In juli 1988 vond de (her)oprichting van het Nederlands Eiercontrole Bureau, in 1991 omgedoopt tot: Controlebureau voor Pluimvee, Eieren en Eiproducten, kortweg CPE, plaats. De heroprichting van dit controlebureau, dat in de periode vanaf de dertiger jaren tot en met 1969 - het jaar dat Nederland toetrad tot de EEG - op basis van nationale regelgeving voor het in de handel brengen van eieren als toezichthoudende instantie actief was, was het gevolg van een besluit dat door de toenmalige Minister van Landbouw was genomen als bezuinigingsmaatregel. Van overheidswege vond men dat de controle op het handhaven van de handelsnormen ten gunste kwam van het betrokken bedrijfsleven en dat om die reden de kosten van dergelijke controles ook bij dat bedrijfsleven dienden te worden gelegd. Omdat het controleren op EU-handelsnormen in eerste aanleg een taak was van de overheid, werd er een wettelijke constructie toegepast om die taken namens de overheid door het bedrijfsleven te laten controleren. Op basis van de "Landbouwkwaliteitswet" bestond reeds de mogelijkheid controles onder toezicht van de overheid door het bedrijfsleven te laten plaatsvinden en tevens de kosten voor die activiteiten via een aansluitplicht door te belasten aan het betrokken bedrijfsleven. Op basis van deze wetgeving konden private ondernemingen, zonden winstoogmerk, worden belast met een wettelijke controle taak. Die constructie werd in 1988 ook toegepast t.b.v. de controle op de handelsnormen voor eieren. Als ondernemingsvorm werd gekozen voor een stichting.

Het eerste jaar vonden uitsluitend controles plaats op basis van de EU-handelsnormenverordening voor eieren bij pakstations. De werkzaamheden werden reeds in 1989 uitgebreid met de controle op de productie en de verwerking van scharreleieren, waardoor ook de pluimveehouders als te controleren marktdeelnemer werden betrokken.

Een en ander was een gevolg van het feit dat op aandringen van het toenmalige Ministerie van LNV de controlewerkzaamheden bij die doelgroep, tot die tijd uitgevoerd door de Stichting Scharreleierencontrole, ondergebracht zouden worden bij het CPE. Begin 1990 werd op verzoek van het Ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport een begin gemaakt met de controles op de hygiëneverordeningen. Vanaf dit moment maakten ook de eiproductenfabrikanten en de eikokerijen deel uit van het controlebestand.

De tijdens de controles geconstateerde overtredingen werden ter beoordeling voorgelegd aan het Tuchtgerecht, bestaande uit leden van de rechterlijke macht, bijgestaan door deskundigen op het terrein van pluimvee en eieren. Het Tuchtgerecht kon besluiten een geldboete op te leggen, dan wel te volstaan met geven van een berisping. Tegen uitspraken van het Tuchtgerecht kon beroep worden aangetekend bij het College van Beroep voor het Bedrijfsleven.

In 1997 kreeg het CPE van de toenmalige Minister van Landbouw, Natuur en Visserij (kortweg LNV) de status van Zelfstandig Bestuursorgaan (kortweg ZBO). Door deze status werd het CPE steeds meer het verlengstuk van de overheid.

Aanvankelijk werd in 1988 gestart met 14 fulltime eenheden. Het accent van de werkzaamheden lag sterk op de buitendienstactiviteiten en de organisatie kenmerkte zich door de korte lijnen: 1 directeur, 1 administratief medewerker en 11 buitendienstmedewerkers. Begin 2000 was dit aantal fulltime eenheden uitgegroeid tot 35 fte. De vogelgriep in 2003 en de daarop volgende ontwikkelingen, leidden tot een ommekeer in de groei van het CPE. Versnelde krimp van het aantal controle-adressen door schaalvergroting, de negatieve financiële gevolgen van de vogelgriep en de stijgende kosten van de overhead, veroorzaakt door de wettelijke verplichtingen die de ZBO-status met zich bracht, leidden er toe dat het aantal medewerkers medio 2012 nog slechts 14 fte was.

Het succes van het CPE in de tweede helft van de jaren '90 tot begin 2000 was vooral te danken aan het gegeven dat veel opdrachten onder de noemer "werkzaamheden op verzoek" werden uitgevoerd voor het pluimvee-bedrijfsleven. De werkzaamheden bestonden in hoofdzaak uit het controleren op aanvullende kwaliteitseisen, die veelal waren vastgelegd in private kwaliteitssystemen.

Veel opdrachten werden uitgevoerd voor grootwinkelbedrijven, broederijen, eierhandelaren, fokkerijorganisaties en/of slachterijen. Die activiteiten - in veel gevallen uitgevoerd buiten Nederland, zowel binnen als buiten Europa - zorgden niet alleen voor een grote naamsbekendheid van het CPE in binnen- en buitenland, maar tevens, vanwege die extra bron van inkomsten, voor een stabiele financiële positie.

In een aantal gevallen leidde het tot misverstanden omdat het CPE werkzaamheden voor de overheid combineerde met commerciële activiteiten en die ook uitvoerde op het zelfde adres. Daarom werd, mede op last van de overheid, uiteindelijk een scheiding aangebracht tussen de gedelegeerde overheidstaak en de commerciële kant van het CPE.

Om die reden werd in 2005 door het CPE de besloten vennootschap INDAS opgericht. Vanaf 2005 tot en met 2010 werden de commerciële controlewerkzaamheden uitgevoerd door INDAS. Vanwege tegenvallende financiële resultaten is eind 2010 besloten de BV te verkopen aan een andere commerciële controle-instelling, Comore in Zeist.

De druk van de onvermijdelijke overhead op de hoogte van de controle-tarieven was van dien aard dat door het bestuur, mede onder druk van het Ministerie van Economie, Landbouw en Innovatie, in 2012 het besluit werd genomen om de werkzaamheden over te dragen aan het Centraal Orgaan Kwaliteitsaangelegenheden voor de Zuivel (COKZ).

Op 1 juli 2012 was die transitie een feit en kon een aanvang worden gemaakt met de afbouw van de Stichting CPE.

De CPE verkeert in 2017 in staat van faillissement.

Het CPE, in 1988 gestart met huisvesting in het gebouw van het Productschap voor Pluimvee en Eieren in Zeist aan de Utrechtseweg, was sinds het jaar 2000 gesitueerd in Barneveld.