Het gebied, waarvan Wilnis (ook wel Willis genaamd) deel uitmaakte, behoorde tot het gebied, dat de Duitse keizer Otto I in 953 aan de bisschop van Utrecht had gegeven. Uit de oorkonde blijkt onder andere, dat de bezittingen van de keizer aan beide oevers van de rivier "die Fech" -dit is de Vecht- met alle onderhorigheden werden overgedragen, met landen, bossen, stromen en afwateringen van deze stromen en de visrechten, alsmede de plassen en meren, die uit de rivier gevormd werden. Met dit gebied is het territorium geïdentificeerd, dat ongeveer een eeuw later de kern zou worden van de heerlijkheid van het kapittel van Sint Jan. Het schenken van grondbezit aan geestelijke heren door Duitse keizers in de 10e eeuw geschiedde om meer grip op hun landen te behouden. Voor deze schenkingen gaven de keizers land in leen aan mensen, meestal edelen, die in ruil daarvoor bestuurlijke werkzaamheden voor hen verrichtten. Groot probleem daarbij was het vinden van betrouwbare ambtenaren. Voorts moesten zij maar afwachten of zij hun landen ooit terugkregen, aangezien de lenen erfelijk werden. De oplossing van dit probleem vonden de keizers in het gebruik van geestelijken als bestuurders. Zij benoemden de bisschoppen, terwijl de functie niet erfelijk was. Als een bisschop overleed, kon de keizer een betrouwbare opvolger benoemen.

Ten tijde van de schenking in 953 was het gebied "De Ronde Venen" nog onontgonnen gebied. Aanzet voor de ontginning van het gebied werd gegeven met een oorkonde van 1085, waarbij bisschop Koenraad van Utrecht het gebied waarin Wilnis lag schonk aan "proost Anselmus en de overige broeders van de kerk van de gelukzalige Johannes de Doper, gevestigd te Utrecht". Met deze proost en overige broeders worden aangeduid de latere kanunniken van Sint Jan, die tezamen het kapittel van Sint Jan vormen. Het betrof een ruilovereenkomst van verschillende bezittingen, waarbij bisschop Koenraad onder andere de tol in Smithuizen bij Emmerik verkreeg in ruil voor onder andere "nog een ander veenland in Midreth, dat in de volksmond Veertighoeven wordt genoemd". Met "Veertighoeven" wordt waarschijnlijk de streek van Wilnis bedoeld, blijkens een turbe (enquête) van proost Pieter van Velde, gehouden in 1381, ter staving van zijn rechten.

Op een stelling van de proost, dat "Wilnis voorheen placht te heten en nu ook genoemd wordt Veertig Hoeven" werd door getuigen bevestigend geantwoord. *  Het kapittel verkreeg dit veenland dus in eigendom met -blijkens de oorkonde- het recht tot het heffen van belastingen in het gebied. Het is dan ook begrijpelijk, dat het kapittel aktiviteiten ontplooide om tot ontginning van het gebied te komen. Door ontginningen ontstonden landerijen (hoeven) en nam de bevolking toe, waarmee de inkomsten werden vergroot. De vermelding "Veertighoeven" in de oorkonde zou kunnen leiden tot de conclusie, dat er toen al veertig hoeven (boerenbedrijven) hebben gelegen. Het is onmogelijk dat dit in het onderhavige gebied (de oorkonde spreekt over "landen als die ooit bewoond worden") het geval is geweest. Voor de omschrijving "Veertighoeven" zijn door verschillende auteurs verklaringen gegeven. Het meest waarschijnlijk is echter, dat de omschrijving later aan de oorkonde is toegevoegd, mede in verband met het bepalen van het aandeel dat het gebied moest betalen in de kosten voor het onderhoud aan de zuidelijke IJ- en Zeedijk, lopend van Spaarndam tot Amsterdam.

