Evenals elders in het Nedersticht kwam de reformatie in Vleuten moeizaam op gang. De katholieke pastoor Hendrik Willemsen van Segvelt, in 1565 door het kapittel van Oudmunster aangesteld, blijft tot in 1611 in Vleuten werkzaam *  , zich daarbij gesteund wetend door de katholiek gebleven kasteelheren uit de omgeving.

Voor het eerst in 1583 wordt een predikant van Vleuten vermeld. Het kapittel van Oudmunster besloot n.l. op 20 december 1583 aan een zekere Lichtenbergh, predikant te Vleuten, een geldelijke ondersteuning te verlenen, hetgeen zich op 10 november 1585 herhaalde *  . In 1588 blijkt Goosen Picard predikant van Vleuten te zijn. Hij was uit Zoelen naar Vleuten gekomen en werd in 1588 als predikant van Wijk bij Duurstede aangesteld *  .

Op 9 april 1589 besloot het kapittel van Oudmunster om Jan van Doesburg, vicaris van de Dom, aan de Staten van Utrecht als predikant van Vleuten te presenteren, hetgeen kennelijk tot een aanstelling heeft geleid, want op 24 oktober 1589 wordt hem als predikant van Vleuten een geldelijke ondersteuning verleend *  .

Blijkens het commissieregister van de Staten van Utrecht werd in 1590 Tilman Jansz tot predikant van Vleuten aangesteld *  . Hij hield het niet lang in Vleuten uit, verzocht in 1592 om overplaatsing en vertrok naar Oostveen *  .

Op last van de Staten van Utrecht werd in 1593 een onderzoek ingesteld naar de kerkelijke toestand op het platteland *  . Vleuten bleek nog zonder predikant te zijn en ds Stratenus nam de dienst vanuit Utrecht bij provisie waar. Over de activiteit van pastoor Van Segvelt werd in het visitatieverslag ernstig geklaagd. Pas in 1598 werd door de Staten van Utrecht een nieuwe predikant aangesteld, Dirck Thomasz van den Goude. Hij werd opgevolgd door Rombert Feonius. Na het overlijden van diens opvolger, Floris Gerritsz van Ens, kwam in 1617 de bekende dichter-predikant Dirk Rafaëlsz Camphuysen naar Vleuten. Hij oogstte met zijn preken veel succes, zelfs vanuit Utrecht kwam men naar hem luisteren *  .

Dirk Rafaëlsz Camphuysen heeft er maar kort plezier aan beleefd. Tijdens de synode van 1619 werd hij, "eenen bitteren ende calumnieus remonstrant" zijnde, uit zijn ambt ontzet *  . Zijn opvolger, ds Slosius, was een langer leven als predikant van Vleuten beschoren. Liefst 50 jaar bleef hij in Vleuten tot zijn emeritaat in 1670. Al kort na zijn ambtsaanvaarding verzocht ds Slosius aan de classicale vergadering van Utrecht van juni 1622 uit te mogen zien naar een ouderling en tijdens de classis-vergadering van maart 1623 bleek hij van ouderling Goyert Jansz vergezeld te zijn. Uit een zinsnede in de acta van de classis van maart 1628 kan worden opgemaakt dat toen te Vleuten een kerkeraad functioneerde. Intussen predikte ds Slosius ook in de kapel van De Meern.

De heropening van de kapel was in 1627 door de Staten van Utrecht toegestaan en in augustus van hetzelfde jaar verzocht ds Slosius de classicale vergadering de kapel van De Meern met de gemeente van Vleuten te combineren. Uit de acta van de classis lezen we dat ds Slosius in 1628 om de week 's zondagsmiddags predikte. Op den duur werd dit kennelijk niet voldoende geacht. Een verzoek van enige particulieren uit De Meern leidde in 1643 tot het besluit van de classis, naast de predikatie van ds Slosius, iedere zondagmorgen in De Meern een proponent te laten prediken. Eind 1644 verklaarde de classis te willen bevorderen dat De Meern van een "ordinaris herder ende leeraer" zou worden voorzien. Met de beroeping van ds Joannes Coster naar De Meern in 1645 werd deze toezegging gehonoreerd en werd de bemoeienis van Vleuten met De Meern verleden tijd.

