stukken betreffende de Raad van Kerken zelf en het secretariaat van de Raad opgenomen. Dan volgen de verschillende onderwerpen die de Raad behandelde. Per onderwerp is eerst opgenomen wat de Raad en het secretariaat zelf aan activiteiten ondernamen, en vervolgens het werk van de sectie of secties die op die onderwerpen actief waren. Onder die Secties zijn ook opgenomen de werkgroepen die onder de desbetreffende sectie ressorteerden. Waar nodig en mogelijk is per sectie en per onder iedere sectie ressorterende werkgroep in een korte inleiding aangegeven wanneer deze werd opgericht (en eventueel opgeheven) en wat de functie en taakstelling ervan was. Als gedeponeerde archieven zijn tenslotte nog toegevoegd de archieven die zijn aangelegd door de bovengenoemde secretarissen van de Raad, met daarin aan hun werk gerelateerde correspondentie, artikelen, en spreekbeurten.

Secties en werkgroepen bestonden uit mensen die daarin op voordracht van de lidkerken van de Raad benoemd waren en hadden eigen secretarissen. Deze secretarissen waren vaak kerkelijke functionarissen van de verschillende lidkerken die voor een bepaald aantal uren ter beschikking waren gesteld; zij waren daarmee de enige betaalde krachten van werkgroepen en secties en hielden hun eigen archief bij. Daardoor zijn niet alle (volledige) archieven van de secties en werkgroepen uiteindelijk bij de Raad van Kerken terecht gekomen. Waar bekend is waar een archief zich bevindt, is dit aangegeven. Het secretariaat van de Raad van Kerken hield zelf ook een archief bij van secties en werkgroepen, vaak gecombineerd met een archief waarin stukken werden bewaard van het secretariaat van de Raad zelf (zoals correspondentie) die betrekking hadden op het onderwerp waarmee de desbetreffende sectie of werkgroep was belast. Waar archief van secties of werkgroepen zelf ontbrak of onvolledig was, is dit vervangen door of aangevuld met de stukken die de Raad bewaarde.

In 1982 is het archief van de periode 1968-1982 aan Het Utrechts Archief overgedragen. Omdat de Raad van Kerken in het jaar 2000 een grote reorganisatie onderging waarin de structuur van secties en werkgroepen ingrijpend werd veranderd, is ervoor gekozen nu de periode tot aan die reorganisatie over te dragen. Soms is van deze periode afgeweken, namelijk wanneer een sectie of werkgroep enige tijd later werd opgeheven dan het jaar 2000, of wanneer eerdere stukken toch nog niet overgedragen bleken te zijn aan Het Utrechts Archief.

Het beschrijven en gereedmaken van het archief is in de periode 2010-2012 verzorgd onder verantwoordelijkheid van het secretariaat van de Raad van Kerken met de hulp van een aantal vrijwilligers, in het bijzonder Piet van der Pol en Greetje Witte-Rang, onder supervisie van Roosje Keijser van Het Utrechts Archief.