Dat de bisschop het gebied "De Ronde Venen" schonk aan het kapittel is vrij uniek, maar wel verklaarbaar. Omstreeks 1070 was een van de vele conflicten tussen de bisschop van Utrecht en graaf Diederik V van Holland erop uitgedraaid, dat de graaf moest vluchten naar waarschijnlijk Vlaanderen. Met steun van de Vlaamse graaf Robrecht de Fries versloeg Diederik bisschop Koenraad bij de burcht IJsselmonde en nam hem zelfs gevangen. Een gevolg was, dat er afspraken werden gemaakt over de grens tussen Holland en het Sticht. Doeleman *  neemt aan, dat de bisschop na deze gebeurtenissen twee redenen heeft gehad bij het verstrekken van de oorkonde:
1. het zeker stellen van de grens tussen Holland en het Sticht;
2. het ontginnen van het veenland.
Heeringa *  en met hem Doeleman gaan er vanuit, dat Koenraad op deze wijze de ontginningsdrift vanuit Holland en met name Abcoude wilde tegengaan. Bij de oorkonden werden de tienden, de bestuursbevoegdheden en de gehele rechtspraak de proost van Sint Jan slechts geschonken als het land ontgonnen zou zijn. Het kapittel had er dus belang bij zo snel mogelijk met de ontginning te beginnen. Na bewoning van het land kon duidelijk worden aangegeven tot hoever de bevoegdheden van de graaf zich uitstrekten.

Inmiddels is algemeen aanvaard, dat de oorkonde, zoals die thans berust bij het rijksarchief te Utrecht *  , niet in 1085 geschreven is, maar later, tussen 1180 en 1210. Wel is duidelijk geworden, dat de schenking wel degelijk in 1085 heeft plaatsgevonden. De reden van het maken van een nieuwe oorkonde, die er overtuigend 11e eeuws uitzag, moet gezocht worden in het feit, dat de juridische status van de bisschoppen in 1180 veranderde: zij werden toen leenman van de keizer. Het was de bisschoppen niet meer toegestaan land aan derden te schenken. Ondanks dat de schenking aan het kapittel in 1085 volledig legaal was, vreesde de proost van Sint Jan het gebied terug te moeten geven. Hij had er behoefte aan te kunnen bewijzen, dat het land hem toebehoorde. Blijkbaar was de originele oorkonde zoek, wat hem heeft doen besluiten een nieuwe te laten maken.

De soevereiniteit van de proost van Sint Jan, zoals vastgelegd in de oorkonde, heeft in de loop van de middeleeuwen aanleiding tot conflicten met de graaf van Holland en de bisschop van Utrecht gegeven. Zoals reeds vermeld was het oplossen van grensgeschillen met Holland een van de redenen voor de schenking. De graaf van Holland kon geen enkele aanspraak doen gelden op de Proosdijlanden. Toch heeft de graaf enkele malen geprobeerd zijn territorium tot in de Proosdijlanden uit te breiden. Meer land betekende in de middeleeuwse maatschappij immers meer inkomsten. In een eerste grensgeschil (omstreeks 1250) ging het om het bezit en eigendom van de landen, rechtspraak en tienden bij Ovendrecht, Kudelstaart en Westveen. Het geschil werd op vreedzame wijze opgelost. De als bemiddelaar aangezochte abt van Sint-Truiden, besliste, dat de baljuws van de graaf van Holland te ver waren gegaan in hun ijver het gebied van de graaf uit te breiden. Van een tweede conflict wordt melding gemaakt in de kroniek van Wilhelmus Procurator.

Volgens deze kroniek was graaf Willem III van Holland in 1325 de Proosdijlanden binnengevallen en had Mijdrecht verwoest. Aanleiding hiertoe was de weigering van de proost van Sint Jan mee te helpen aan het herstel van de Lekdijk na een doorbraak daarvan, hetgeen een overstroming had veroorzaakt. Het vreemde aan deze mededeling is echter, dat zich in 1324 geen doorbraak of overstroming heeft voorgedaan. Geleerden nemen echter wel aan dat tussen 1321 en 1325 de graaf de Proosdijlanden is binnengevallen. Conflicten met de bisschop van Utrecht lagen voor de hand. De bisschop bezat ooit deze veenlanden, welke hij na de ontginning best terug wilde hebben. In 1382 verkaarde bisschop Floris van Wevelikhoven dat hem in Wilnis en Achttienhoven de hoge jurisdictie toekwam. Een commissie van deskundigen gaf echter de bisschop ongelijk. In 1477 liet bisschop David van Bourgondië zijn mannen onder maarschalk Gerrit Mulert Mijdrecht en Wilnis binnenvallen. Eerder waren zijn pogingen de Proosdijlanden via juridische procedures in bezit te krijgen mislukt. De maarschalk liet in Mijdrecht galg en rad afbreken. Galg en rad waren het symbool van hoge jurisdictie. Hiermede wilde de bisschop aantonen, dat de proost geen recht had op het uitoefenen van hoge jurisdictie in Mijdrecht. Aan dit conflict werd in 1482 een einde gemaakt door een beslising van paus Sixtus IV ten gunste van de proost.

