De afdeling Arnhem was nimmer een kerkhoudende vereniging; ze liet deze taak over aan de toenmalige doopsgezinde gemeente Arnhem en de (vrijzinnige) Nederlands hervormde gemeente Arnhem. Later gold dat ook voor de Remonstrantse Gemeente Arnhem (opgericht in 1878) en de Vereniging van Vrijzinnige Hervormden Arnhem (opgericht in 1906).

Vanaf 21 oktober 1881 verzorgde de NPB zondagsschoolonderwijs (in 1906 met 20 zondagschoolonderwijzeressen’ en 300 leerlingen) en godsdienstonderwijs op lagere scholen in Arnhem en Rozendaal. Later is hiervoor de Stichting IKOS (Interkerkelijk overleg schoolzaken) opgericht, die jaarlijks vanuit de NPB onder meer financiële ondersteuning kreeg. Voor jongelieden werden speciale godsdienstoefeningen gehouden.

Van 1913 tot 1942 was de afdeling betrokken als medeorganisator bij de jaarlijkse “Openluchtkerkdiensten voor Vrijzinnige Godsdienstigen in Gelderland”, die onder andere in het Sonsbeekpark plaatsvonden.

In 1901 werd de Wijkverpleging NPB opgericht, die functioneerde tot 1947. In dat jaar fuseerde deze (onder)afdeling van de NPB met het Groene Kruis, waarbij het gebouw en het materiaal verhuurd werd. In 1963 volgde verkoop van het Wijkgebouw aan de Apeldoornseweg in Arnhem.

Gedurende een lange reeks van jaren was de NPB organisator van c.q. sterk betrokken bij het Jeugdwerk in “Vrijzinnig Arnhem.”: de organisatie van de jaarlijkse Jeugddag, de Stichting “Het Vuur” (opgericht in 1948) en de Vrijzinnig Christelijke Jeugdbeweging Arnhem (Bosvolk, Vrije Vogels, Jongeren Gemeenschap).
Gedurende vele jaren organiseerde de Afdeling Arnhem lezingen en voordrachten op godsdienstig terrein, vooral op het snijvlak van godsdienst en samenleving / cultuur.

In de jaren vijftig verminderden de activiteiten van de afdeling sterk, vooral omdat veel van haar activiteiten toen afzonderlijk werden uitgevoerd door de in die tijd sterk bloeiende kerkelijke gemeenten van doopsgezinden, remonstranten en vrijzinnig hervormden. Het afstoten van de afdeling Wijkverpleging betekende evenzeer een vermindering van de NPB activiteiten.

In het begin van de jaren zestig ontstond er een min of meer ‘slapende’ afdeling, die nauwelijks of geen eigen activiteiten meer organiseerde, en waarvan het bestuur bestond uit nog enkele leden, die vooral het nog beschikbare kapitaal beheerden en ondermeer via het IKOS het godsdienstonderwijs op de scholen ondersteunden.

Aan het einde van de jaren zeventig / begin jaren tachtig is de afdeling nieuw leven ingeblazen nadat juridisch was vastgesteld dat opheffing van de afdeling uitsluitend een zaak was van de ledenvergadering van de lokale afdeling.
Er werd een nieuw bestuur (1982) gekozen, een ledenwerfactie gehouden en hernieuwd gestart met uitvoeringsactiviteiten:
1 Het jaarlijks organiseren van bijbelcursussen ‘voor iedereen’, vooral gericht op niet kerkelijk gebondenen,
2 Het elk jaar organiseren van een lezingencyclus over religieus/maatschappelijke thema’s.

Deze activiteiten werden om het beeld van kerkelijke gebondenheid te vermijden gehouden in niet-kerkgebouwen. Daarnaast bleef de afdeling financiële ondersteuning geven aan onder meer het IKOS en het Studentenpastoraat Arnhem.