Omtrent de lotgevallen van de archieven van Laag Nieuwkoop is slechts weinig bekend. Het gemeenteverslag over het jaar 1854 meldt t.a.v. de plaatselijke archieven dat hieraan 'behoorlijk de hand werd gehouden'. *  Waar deze archieven zich toen bevonden wordt echter niet vermeld. Omdat de gemeente in die tijd nog niet over een eigen gemeentehuis beschikte (het bestuur vergaderde reeds lange tijden in het zgn. gerechtshuis aan de Portengense Brug) zullen deze, zoals ook elders wel gebruikelijk was, onder de gemeentesecretaris hebben berust. Zekerheid daaromtrent biedt ons het gemeenteverslag over 1866, het jaar waarin burgemeester-secretaris J.C. de Bruijn overleed. Volgens genoemd verslag kon men toen omtrent het archief geen mededeling doen, 'vermits de overgift van het archief door de erven van den overleden secretaris nog niet in behoorlijken vorm heeft plaats gehad'. *  In 1871 werd het plan opgevat om de 'beschikbare tijd' aan te wenden voor een beschrijving van de archieven. Vijf jaar later was men door het ontbreken van de nodige hulp echter nog steeds niet met dit werk begonnen. Een verbetering van de omstandigheden diende zich aan in 1877, toen per 1 januari van dat jaar een eigen gemeentehuis en secretarie kon worden betrokken. Als onderkomen diende een gedeelte van de gewezen pastorie der Ned. Hervormde gemeente, welke tevens als gemeentehuis van de gemeente Kockengen ging fungeren. * 

De archieven van Laag Nieuwkoop verhuisden binnen ditzelfde jaar naar het te Kockengen staande gemeentehuis. Het oud archief werd tezamen met dat van Kockengen op 17 juli 1888 aan het rijksarchief te Utrecht in bewaring gegeven. Het was toen blijkbaar al voor een deel met het oud archief van Kockengen vermengd geraakt (waarover meer in het hoofdstuk hierna) en niet meer compleet aanwezig. In de jaren 1923-1925 werden namelijk een aantal stukken uit zowel het oud als het nieuw archief van Laag Nieuwkoop aangetroffen in het archief van de gemeente Vleuten. In 1924 werden bovendien een aantal stukken teruggevonden in het archief van het Waterschap Laagnieuwkoop. En tenslotte werden in 1930 door de gemeente Harmelen een aantal in haar archief ontdekte stukken, afkomstig uit het nieuw archief van Laag Nieuwkoop, aan laatstgenoemde gemeente overgedragen. Alle elders aangetroffen en op het oud archief betrekking hebbende stukken zijn na hun ontdekking door de betreffende instanties aan het rijksarchief overgedragen. *  Na de opheffing van de gemeente Laag Nieuwkoop, in 1942, en haar opname in de gemeente Kockengen, is het nieuw archief in laatstgenoemde gemeente blijven berusten. Door het ontbreken van een brandvrije bergruimte in het gemeentehuis werd op 20 oktober 1972 vrijwel het gehele nieuw archief van de voormalige gemeente Laag Nieuwkoop, tegelijk met een groot gedeelte van dat van Kockengen, bij het rijksarchief in Utrecht in bewaring gegeven. Als gevolg van de opheffing van de gemeente Kockengen, per ingang van 1 januari 1989, en haar overgang in de gemeente Breukelen, zijn haar archieven, inclusief die van Laag Nieuwkoop, in het kader van de onderhavige inventarisatie in 1991 naar de archiefbewaarplaats van de gemeente Breukelen overgebracht.