Bij de inventarisatie van een archief moet zoveel mogelijk worden uitgegaan van de oude ordening van de stukken. Van een oorspronkelijke ordening was bij de aanvang van de inventarisatie-werkzaamheden echter nauwelijks meer sprake. Blijkens een rapport van de Provinciaal Inspecteur der archieven in Utrecht uit 1988 was in dat jaar geconstateerd dat de archieven van Ruwiel en Loenersloot zich in een wanordelijke toestand bevonden en ongescheiden werden bewaard. Van de in 1896 door Fruin gepubliceerde inventarissen bleken volgens gemeld rapport van beider archieven tezamen liefst 51 nummers onvindbaar.
De eerste taak van deze inventarisatie was derhalve om alle verspreid liggende stukken bijeen te plaatsen en ze vervolgens binnen de afzonderlijke afdelingen te herordenen. Bij de bepaling van de volgorde der stukken van vóór en na 1811 is hoofdzakelijk uitgegaan van de organisatie en taken van de respectievelijke archiefvormende instanties (gerecht, gemeente, commissies en de ambtenaar van de burgerlijke stand).
De oudste afdeling betreft het bestuurlijk archief *  van de gerechten (of: het gerecht) Loenersloot, Oukoop en Ter Aa, waarvan het oudste stuk, een rekening met omslag van het hinderdams- en Vechtgeld, uit 1663 dateert en het jongste stuk een rekening en smaldeling van het zeedijksgeld uit het jaar 1813 betreft. Dit archief loopt echter feitelijk tot het jaar 1811 (of 1812) *  , toen de gerechten onderdeel gingen uitmaken van de gecombineerde gemeente van Loenen.

Omwille van de overzichtelijkheid is afgezien van de mogelijkheid om cesuren bij de jaren 1798 en 1802 te leggen, binnen welke periode de gerechten waren opgesplitst en met andere gerechten tot 'gemeenten waren gecombineerd' .
Uit de periode 1812-1817 bevinden zich vrijwel geen archiefstukken van Loenersloot, Oukoop en Ter Aa in dit archief daar deze plaatsen toen met Loenen waren verenigd. In dit verband kan worden verwezen naar de inventaris van het archief van de gecombineerde gemeente Loenen 1811-1817. *  Het archief vanaf 1818 -gewoonlijk het nieuw archief genaamd-, is voornamelijk opgebouwd rond een aantal langlopende series, zoals de notulen van de raad en het college van burgemeester en wethouders, de correspondentie, begrotingen en rekeningen. Opvallend is daarbij dat het archief uit de periode ca. 1818-1851 grotendeels ontbreekt. De inventarissen die in 1852 van de archiefbescheiden zijn opgemaakt in verband met de overdracht van deze stukken, tonen tot in detail aan welke bescheiden thans niet meer aanwezig zijn. Een overzicht van de op de gemeentelijke administratie betrekking hebbende ontbrekende archiefstukken is opgenomen in bijlage IV achter deze inventaris.
In de periode 1818-1940 heeft men ten aanzien van de correspondentie verschillende ordeningssystemen gehanteerd.

Waarschijnlijk *  heeft men gedurende het tijdvak 1818-1842 de inkomende stukken zuiver chronologisch en zonder nadere toegang geborgen. Tussen 1843 en 1852 heeft men de stukken volgens het agendastelsel geordend, *  mogelijk in de variant die tussen 1853 en 1862 werd aangetroffen, nl. die alfabetisch op (subjectief en inconsequent gehanteerde) trefwoorden. De alfabetische agendering is in 1863 verlaten en vervangen door de gewone agendering.

Omdat de correspondentie in brede zin werd opgevat heeft men bijna alle (afschriften, minuten van) in- en uitgaande stukken uit de periode 1853-1915 bij elkaar laten inbinden, waardoor ook onderdelen van andere seriebestanden hierin terecht zijn gekomen. Voorbeelden daarvan zijn de gemeenteverslagen, begrotingen en landbouwverslagen. Maar ook openbare bekendmakingen en op verschillende terreinen betrekking hebbende invulstaten uit een groot aantal jaren zijn in deze correspondentie-serie meegebonden.
Om het probleem van de gemengde serievorming te ondervangen zijn in de inventaris kruisverwijzingen en blinde nummers opgenomen. Voor de periode 1921-1940 was een dergelijke handelwijze niet nodig omdat er dan sprake is van gescheiden bewaarde series.
In 1941 is men ten aanzien van de correspondentie van de chronologische naar de zaaksgewijze ordeningsmethode overgestapt. De grondslag voor deze methode vormde de zgn. basis archiefcode van de Vereniging van Nederlandse Gemeenten (code VNG). Omdat dit dossierbestand (periode 1941-1964 (1965)) als één geheel wordt beschouwd naast de andere algemene en bijzondere series, is het code-archief in het archiefschema direkt achter de algemene series gevoegd. Deze werkwijze sluit aan bij recente opvattingen omtrent de inpassing van dossierbestanden in een archief inventaris. * 

Van de series aanvragen van bouw- en hinderwetvergunningen zijn uit de oudste perioden specificaties opgenomen in de bij lagen I en II. In bijlage III worden volgens de classificatie-indeling de op het code-archief van Loenersloot betrekking hebbende hoofd- en onderrubrieken vermeld, waardoor deze kan worden beschouwd als een aanvulling op de inhoudsopgave onder de titel 'Dossiers'. In bijlage V ontbreekt een naamlijst van de schepenen van het gerecht Loenersloot, Oukoop en Ter Aa. Weliswaar leveren de oudere bronnen vele namen van schepenen op, maar doordat de desbetreffende stukken veelal mede zijn ondertekend door een buurmeester en een of meerdere geërfden, is het lang niet altijd duidelijk wie in welke hoedanigheid optrad. Met het oog op het gevaar van onjuiste identificaties is het derhalve wijselijker bevonden om van de uitwerking van een naamlijst van schepenen af te zien.
Door de fragmentarische aanwezigheid van bronnen uit de periode 1818-1851 was het evenmin mogelijk om van de raadsleden en assessoren uit dat tijdvak een compleet beeld te verkrijgen. De naamlijsten starten daarom respectievelijk in 1850 en 1851.
Een concordans op de door Fruin in 1889 vervaardigde inventaris van het zgn. oud-archief der gemeente is achter de bijlagen in de inventaris opgenomen.
Ten aanzien van de vernietiging van archiefstukken kan worden opgemerkt dat de meest hiervoor in aanmerking komende stukken (vanaf 1851), zoals de bevelschriften van betaling (mandaten), de bijbehorende nota's en een groot deel van de boekhouding, voor vernietiging in aanmerking kwamen en daarom bij deze inventarisatie van het archief zijn afgescheiden. Daarbij dient te worden opgemerkt dat met name de mandaten en nota's van een groot aantal jaren noodzakelijkerwijs dienden te worden bewaard omdat deze zijn ingebonden bij de te bewaren stukken.
Van het oorspronkelijke archief, ter lengte van 24,5 m' is na schoning 22 m' overgebleven.