Aan het eind van de negentiende eeuw bestond er een behoefte aan gymnasia en Hogere Burgerscholen waar onderwijs gegeven werd met een christelijke inslag. Vanuit deze behoefte bracht de Confessionele Vereniging afdeling Utrecht op de jaarvergadering van haar hoofdbestuur in 1896 het voorstel in om in Utrecht tot de stichting van een christelijk gymnasium te komen. Onder meer door de inzet van B. van Meer, voorzitter van voornoemde afdeling, werd op 2 december van dat jaar in een buitengewone vergadering van het hoofdbestuur besloten tot de oprichting van een Vereniging voor Christelijk Voorbereidend Universitair Onderwijs, die als doelstelling had de oprichting en instandhouding van christelijke gymnasia in Nederland en zijn overzeese gebieden. De directeuren van de nieuwe vereniging waren L. de Geer (voorzitter), L.H.J.M. van Asch van Wijck, H. Malcomesius, J.E.N. Schimmelpenninck van der Oye van Hoevelaken en C.F.S. Rutgers.

Op 7 september 1897 werd het eerste gymnasium van de Vereniging geopend aan de Breedstraat 44 te Utrecht. In 1900 verhuisde het gymnasium naar de Boothstraat 2, waarna in 1901 de eerste rector werd aangesteld in de persoon van E. Bessem. Het tweede gymnasium van de Vereniging werd in 1908 geopend te Den Haag aan de Daendelsstraat 38. De weinig rooskleurige financiële situatie waarin de Vereniging feitelijk al vanaf haar oprichting verkeerde, leidde er toe dat ruim tien jaar later, in 1919, besloten werd het Haags gymnasium te verzelfstandigen. Het gymnasium, thans Sorghvliet genaamd, is vanaf die tijd verder gegaan onder een eigen vereniging. Naar aanleiding van de financiële moeilijkheden werd in de algemene vergadering in mei 1920 benadrukt dat het niet waarschijnlijk was dat het vanuit de Vereniging in de toekomst nog eens tot de oprichting van een tweede gymnasium zou komen. In het verlengde hiervan lag het besluit om het aantal directeuren en curatoren te verminderen door het laten samenvallen van deze functies.

De huisvesting van het gymnasium aan de Boothstraat bleek na een aantal jaren ontoereikend. Het gebouw werd in 1922 ingrijpend verbouwd, maar dit bleek niet voldoende zodat het op 1 januari 1932 tot een verhuizing kwam naar de Diaconnessenstraat 1. De hierop volgende jaren onder de rectoren A. Hengeveld (1920-1941) en H.C. Weiland (1941-1966) verliepen relatief rustig, zelfs de periode van de Duitse bezetting. In de jaren zestig deed zich vervolgens een crisis voor, vergelijkbaar met die in 1919. De invoering van de nieuwe wet op het voortgezet onderwijs (de Mammoetwet) en het teruglopende aantal leerlingen brachten het voortbestaan van het gymnasium in gevaar. Er werd door de Vereniging contact gezocht met de Vereniging voor Christelijk Voorbereidend Hoger en Middelbaar Onderwijs, waaronder het Reformatorisch College Blaucapel en het Christelijk Lyceum ressorteerden, om de mogelijkheden van een fusie te bekijken. De fusie vond uiteindelijk plaats op 1 januari 1971 en de Vereniging ging op in de nieuwe Vereniging voor Christelijk Voortgezet Onderwijs.

De Vereniging werd vormgegeven door haar leden. De leden begunstigden de Vereniging financieel en kwamen jaarlijks samen in de algemene ledenvergadering.

Uit de leden werd een college van zeven directeuren (directorium), vanaf 1920 het bestuur, gekozen. De taken van dit college lagen op het gebied van het beheer van de eigendommen, zoals het onroerend goed en de geldmiddelen, benoeming en ontslag van de curatoren en het personeel van het gymnasium en de organisatie van het onderwijs in het algemeen. Voor de verwerving van geldmiddelen was het bestuur met name afhankelijk van de verstrekking van rijkssubsidie, de inning van schoolgeld en de begunstigingen uit schenkingen. Wat de subsidiëring door het Rijk betreft, moest periodiek een aanwijzing tot gymnasium in de zin van de Hoger Onderwijswet worden verkregen en dienden jaarlijks begrotingen en overzichten van uitgaven naar het Ministerie van Onderwijs te worden ingezonden. Ter financiële ondersteuning stonden de Vereniging in het land correspondenten en agenten ter beschikking. Ter ondersteuning van de uitvoering van de taken van het bestuur waren een secretaris, een penningmeester en een administrateur aangesteld. Laatstgenoemde was met name verantwoordelijk voor de inning van schoolgelden en de bezoldiging van het personeel.

Het college van directeuren benoemde tot 1920 vijf curatoren die niet tot het bestuur behoorden. De taken van het curatorium betroffen onder meer advisering en ondersteuning bij de benoeming van leraren en de praktische zorg voor het onderwijs, zoals de organisatie van de lessen, de toelating en bevordering van leerlingen en het toezicht op examens. In de algemene ledenvergadering van mei 1920 werd, onder meer naar aanleiding van de verzelfstandiging van het Haagse gymnasium, besloten om de functies van directeuren en de curatoren in dezelfde personen te verenigen en aldus het aantal betrokken personen te reduceren.