Het archief van de huis en heerlijkheid Broekhuizen kan thans het best worden vergeleken met losse fragmenten uit een legpuzzel. We mogen wel aannemen dat er ooit op het kasteel een archief van enige betekenis heeft berust, gevormd door de opeenvolgende eigenaren en bewoners. Een goed beeld daarvan hebben we echter niet. Het archief zal meermalen zijn verdeeld bij erfenissen. Bovendien hadden de eigenaren van huis en heerlijkheid vaak meer dan een kasteel in eigendom en het zwaartepunt bij archiefvorming lag dan in de plaats waar men het meest verbleef. Het is dus zeer goed mogelijk dat stukken die oorspronkelijk tot het huis- en heerlijkheidsarchief hebben behoord, op die manier in andere, soortgelijke archieven terecht zijn gekomen. Wel zal men er van uit mogen gaan dat er in Broekhuizen altijd een kernarchief aanwezig was, dat de rentmeester voor het dagelijks beheer van goederen onder handbereik had. Hoe dit ook mag zijn, problematisch worden de lotgevallen van het archief na de verkoop van huis en heerlijkheid in 1744 aan de koning van Pruisen. Waarschijnlijk is toen het archief overgebracht naar Geldern, waar het terecht is gekomen in de bureaus van de domeinadministratie, het 'Fiskalat' en Koninklijke Commissie c.q. later het Landesadministrationskollegium. Een lijst van overgebrachte stukken ontbreekt echter. Vanaf dat moment werden huis en heerlijkheid Broekhuizen als domeingoed feitelijk beheerd en bestuurd vanuit Geldern. Daar werden ook door verschillende instanties de dossiers over Broekhuizen gevormd. Dat door pachters van het kasteel of domeinrentmeesters veel aan archiefvorming ter plaatse in Broekhuizen is gedaan, lijkt onwaarschijnlijk

Met de inval van de Fransen in 1794 begint voor de archieven van de centrale instellingen in Geldern een lange zwerftocht. Reeds de dreiging van een Franse inval was in 1792 reden geweest voor de Staten van het Pruisisch Overkwartier hun archief over de Rijn in veiligheid te brengen. *  Begin oktober 1794 verhuisde ook het Hof van Justitie met medeneming van zijn archief over de Rijn. *  Gegevens over het archief van het Landesadministrationskollegium ontbreken, maar wellicht hebben leden hiervan op hun vlucht ook materiaal meegenomen. De lotgevallen van de verschillende archieven in die jaren zijn onduidelijk, maar zeker is dat aan hun odyssee voorlopig nog geen einde kwam. Na 1801 werden delen van de inmiddels gehavende bestanden overgedragen aan de prefectuur van het departement Roer in Aken en aan de beheerder van een depot in Kleef, in welke plaats zich onder andere de onderprefectuur en de arrondissementsrechtbanken bevonden. Na het vertrek van de Fransen in 1814 zijn in de navolgende decennia de archieven in een centrale bewaarplaats in Düsseldorf bij elkaar gebracht en daar geordend en beschreven. *  Helaas is het resultaat van dit werk van matige kwaliteit. Archiefbestanden zijn met elkaar vermengd geraakt en stukken werden soms bij elkaar geplaatst in chronologische volgorde of volgens onderwerp, zonder rekening te houden met hun herkomst. Problematisch is echter dat ook deze uitgangspunten vaak niet consequent zijn doorgevoerd, met als resultaat halfslachtige oplossingen. Latere herordeningen hebben de verwarring soms alleen maar groter gemaakt

Wie een onderzoek doet naar de geschiedenis van de heerlijkheid Broekhuizen nà 1744, treft daarover dan ook op de meest verrassende plaatsen in dit archiefconglomeraat materiaal aan. Wat met de grote archieffondsen gebeurde, vond in het klein ook plaats met het gedeponeerde archief van de heerlijkheid Broekhuizen. In 1904 publiceerde rijksarchivaris A.J.A. Flament een overzicht van archivalia in het Königliches Preussisches Staatsarchiv te Düsseldorf, van belang voor de geschiedenis van Limburg. Hij vermeldt daarbij negen charters en één stuk op papier uit de periode 1624-1744 betreffende het bezit van de heerlijkheid Broekhuizen. *  Kennelijk waren deze toen nog als eenheid bij elkaar. In 1948 zijn hiervan drie charters aan het Rijksarchief in Limburg overgedragen, *  de resterende zes charters bleven in Düsseldorf achter. Ze zijn daar in de inventaris van de Gelderse archieven geplaatst in een chronologische verzameling 'Urkunden' *  het stuk op papier belandde in het bestand 'Landesadministrationskollegium'. *  Een ander goed voorbeeld van verwarring leveren ook de leen- en cijnsregisters van de heerlijkheid. Flament noemt in 1904 een origineel 15de eeuws cijnsregister op perkament van de heerlijkheid Broekhuizen, dat zich thans bevindt in het bestand 'Landesadministrationskollegium'. *  Een eveneens origineel leenregister op papier uit de zestiende en zeventiende eeuw, evenwel niet opgemerkt door Flament, stond vroeger in Düsseldorf in een bestand 'Kessel', maar werd in 1948 aan het Rijksarchief Limburg overgedragen. * 

