Toen ds. N. de Jonge in 1893 uit Brussel naar Nederland vertrok, heeft hij in Nederland de Vereniging ‘Silo’ opgericht. Deze predikant was de grondlegger van het protestantse evangelisatiewerk in Brussel en Vlaanderen. De behoefte tot de oprichting van deze vereniging was eerder een Belgische dan een Nederlandse. Het was in België niet mogelijk een vereniging zonder winstgevend doel op te richten. Die mogelijkheid ontstond pas in 1921. De eigendommen en bezittingen van de Stads- en Landsevangelisatie in Brussel stonden op naam van ds. De Jonge. Toen hij uit Brussel naar Nederland vetrok, moest dit aspect beter geregeld worden. Daarvoor werd een vereniging in Nederland opgericht, zodat daarin de bezittingen van de Stads- en Landsevangelisatie Silo te Brussel konden worden ondergebracht.
Op 26 februari 1894 werd bij contract geregeld dat de Silo vereniging de bestaande gebouwen van de Stads- en Landsevangelisatie in Brussel in huur nam.
De oprichtingsakte werd op 28 juli 1893 bij notaris D. van Riessen te Katwijk gepasseerd. Koninklijke goedkeuring op de statuten werd op 18 augustus 1893 verkregen. Doel van de vereniging was de ‘verspreiding des Evangelies in het binnen - en buitenland *  ’.

In de beginperiode waren er nauwe banden tussen de vereniging en de Utrechtse Stadszending. Dat komt vooral naar voren in de jaren van de Eerste Wereldoorlog, toen grote aantallen Belgische burgers en militairen naar Nederland vluchtten en daar in kampen werden opgevangen. Vanuit België werd werk verplaatst naar Utrecht. Met het oog op de zending onder de Belgische vluchtelingen gaf de Stadszending Utrecht in 1914 ‘De Blijde Boodschap’ en het ‘Christelijk Volksblad’ uit. De zending in deze kampen voor Belgische vluchtelingen werd binnen de Utrechtse Stadszending gezien als de geboorte van een ‘Belgische Protestantse Evangelische Kerk in de verstrooiing’, die later zou oplossen in de bestaande protestantse kerken in België *  . In 1919 werd uit Brussel een telegram ontvangen met ‘warme dankbetuiging van de Stads- en landsevangelisatie voor de liefde welke de Utr. Stadszending gedurende de oorlogsjaren haar had betoond *  .’

Over de activiteiten van Silo-Nederland in de periode na de Eerste Wereldoorlog is weinig bekend. De vereniging heeft waarschijnlijk weinig leden gehad of deze toonden behalve hun financiële bijdrage weinig belangstelling. Want op 16 maart 1951 werd bij notaris P.J. Steensma te Eindhoven de vereniging omgezet in een stichting. De stichting krijgt de naam “Stichting Silo tot ondersteuning van de Stads- en Landsevangelisatie in Brussel en Vlaams België”. Het doel van de stichting werd omschreven als: ‘verkondiging van het Evangelie in binnen - en buitenland, in aansluiting op het bestaande werk van de Stads- en landsevangelisatie in Brussel en Vlaams-België’.

Tot 1960 handhaafde de stichting nog wel de leden en een algemene ledenvergadering; daarna werden de leden aangeduid als contribuanten. In dat jaar werd de doelstelling opnieuw gewijzigd, ditmaal ingrijpend. Het ging nu in de eerste plaats om ‘de bewustmaking van de Hervormde Kerk in Nederland in het bijzonder, maar ook van de andere in de Stichting vertegenwoordigde kerken, van hun opdracht tot steunverlening aan het evangelisatiewerk in Vlaams-België en Brussel’. Vervolgens ging het om financiële ondersteuning van het werk van het Synodale Evangelisatiecomité Silo in Brussel en Vlaams- België. Als derde punt wordt genoemd de bevordering van het contact tussen de posten van het Synodaal Evangelisatiecomité in Brussel en Vlaams-België en de gemeenten van de kerken in Nederland.

