Bij de komst van de Franse troepen in 1794 bevonden het archief van de landrentmeester-generaal en dat van de rentmeester der gereserveerde domeinen zich ten huize van E. Ruys. Als gevolg van het Haags verdrag van 1795, waarbij onder andere het Staats Overkwartier aan de Franse republiek werd afgestaan, vielen de domeingoederen aan Frankrijk toe.

In 1798 kwam het archief van de voormalige landrentmeester-generaal in het gezichtsveld van de centrale administratie van het departement van de Nedermaas, waartoe het vroegere Staatse Overkwartier behoorde. Ruys zou weigerachtig zijn geweest ten aanzien van de overlevering van titels en papieren betreffende de nationale goederen, die op grond van een besluit van de volksrepresentanten van 9 frimaire III moest plaatsvinden. De centrale administratie besloot derhalve op 1 prairial VI (20 mei 1798) dat de bescheiden van Ruys moesten worden verzegeld en geïnventariseerd. De verificateur Durant van het bureau der registratie en nationale domeinen bezocht vervolgens de woning van Ruys en constateerde dat het inventariseren wel vijftien dagen in beslag zou nemen. Daar hij de Nederlandse taal niet machtig was, zou hem een vertrouwd persoon als deskundige ter zijde moeten staan. De centrale administratie gaf daarop op 27 prairial VI (15 juni 1798) aan de vrederechter te Venlo en aan de commissaris van het directoire exécutif aldaar de opdracht tot inventarisatie.

Na een summiere beschrijving moesten de stukken naar de directie der nationale domeinen te Maastricht worden gezonden. Nu meldde Ruys zich bij de centrale administratie. Hij beklaagde zich in een brief van 2 juli 1798 over dat in zijn afwezigheid zijn huis overhoop was gehaald en dat alle bescheiden in twee kamers bijeen waren gebracht, ook zijn particuliere stukken en de bescheiden die zijn schoonfamilie hem had toevertrouwd. De vrederechter en de commissaris vatten hun taak zo op dat zij alle papieren zonder onderscheid hadden te inventariseren. Ruys verzocht de centrale administratie om hen te gelasten zich te beperken tot de stukken aangaande de domeinen. Op 15 thermidor VI (2 augustus 1798) liet de centrale administratie aan de vrederechter en de commissaris van het directoire exécutif weten dat zij te ver waren gegaan, wanneer zij inderdaad stukken van particuliere aard en vreemd aan de domeinen, in de inventaris hadden opgenomen *  .

De bescheiden van Ruys werden op 8 augustus 1798 aan de directie der nationale domeinen overgedragen, welke instantie de stukken in ieder geval vóór 11 november 1798 doorzond aan de 'préposés au triage des titres'. Deze in Maastricht in de jaren 1798-1799 werkzame ambtenaren, drie in getal, waren belast met het schiften van in beslag genomen archieven van met name opgeheven kerkelijke instellingen. Zij stelden vast welke bescheiden bewaard moesten blijven, voornamelijk ten behoeve van de domeinadminstratie, en welke konden worden vernietigd. Op 11 november 1798 (21 brumaire VII) startten deze ambtenaren met het schiften van de archieven van verschillende instellingen die als gevolg van diverse transporten als een 'masse énorme' door elkaar waren geraakt. Het best als geheel herkenbaar waren nog de stukken van de ontvanger-generaal Ruys en men besloot met dit archief te beginnen.

Het archief was groot. De mede overgedragen inventaris was evenwel niet erg bruikbaar. Zogenaamde belangrijke stukken bleken in werkelijkheid kladden, ontwerpen en niet authentieke afschriften te zijn. Op 15 november 1798, vier dagen later reeds, was de schifting van het archief voltooid. Er waren lijsten opgesteld van te bewaren en te vernietigen stukken. De te bewaren stukken zijn, op enkele overdrachten in 1926 na, nog steeds in het Rijksarchief aanwezig *  . De hoeveelheid te vernietigen archiefbescheiden was omvangrijk. Daartoe behoorden zestig oude rekeningen van vóór 1768, resoluties van de Staten-Generaal, stukken betreffende de inning en verpachting van tienden, correspondentieregisters aangaande de Lithse tol te Venlo en stukken betreffende de grens tussen Gulik en Gelder *  . Aangezien de meeste rekeningen werden vernietigd en de rekeningen van de landrentmeester-generaal van het Staats Overkwartier in het archief van de Generaliteits Rekenkamer te 's-Gravenhage evenmin bewaard bleven, zijn de weinige achttiende eeuwse rekeningen in dit archief de enige die wij thans kennen.

De 'préposés au triage' stuurden op 17 november 1798 de door hen opgestelde lijsten aan de centrale administratie toe. In hun bericht stelden zij vast dat de grote massa papier slechts weinig te bewaren stukken had opgeleverd. Het te vernietigen gedeelte omvatte stukken betreffende directe belastingen, tienden en heerlijke rechten, kladden van allerlei aard en oude rekeningen. Het verwonderde hen dat de rekeningen jonger dan 1777 ontbraken. Pogingen om deze klaarblijkelijk ontbrekende stukken te achterhalen leverden niets op *  .

Het archief bleef hoogst waarschijnlijk achter bij de triagecommissie. Na het ontslag van de préposés in 1801 verhuisde alle door hen behandelde archieven naar de préfecture. Na het vertrek van de Fransen in 1814 bleef het archief van centrale administratie c.q. de prefect met de archieven van vóór die tijd berusten in de préfecture, in hetzelfde gebouw dat voortaan aan de provinciale griffie onderdak bood. Bij de oprichting van het Provinciaal Archief in 1866 vormden deze archieven de eerste bestanddelen en werden de stukken betreffende de domeinen in het 'Hollandsch Overkwartier' in het eerste overzicht uitdrukkelijk genoemd *  .

De stukken die aldus via de Franse administratie in het Rijksarchief in Limburg berusten, werden nadien op een onbekend tijdstip aangevuld met stukken van de familie Ruys, die eveneens in de uitoefening van het ambt van (land)rentmeester zijn opgemaakt. Bij diezelfde gelegenheid zullen ook de stukken van particuliere aard van de familie Van Aefferden zijn verkregen die tussen de ambtelijke stukken werden aangetroffen. Enige in de Franse tijd verworven stukken werden in 1916 aan het Hauptstaatsarchiv te Düsseldorf afgestaan, te weten een register van erfpachten van de stad en het ambt Geldern 1600-1608, de rekening van de stad, voogdij en nederambt Geldern over 1681, de rekening van de Meurse pandschap van 1719 en de rekening van het ambt Krickenbeck over 1699/1700 *  .