Tenslotte is er nog een derde leen/cijnsregister, aangelegd na verkoop van de heerlijkheid in 1744 en dus oorspronkelijk deel uitmakend van het archief in Geldern. Dit wel door Flament gesignaleerde register maakt thans in Düsseldorf deel uit van het bestand Landesadministrationskollegium. *  Men moet dus constateren dat de goed bedoelde, maar onvolledig uitgevoerde archiefruilingen tussen Nederland en Pruisen/Duitsland de verwarring alleen nog maar hebben verhoogd. Dat geldt daarnaast ook voor allerlei stukken die ten onrechte door Düsseldorf aan Maastricht zijn overgedragen. Deze hebben weliswaar betrekking op Limburg, maar zijn afkomstig van verschillende centrale instanties uit Geldern. Met name geldt dat voor dossiers, bundels en rekeningen aangaande het beheer van landsheerlijke domeinen in het Land van Kessel. Deze zijn in het Rijksarchief Limburg, samen met stukken van andere herkomst, bij elkaar geplaatst in een bestand 'Ambt Kessel'. Stukken die betrekking hebben op het vroeger in Geldern afzonderlijk gevoerde beheer van huis en heerlijkheid Broekhuizen nà 1744, stonden voor het grootste deel bij het archief van Broekhuizen. Ze zijn nu tijdens de inventarisatie afgezonderd en geplaatst bij de rest van de fragmenten domeinadministratie van het 'Ambt Kessel', welk bestand nu voorlopig door het leven gaat als 'Archieven domeinadministraties Kessel en Broekhuizen'. (Overigens bleek zich in dit bestand 'Ambt Kessel' ook nog een band met betrekking tot Broekhuizen te bevinden, waarmee de gemeenschappelijke herkomst van al deze stukken nog eens wordt onderstreept)

Zijn de lotgevallen van de meeste charters in het heerlijkheidsarchief inmiddels wel te achterhalen, onduidelijkheid blijft bestaan over de weinig omvangrijke hoeveelheid documenten op papier. Vrijwel steeds mag worden aangenomen dat ze deel hebben uitgemaakt van het huis- en heerlijkheidsarchief (soms wijzen bepaalde aantekeningen op de achterkant daar ook op), maar het is niet duidelijk of het hier nu eens gaat om een geruisloze overdracht uit Düsseldorf dan weer om bijvoorbeeld afgedwaalde stukken, die in het archief van de schepenbank terecht zijn gekomen. Bij de inventarisatie is besloten al het in Maastricht berustende materiaal op te nemen dat met een redelijke mate van waarschijnlijkheid tot het huis- en heerlijkheidsarchief heeft behoord. Voorts zijn met een blanco nummer opgenomen de stukken in Düsseldorf, die ooit met zekerheid deel hebben uitgemaakt van het heerlijkheidsarchief. *  Wellicht kan in de toekomst deze vereniging op papier nog eens worden omgezet in een fysieke hereniging

De inventarisatie van het heerlijkheidsarchief werd tegelijk met dat van de schepenbank Broekhuizen voltooid. De voorbereidende werkzaamheden van Renkens en Flokstra, waarvan bij het schepenbankarchief melding is gemaakt, waren hier beperkt gebleven tot de voorlopige beschrijving van slechts enkele stukken. Bij de indeling van de inventaris werd een onderscheid gemaakt tussen enerzijds stukken die duidelijk konden worden gerelateerd aan leden van families die de heerlijkheid Broekhuizen in bezit hebben gehad en anderzijds stukken die met het beheer over een lange periode te maken hebben, in casu stukken afkomstig van het aan de heerlijkheid verbonden leen- en cijnshof