Bij de inventarisatie van een archief moet zoveel mogelijk worden uitgegaan van de oude ordening van de stukken. Van een oorspronkelijke ordening was bij de aanvang van de inventarisatie-werkzaamheden echter nauwelijks meer sprake. Het oud archief is in 1932 op vrij summiere wijze geïnventariseerd. Door de nieuwe vondst van enkele bescheiden is kort na dit jaar een aangepaste inventaris verschenen, voorzien van een nummering die tot aan de huidige inventarisatie in gebruik is gebleven. Beide versies kenden binnen het oud archief een drietal afdelingen, nl.:
I. gerecht Breukeleveen;
II. schouwgebied van Breukeleveen (in de eerste versie getiteld: Polder Breukeleveen (en Tienhoven));
III. kerk van Breukeleveen en Tienhoven.

De eerste afdeling is bij de huidige inventarisatie grotendeels bijeen gehouden en aangevuld met archivalia die elders werden aangetroffen. Binnen dit archief zijn de stukken naar organisatie en taken herordend en uitgesplitst. Een klein gedeelte van de stukken uit deze afdeling is geplaatst in de tweede afdeling, die thans is getiteld: stukken met betrekking tot de polder van Breukeleveen (en Tienhoven). De verantwoording van de aanwezigheid van deze afdeling moet met name worden gezocht in het feit dat de geërfden-organisatie in aangelegenheden betreffende het polder- of veengebied een bijzondere rol heeft gespeeld. De archivalia uit de derde afdeling, nl. die van de kerk van Breukeleveen en Tienhoven zijn dermate gering in aantal, dat deze chronologisch zijn geordend. Het oud archief omvat de periode 1628-1811. Het oudste document betreft een rekening en omslag van het ordinaris en extraordinaris zeedijksgeld. De jongste stukken dateren van 1811, het jaar waarin een einde kwam aan de bestuurlijke zelfstandigheid van Breukelen-Proostdij en Breukeleveen. Het nieuw archief omvat de periode 1818-1948 (1964). De eerste jaren vallen samen met de totstandkoming en opheffing van Breukelen-St. Pieters als gemeente. Enkele stukken die betrekking hebben op de gemeentelijke administratie lopen nog door tot 1953. De jongste stukken in de archieven van het Wegcomité Tienhoven-Breukelen(-St. Pieters) en van het Burgerlijk Armbestuur dateren respectievelijk uit 1959 en 1964.

Ook bij de volgorde der stukken van het nieuw archief is hoofdzakelijk uitgegaan van de organisatie en taken van de onderscheidene archiefvormende instanties. Het archief van het gemeentebestuur is voornamelijk opgebouwd rond een aantal langlopende series, zoals de raadsnotulen, correspondentie, begrotingen en jaarrekeningen. Gebleken is, dat hierin behoudens de raadsnotulen sprake is van een niet gering aantal lacunes, waarvan de oorzaak onbekend is. In de periode 1819-1939 heeft men ten aanzien van de correspondentie twee verschillende ordeningssystemen gehanteerd. Tot ca. 1922 zijn de ingekomen stukken (en de minuten van uitgaande stukken) gedurende verschillende jaren geordend volgens het agendastelsel; *  d.w.z. chronologisch op datum van binnenkomst. In andere jaren is geagendeerd volgens alfabetisch geordende rubrieken. Eerst vanaf juli 1922 is deze laatste ordeningsmethode onafgebroken gehanteerd. De onderzoeker dient daarbij in gedachten te houden dat de archiefvormer zich soms weinig consequent aan deze rubrieksordening heeft gehouden. Dit geldt vooral bij die onderwerpen die onder meer dan één trefwoord gerangschikt konden worden. Een rubriekenlijst van de correspondentie uit de periode 1923-1939 is achter de inventaris als bijlage I opgenomen.

In 1939 is men overgegaan op de zaaksgewijze ordening. Daarbij werd uitgegaan van de zgn. basis-archiefcode van de Vereniging van Nederlandse Gemeenten (code VNG). Het verschil, met de voorgaande ordeningsmethode lag daarin, dat de ingekomen en doorslagen van uitgaande stukken niet meer per jaar en op onderwerp bijeen werden gehouden, maar per zaak en over de tijdslengte die deze betrof. Ondanks het feit dat de onderwerpsgewijze en zaaksgewijze ordeningsmethoden zich in de regel niet met elkaar laten verenigen en het codearchief volgens moderne opvattingen binnen een beschrijvende inventaris als deze een aparte plaats dient in te nemen, is daarvan om de volgende redenen afgezien:
a. het code-archief beloopt slechts een korte periode (1939- 1948);
b. bij de start van de inventarisatie bleken de dossiers van het code-archief als gevolg van een eerder plaatsgehad hebbende herordening door het hele archief verspreid te zijn geraakt;
c. de dossiers konden zonder uitzondering probleemloos worden geïntegreerd binnen de verschillende afdelingen van de beschrijvende inventaris.
Ten aanzien van de vernietiging van stukken, daterende vanaf 1851, kan worden opgemerkt dat de daarvoor in aanmerking komende bijlagen bij de jaarrekeningen (i.c. de mandaten en bijbehorende nota's), voor zover niet bij de jaarrekeningen meeïngebonden, na de onderhavige inventarisatie zijn vernietigd. Van het oorspronkelijke archief van 33 m' is na schoning thans 27,5 m' overgebleven.