Bij de inventarisatie van een archief moet zoveel mogelijk worden uitgegaan van de oude ordening van de stukken. Te dien aanzien bleken bij de aanvang van de inventarisatie-werkzaamheden het oud archief (tot 1813) en enkele seriebestanden uit het nieuw archief (vanaf 1813) door eerder plaatsgehad hebbende bewerkingen (weer) in zekere mate aan dit criterium te voldoen. Het oud archief werd in grote lijnen aangetroffen zoals het in 1932 door G.H. Kurtz is geïnventariseerd. Het resultaat van die bewerking is vervat in een getypte inventaris waarin de navolgende afdelingen zijn opgenomen:
I. Breukelen-Nijenrode;
II. Breukelen-Orttsgerecht;
III. Portengen-Noordeinde;
IV. Kerspel Breukelen;
V. Stichtse lasten in de gerechten van Breukelen;
VI. Waarschappij van Breukelen.

Bij de huidige inventarisatie zijn de afdelingen I, II, IV en VI gehandhaafd, maar zijn de daarin ondergebrachte archiefbestanddelen naar hun archivistische kenmerken verfijnder gerangschikt.
Afdeling III betrof een zelfstandig archief en is als administratieve voorganger van de gemeentelijke administratie van Portengen-Noordeinde naar het archief van die plaats overgebracht en in de inventaris van die gemeente beschreven.
Afdeling V is komen te vervallen omdat de daarin opgenomen archivalia feitelijk tot de afdelingen I, II en IV behoorden.
Het oud archief omvat de periode 1569-1811 (1813). Het oudste document betreft een belastingkohier voor o.a. de gerechten Breukelen-Nijenrode en Breukelen-Proostdij (St. Pieters) uit de jaren 1569-1570. De formele beëindiging van de gerechtsstructuur in 1811 markeert de einddatum van het oud archief, doch een aantal series en losse stukken lopen nog door tot het jaar 1813.
Het nieuw archief vangt aan met 1811, het jaar waarin een aantal gerechten, w.o. Breukelen-Nijenrode en Breukelen-Ortts, werden samengevoegd tot de gemeente Breukelen. De inventarisatie omvat de archivalia tot en met het jaar 1948. Bescheiden van na dit jaar zijn-behoudens enkele uitzonderingen-niet in deze inventaris beschreven.
Ook bij de ordening der stukken van het nieuw archief is hoofdzakelijk uitgegaan van de organisatie en taken van de onderscheidene archiefvormende instanties. Het archief van het gemeentebestuur is voornamelijk opgebouwd rond een aantal langlopende series, zoals de raadsnotulen, correspondentie, begrotingen en jaarrekeningen. Deze zijn vrij compleet bewaard gebleven.

De volgende zaken, daterende van na 1948 zijn uit deze inventaris verwijderd en verwerkt in de dossierinventaris, 1949-1988:
. Notulen van de vergaderingen van de gemeenteraad, 1949-1988 (vervallen inv.nrs. 18 t/m 45)
. Begrotingen met memories van toelichting, begrotingswijzigingen en bijlagen, 1949-1988 (vervallen inv.nrs. 739 t/m 778)
. Meerjarenbegroting voor het tijdvak 1988-1992 ((vervallen inv.nr. 779)
. Grootboeken van inkomsten en uitgaven, 1949-1962 (vervallen inv.nrs. 829 t/m 855)
. Jaarrekeningen van ontvangsten en uitgaven, met bijlagen, 1949-1988 (vervallen inv.nrs. 963 t/m 1002)
. Akten van geboorte, huwelijk en echtscheiding en overlijden, 1949-1992 (vervallen inv.nrs. 1938 t/m 1944, 1959 t/m 1965 en 1980 t/m 1986)
. Archief van het Grondbedrijf, 1968-1988 (vervallen inv.nrs. 2233 t/m 2268)
. Archief van het Woningbedrijf (1963) 1964-1988 (vervallen inv.nrs. 2269 t/m 2293).
. Archief van het Sportbedrijf, 1977-1986 (vervallen inv.nrs. 2294-2305)
. Archief van de bestuurscommissie van het gemeentelijk verzorgingshuis "De Aa", 1978-1988 (vervallen inv.nrs. 2306 t/m 2319)