Overigens was tijdens het preken van de proponenten gecollecteerd voor de armen, maar de penningen werden niet aan de diaconie van Vleuten afgedragen. We leren hieruit dat de diaconie in 1644 functioneerde en zelfs al in 1642, hetgeen blijkt uit het oudste stuk dat het archief van de hervormde gemeente van Vleuten rijk is *  . Vanaf 1651 zijn de visitatieverslagen van de classis bewaard gebleven *  . Deze wijzen uit dat het ds Slosius bepaald niet gemakkelijk werd gemaakt door Joannes van Aalst, de katholieke pastoor die in 1631 van Woerden naar Vleuten was gekomen. Ook over het aantal lidmaten geven deze visitatieverslagen cijfermateriaal. Het aantal lidmaten bewoog zich in de tweede helft van de 17e eeuw tussen de 40 en 60, in de eerste decennia van de 18e eeuw liep dit aantal sterk terug om gedurende de rest van de eeuw rond de 30 te blijven schommelen.

Na het overlijden van ds Vlaer in 1760 leidde de beroeping van een nieuwe predikant tot een ernstig geschil tussen de kerkeraad, daarbij gesteund door de classis, en het kapittel van Oudmunster, de ambachtsheer van Vleuten. De kerkeraad stelde zich op het standpunt dat in Vleuten een vrije beroeping kon worden gedaan en maakte om die reden bezwaar tegen de door het kapittel voorgedragen predikant, ds Johannes Tielen. De zaak werd voorgelegd aan de Staten van Utrecht, hetgeen resulteerde in een resolutie van Gedeputeerde Staten van Utrecht van 13 juli 1762, waarin het recht van patronaatschap van het kapittel van Oudmunster over de kerk van Vleuten werd erkend en de kerkeraad werd opgedragen het collatierecht van het kapittel te respecteren *  . Ook de kerkmeesters werden benoemd door of vanwege het kapittel van Oudmunster. Over de benoeming van koster, schoolmeester, doodgraver en klokkeluider leidde een jarenlang slepend conflict uiteindelijk tot de overeenkomst van 17 oktober 1625, waarbij Jhr. Johan van Wanroy Utenham het collatierecht van het kapittel erkende *  .

Door de "opperste kerkmeester" werd in de 17e en 18e eeuw jaarlijks rekening en verantwoording afgelegd aan het kapittel *  . Uit de namen van deze kerkmeesters blijkt dat niet alleen gereformeerden, maar ook katholieken als kerkmeesters hebben gefungeerd.

Een publicatie van het Intermediair Bewind van 12 juli 1798 leidde tot de oprichting van een commissie van de roomsgezinden van Vleuten en De Meern, die tot doel had kerk en pastorie te Vleuten van de gereformeerden over te nemen. Deze poging liep op niets uit, mede dank zij de houding van de katholieke pastoor die aan dit plan zijn medewerking onthield *  .

Met het vertrek van de Fransen besloot ook de kerkeraad een oude kwestie te regelen. De in 1481 opgerichte O.L.V. Broederschap te Vleuten hield zich o.m. bezig met armenzorg en had in de loop der tijden ook giften ontvangen van de gereformeerden. Door de kerkeraadsvergadering van 30 december 1812 werd besloten de broederschap aan te spreken voor een deel van haar bezittingen naar evenredigheid van het aantal hervormden ten opzichte van het aantal katholieken. De zaak werd van katholieke zijde getraineerd, maar uiteindelijk kreeg deze kwestie zijn beslag met de scheiding van 11 december 1819 voor de vrederechter van het kanton Maarssen, waarbij de kerkeraad van verdere aanspraken op de bezittingen van de broederschap afzag tegen een uitkering van 687 gulden (1/8 van de waarde van de bezittingen van de broederschap), vermeerderd met 73 gulden interest, in totaal 760 gulden, welk bedrag gedeeltelijk in contanten en gedeeltelijk in obligaties zou worden betaald *  .

Uit deze regeling blijkt dat het aantal hervormden te Vleuten aanzienlijk bij het aantal katholieken achterbleef, hetgeen wordt bevestigd door de cijfers van de volks- en religietelling 1809 van de gemeente van Vleuten en De Meern: 145 hervormden 636 katholieken op een totale bevolking van 786.

Een niet onbelangrijke territoiruitbreiding bracht het jaar 1861. Het territoir van de hervormde gemeente van Vleuten werd in dat jaar vergroot met het gedeelte van de burgerlijke gemeente van Haarzuilens, dat tot dan toe aan de hervormde gemeente van Kockengen behoorde *  .

Het verschil van 29 lidmaten tussen de telling van ds Wiardi Beckman in december 1857 (67) en de telling van 3 juli 1861 van ds Roozemeijer (96) moet ongetwijfeld voor een belangrijk deel op het conto van deze territoirwijziging worden geschreven.