Aanleiding tot deze verandering van de doelstelling vormde de ontwikkeling in België. De bestaande vereniging zonder winstgevend doel Silo fuseerde op 18 april 1959 met de Protestantse Evangelische Kerk van België (PEKB). De vereniging bleef wel voortbestaan onder de naam ‘Evangelisatie Comité Silo’, maar plaatste zich geheel onder het toezicht van de PEKB en ging deel uitmaken van het evangelisatiewerk van deze kerk. Deze kerkelijke ‘inkadering’ bracht Silo-Nederland ertoe zich daarbij aan te passen. Tegelijk valt op dat men zich tot taak stelde om binnen de Nederlandse Hervormde Kerk meer aandacht te krijgen voor het evangelisatiewerk van de Belgische Kerk.

In 1965 werd voor het verkrijgen van inkomsten samenwerking gezocht met andere verenigingen die werkzaam waren in streken en landen, waar de rooms-katholieke kerk de grootste was. Samen met de Vereniging Het Evangelie in Spanje en de Gustaaf Adolf vereniging werd de zogenoemde Diaspora-collecte georganiseerd. Het was de bedoeling dat deze collecte rond Hervormingsdag in de verschillende hervormde gemeenten gehouden zou worden.

In de loop der jaren verminderde het aantal gemeenten, waarin deze collecte gehouden werd. Dat was voor de Gustaaf Adolf Vereniging aanleiding om zich in 1998 terug te trekken. Tien jaar later beëindigde ook Silo-Nederland haar aandeel in deze collecte.

Silo-Nederland heeft steeds getracht met beperkte financiële middelen enige ondersteuning te geven aan projecten van het evangelisatiewerk van de Protestantse Kerk in België. In de jaren 1963 tot en met 2000 was dat een gemiddeld bedrag van € 4400 per jaar (bijna fl. 10.000).
Daarnaast hielp de stichting de Belgische Kerk ook met adviezen inzake bouw- en restauratievragen en met de bedrijfsvoering van de drukkerij. Ook spande zij zich in om contacten tot stand te brengen tussen kerkelijke gemeenten in België en hervormde gemeenten in Nederland. Dit contactplan heeft in verschillende goede contacten geresulteerd.

Een vraagstuk dat na 1960 telkens de aandacht van het bestuur van Silo-Nederland vroeg, was dat van de verhouding tot de Nederlandse Hervormde Kerk. In België was het evangelisatiewerk onderdeel geworden van de Protestantse Evangelische Kerk van België en dat betekende dat de jaarlijkse contacten van het bestuur met België niet langer bestonden uit contacten met bestuursleden van de Belgische Silo-vereniging maar met vertegenwoordigers van de kerk. De Belgen gaven daar zeer nadrukkelijk vorm aan door onder meer de preses van de Synode aan deze contacten deel te laten nemen.

Silo-Nederland was echter geen kerkelijke stichting en er bestonden ook contacten van de leiding van de Nederlandse Hervormde Kerk rechtstreeks met de Kerk in België. Het bestuur van Silo-Nederland wilde deze contacten eerder bevorderen dan tegenwerken, maar wilde er wel graag bij betrokken blijven. Het is echter niet gelukt daar een voor beide partijen bevredigende vorm aan te geven.
Wel is in 1987 mede door toedoen van Silo-Nederland door de Synode van de Nederlandse Hervormde Kerk besloten om met de Verenigde Protestantse Kerk in België (VPKB) een bijzondere betrekking aan te gaan een mogelijkheid die in ordinantie 20, artikel 3 van de Hervormde Kerkorde was gegeven. Ook hebben enkele bestuursleden van Silo-Nederland een plek gekregen in de Hervormde Raad voor het verband met andere kerken. Toen deze raad contact kreeg met de deputaten van de Gereformeerde Kerken werd door hen deelgenomen in de zogenaamde België-commissie.

Met de samenvoeging van de werkorganisatie van beide kerken in 1998, de reorganisatie in 2002 en uiteindelijk de totstandkoming van de Protestantse Kerk in Nederland in 2004 werd de positie van Silo-Nederland in deze steeds onduidelijker. Dit was mede aanleiding om op 2 mei 2007 de statuten te wijzigen. Daarbij werd de naam van de stichting veranderd in ‘Stichting Silo, Fonds voor Protestantse gemeenten in Vlaanderen’. De doelstelling werd financiële ondersteuning van en het onderhouden van contacten met Protestantse gemeenten in Vlaanderen, behorende tot de Verenigde Protestantse Kerk in België.