In de periode 1811-1939 heeft men ten aanzien van de correspondentie afwisselende ordeningssystemen gehanteerd. Tot het jaar 1906 is er' voornamelijk sprake van een chronologische ordening waarbij de stukken toegankelijk zijn gemaakt door bijgevoegde of meeingebonden chronologische en/of alfabetisch ingerichte agenda's. Vanaf 1906 heeft men voor de ordening der stukken in de meeste jaren een rubriekenstelsel gehanteerd. De onderzoeker dient daarbij in gedachten te houden dat de archiefvormer zich soms weinig consequent aan deze rubrieksordening heeft gehouden.
Dit geldt vooral bij die onderwerpen die onder meer dan één trefwoord gerangschikt konden worden. Bovendien kent deze ordening een rubriek 'Verschillende Zaken', waarin ook niet geagendeerde stukken voorkomen. Een rubriekenlijst van de correspondentie is achter de inventaris als bijlage III opgenomen.
In 1939 is men overgegaan op de zaaksgewijze ordening. Daarbij werd uitgegaan van de zgn. basis-archiefcode van de Vereniging van Nederlandse Gemeenten (code VNG). Het verschil met de voorgaande ordeningsmethoden lag daarin, dat de ingekomen en doorslagen van uitgaande stukken niet meer per jaar en op onderwerp bijeen werden gehouden, maar per zaak en over de tijdslengte die deze betrof. Deze dossierserie bevat vele voorstukken die uit de rubrieksgewijs geordende serie zijn overgeheveld en stukken die na de samenvoeging van Breukelen-Nijenrode en Breukelen-St. Pieters (1-1-1949) nog aan de lopende zaken zijn toegevoegd.
De hier genoemde gemeentelijke herindeling had namelijk tot gevolg dat per genoemde datum de bestaande dossierserie werd afgesloten en met een nieuwe serie werd begonnen. Het dossierarchief over het tijdvak 1949-1988 is niet in deze inventaris opgenomen maar in een afzonderlijke dossier-inventaris.

Van het archief van het gemeentebestuur (1813-1931) is Van de hand van G.H. Kurtz in 1932 inventaris opgemaakt, *  die op enkele onderdelen tot 1937 is bijgewerkt. Desondanks zijn vele stukken buiten deze inventaris gebleven, en is de laatste tot uitgangspunt genomen bij een inspectie in 1962, waarbij wel een genummerd archief werd aangetroffen maar géén bijbehorende inventaris. Aan de hand van de nummers is de inventaris van Kurtz gereconstrueerd en vervat in de 'Inventaris van het archief van de voormalige gemeente Breukelen-Nijenrode van 1813 tot 1931' (1937).

De gereconstrueerde inventaris uit 1962 vertoont vrijwel geen systematische indeling, maar doordat in vele sedertdien verschenen publikaties door middel van de noten naar de nummers uit deze inventaris wordt verwezen, is deze laatste opgenomen in de concordans op het nieuw archief.
Ten aanzien van de vernietiging van stukken, daterende vanaf 1851, kan worden opgemerkt dat de daarvoor in aanmerking komende bescheiden zijn opgenomen in een aparte aangelegde vernietigingslijst. De nadruk ligt in deze lijst op financiële stukken, zoals mandaten, nota's, inningsopdrachten, secretarieregisters en kasboeken. Deze en andere *  in de vernietigingslijst opgenomen bescheiden zijn in 1994 vernietigd of op vernietigingstermijn afgesteld. Van het oorspronkelijke archief (uitgezonderd het dossierarchief) van 110 m' is na schoning thans 53 m' overgebleven.