In 1528 werd de positie van de proost van Sint Jan precair. In dat jaar moest bisschop Hendrik van Beieren afstand doen van zijn wereldlijk gezag ten behoeve van Karel V. *  Karel V wilde de Proosdijlanden niet als zelfstandig gebied voort laten bestaan. Hij liet zijn ambtenaren belastingen heffen in Wilnis en omgeving en misdadigers gevangen nemen, dit onder fel verzet van de proost. Proost Albert Pigge heeft er alles aan gedaan om de soevereiniteit van de Proosdijlanden te waarborgen door tot aan de Grote Raad van Mechelen zijn recht te blijven zoeken. Hij werd door de Raad op bijna alle punten in het gelijk gesteld. De keizer stelde als erfheer van het Land van Utrecht, dat ook heerlijkheden als Wilnis tot zijn gewest behoorden. Ook na de dood van Pigge bleef deze zaak spelen, waaraan in 1581 een einde kwam door de afzwering van de landsheer Philips II, zoon van Karel V, door de Staten-Generaal.

In 1588 besloten de opstandige provincies de soevereiniteit aan zichzelf te trekken en deze in handen te leggen van de gewestelijke staten. Voor de proost van Sint Jan betekende dit opheffing van de soevereiniteit van de Proosdijlanden. Voortaan werd hij niet meer benoemd door de paus, maar door de Staten van Utrecht. Tijdens de Republiek (1588-1795) bleef hij echter een man van aanzien, echter met minder macht dan voorheen. In 1714 en 1715 verkochten de Staten van Utrecht een dertigtal gerechten aan particulieren, waaronder Oudhuizen. Bij een tweede veiling in 1715 bracht deze heerlijkheid f. 2.200,-- op. *  Nadat hij reeds in 1727 door de Staten van Utrecht tot proost was aangesteld, kocht mr. Anthony Pieter van Dishoeck de proosdij van Sint Jan van de Staten voor f 120.000,--, terwijl hij in 1728 tevens in het het bezit kwam van Oudhuizen. Hij werd daarmee heer van Oudhuizen. * 

Echte veranderingen kwamen er met de Bataafse omwenteling in 1795, waarbij de Republiek der Verenigde Nederlanden en dus ook de Staten van Utrecht ophielden te bestaan. In de eerste plaats werden alle aan kapittels of andere geestelijke instellingen behoord hebbende ambachten vrij verklaard, zo ook het gerecht Wilnis en Westveen. *  De staatregeling van 1798 verdeelde de Bataafse Republiek in acht departementen met heel andere grenzen dan de vroegere provincies. De gerechten Wilnis/Westveen en Oudhuizen werden in dat jaar samengevoegd tot de gemeente Wilnis en vielen onder het Departement Texel. *  Lang heeft deze indeling niet bestaan. Ingevolge de staatsregeling van 1801 werden de oude provinciegrenzen hersteld en Wilnis en Oudhuizen weer afzonderlijke gemeenten.

Bij Keizerlijk Decreet van 28 oktober 1810 werd onder andere het voormalige gewest Utrecht ondergebracht bij het Departement van de Zuiderzee. Dit departement werd onderverdeeld in vier arrondissementen, waaronder Utrecht. Wilnis en Oudhuizen werden onder laatstgenoemd arrondissement in 1811 weer gecombineerd tot de mairie Wilnis. Na herstel van de onafhankelijkheid in 1813 werd dit weer ongedaan gemaakt. Door een Koninklijk Besluit van 1 november 1815 werden Wilnis en Oudhuizen weer afzonderlijke gemeenten als gevolg van een provinciale herindeling. Bij besluit van gedeputeerde staten van Utrecht van 12 december 1817, nummer 52, worden de bestaanhebbende gemeentebesturen "ten plattelande" van de provincie Utrecht per 1 januari 1818 ontbonden verklaard. *  Wilnis en Oudhuizen bleven aparte gemeentes. Bij wet van 13 juni 1857 *  hield Oudhuizen definitief op als zelfstandige gemeente te bestaan. Het werd bij Wilnis gevoegd onder de nieuwe gemeentenaam Wilnis. Reeds in 1851 waren er plannen van hogerhand om Wilnis met Mijdrecht samen te voegen *  . Tot aan 1988 heeft Wilnis zijn zelfstandige positie weten te handhaven. In 1989 volgde de samenvoeging van de gemeenten Mijdrecht, Vinkeveen/Waverveen en Wilnis tot de nieuw gevormde gemeente De Ronde Venen.