Bij de inventarisatie van een archief moet zoveel mogelijk worden uitgegaan van de oude ordening van de stukken. Te dien aanzien bleken bij de aanvang van de inventarisatie-werkzaamheden het oud archief (tot 1813) en enkele seriebestanden uit het nieuw archief (vanaf 1813) door eerder plaatsgehad hebbende bewerkingen (weer) in zekere mate aan dit criterium te voldoen. Het oud archief werd in grote lijnen aangetroffen zoals het in 1932 door G.H. Kurtz is geïnventariseerd. Het resultaat van die bewerking is vervat in een getypte inventaris waarin de navolgende afdelingen zijn opgenomen:
I. Breukelen-Nijenrode;
II. Breukelen-Orttsgerecht;
III. Portengen-Noordeinde;
IV. Kerspel Breukelen;
V. Stichtse lasten in de gerechten van Breukelen;
VI. Waarschappij van Breukelen.

Bij de huidige inventarisatie zijn de afdelingen I, II, IV en VI gehandhaafd, maar zijn de daarin ondergebrachte archiefbestanddelen naar hun archivistische kenmerken verfijnder gerangschikt.
Afdeling III betrof een zelfstandig archief en is als administratieve voorganger van de gemeentelijke administratie van Portengen-Noordeinde naar het archief van die plaats overgebracht en in de inventaris van die gemeente beschreven.
Afdeling V is komen te vervallen omdat de daarin opgenomen archivalia feitelijk tot de afdelingen I, II en IV behoorden.
Het oud archief omvat de periode 1569-1811 (1813). Het oudste document betreft een belastingkohier voor o.a. de gerechten Breukelen-Nijenrode en Breukelen-Proostdij (St. Pieters) uit de jaren 1569-1570. De formele beëindiging van de gerechtsstructuur in 1811 markeert de einddatum van het oud archief, doch een aantal series en losse stukken lopen nog door tot het jaar 1813.
Het nieuw archief vangt aan met 1811, het jaar waarin een aantal gerechten, w.o. Breukelen-Nijenrode en Breukelen-Ortts, werden samengevoegd tot de gemeente Breukelen. De inventarisatie omvat de archivalia tot en met het jaar 1948. Bescheiden van na dit jaar zijn-behoudens enkele uitzonderingen-niet in deze inventaris beschreven.
Ook bij de ordening der stukken van het nieuw archief is hoofdzakelijk uitgegaan van de organisatie en taken van de onderscheidene archiefvormende instanties. Het archief van het gemeentebestuur is voornamelijk opgebouwd rond een aantal langlopende series, zoals de raadsnotulen, correspondentie, begrotingen en jaarrekeningen. Deze zijn vrij compleet bewaard gebleven.