Naast dit algemeen ziekenhuis functioneerden al sinds jaren de "Rijksklinieken". De bestaansreden voor deze afzonderlijke klinieken was gelegen in het feit dat door de hoogleraren gewenste verbeteringen en uitbreidingen niet gerealiseerd konden worden in het Algemeen Ziekenhuis. Daarom stichtte het rijk voor eigen rekening in 1908 eerst de Heelkundige en vrouwenkliniek (Justus van Effenstraat) en in 1913 de kliniek voor Psychiatrie en Neurologie (Nicolaas Beetsstraat). De Rijksklinieken werden rechtstreeks beheerd door het rijk. Aan het hoofd van elke kliniek stond een geneesheer-directeur die ook hoogleraar was aan de rijksuniversiteit Utrecht.

In 1929 werd de algemene leiding en het beheer van de Heelkundige en vrouwenkliniek overgenomen door een Tijdelijke Commissie van Beheer, ingesteld door de minister *  . Dit was een gevolg van klachten over de toestanden in de kliniek, die bij nader onderzoek in hoge mate gedesorganiseerd bleek. Het door vele rijksvoorschriften ingeperkte beheer van de geneesheer-directeur was voor een deel overgegaan op de hoogleraren, voor een ander deel op de hoofden van de verschillende afdelingen. Centrale leiding ontbrak, waardoor talloze onoplosbare conflicten uitbraken.
Reorganisatie van de rijksklinieken was noodzakelijk. Dit leidde tot de oprichting van de "Stichting Academische klinieken" door het Rijk. Deze stichting kreeg als doelstelling de "voorziening in ziekenhuisverpleging en wat daarmede verband houdt, voor zooveel deze betreft gevallen van chirurgischen, gynaecologischen, obstetrischen en psychiatrisch-neurologischen aard, een en ander ten behoeve van het universitair medisch onderwijs" *  . De stichting diende dit doel te bereiken door de exploitatie van zieken- en onderwijsinrichtingen te Utrecht onder de eenhoofdige leiding van een directeur. Het Rijk stelde de gebouwen van de voormalige Rijksklinieken ter beschikking. De nieuwe stichting kreeg een bestuur van zeven leden, benoemd door de minister. Met name de hoogleraren verzetten zich tegen deze verandering, die een aantasting van hun machtspositie betekende.

De akte van oprichting van de Stichting Academische klinieken vertoont vele overeenkomsten met die van de enige jaren eerder opgerichte Stichting Stads- en Academisch ziekenhuis. Dit is niet verwonderlijk. Het voorzitterschap van de beide besturen en van de Tijdelijke commissie was in handen gelegd van een zelfde persoon: dr. C. Hoitsema. De secretaris van het bestuur van het SAZU, tevens als secretaris-rentmeester 'directeur' van het algemeen ziekenhuis, dr. L. Leydesdorff, die ook zitting had in de Tijdelijke Commissie van Beheer, werd vervolgens benoemd tot secretaris van het bestuur van de Stichting Academische klinieken en tot directeur van de klinieken.

De Stichting Academische klinieken heeft maar kort een bestaan gehad. De Algemene Rekenkamer wees de minister van onderwijs en zijn collega van financiën al spoedig op het feit dat de Stichting onwettig was. Volgens de Comptabiliteitswet 1927 moest er een wet zijn die het afzonderlijke beheer van een Rijksdienst en de controle daarop door de Algemene Rekenkamer regelde. Dit was niet het geval. De minister van onderwijs was van mening dat het hier niet ging om een rijksdienst, omdat het beheer van de klinieken in handen was van een stichting. Volgens de Rekenkamer bleef het karakter van de rijksdienst behouden, zodat de comptabiliteitswet 1927 wel degelijk van toepassing bleef. Uiteindelijk besloot men tot samenvoeging van de Stichting "Stads en Academisch Ziekenhuis Utrecht" en de Stichting "Academische Klinieken". Doordat ook de gemeente Utrecht hierin participeerde was er geen sprake meer van een rijksinstelling.