Op 3 oktober 1996 kondigde Sep aan om de elektriciteitsproductie van de kernenergiecentrale Dodewaard al in maart 1997 definitief te stoppen, in plaats van de geplande datum 1 januari 2004. Er was geen politiek en maatschappelijk draagvlak meer voor het gebruik van kernenergie, waardoor er voor de onderzoekscentrale in Dodewaard onvoldoende bedrijfs-economische perspectief was. Op 26 maart 1997 werd de kernenergiecentrale tijdens een besloten bijeenkomst van het landelijk elektriciteitsnet geschakeld. De directie van GKN besloot de elektriciteitsproductie per 1 juli 1997 definitief te staken.
Na het stilleggen van de centrale ging GKN een periode van afbouw en veilige insluiting in. Vanaf de bouw had GKN er rekening mee gehouden dat de kerncentrale uiteindelijk weer afgebroken zou moeten worden en daar plannen voor ontwikkeld en gelden gereserveerd. Deze plannen voorzagen in een wachttijd van 40 jaar voordat de volledige ontmanteling, dat wil zeggen de definitieve afbraak van de restanten van de kerncentrale, zal plaatsvinden. In die tijd zal de resterende radioactiviteit grotendeels vervallen.
Voorafgaand aan de wachttijd werd GKN, om mogelijk ongecontroleerde verspreiding van radioactieve stoffen in de omgeving te voorkomen, in een staat van veilige insluiting gebracht. Voor de uitvoering van de veilige insluiting en het beheer ervan gedurende die 40 jaar verleende de overheid een vergunning. GKN heeft de werkzaamheden voor de veilige insluiting in een veiligheidsrapport vastgelegd. Voor de volledige ontmanteling van de centrale aan het einde van de Wachttijd wordt op dat moment een aparte vergunning aangevraagd volgens de dan geldende regelgeving. Na ontmanteling komt het terrein zonder beperkingen beschikbaar.

De periode na het uit bedrijfnemen van de centrale in 1997 tot en met de conservering van de centrale kende verschillende bedrijfsvoeringsfasen:

Bedrijfsvoeringsfase 1 (periode oktober 1996 – juli 1997): de afbouw van de centrale werd op de rails gezet en in een aantal projecten gepland (zie bijlage 1.5.2).

Bedrijfsvoeringsfase 2: de periode na de reorganisatie van 1 januari 1998 toen de overbodig geworden systemen uit bedrijf waren genomen. De nieuwe organisatie werd gestructureerd rond drie secties:
1 Bedrijfsvoering en Onderhoud (BO): voerde alle noodzakelijke activiteiten uit in het kader van de post-operationele bedrijfsvoering; met alle technische disciplines die nog nodig waren in de resterende bedrijfsvoeringsperiode zoals Wacht, Stralingscontroledienst, Kwaliteitszorg en Arbozorg.
2 Buitenbedrijfstelling en Conservering (BC): richtte zich op de activiteiten die leidden tot de realisatie van een veilige insluiting, veelal georganiseerd in projectverband (zie bijlage 1.5.2).
3 Personele Zaken en Ondersteuning (PO): begeleidde het afbouwtraject op het gebied van personeelszaken, financiën en andere ondersteunende diensten.

Bedrijfsvoeringsfase 3: de laatste fase van het project GKN 1997-2003. In deze fase waren de werkzaamheden gericht op het veilig insluiten van de centrale voor een wachtperiode van 40 jaar alvorens tot ontmanteling over te gaan. De organisatie van GKN zou in deze periode verder worden afgeslankt en vereenvoudigd door afname van de routinematige bedrijfsvoering en onderhoud. Bedrijfsvoering 3 is echter vervangen door fasen 2a of Bca en Bcb.

Organisatiefase 2a of Bca: de periode vanaf de reorganisatie van 1 maart 2002 (het van kracht worden van de vergunning) tot het moment van reorganisatie van maart 2004.
De inrichting van de organisatie bleef gelijk, alleen de formatieplaatsen werden drastisch teruggebracht.

Organisatiefase BCb: de veilige insluiting werd door aannemers gerealiseerd. De resterende uitbedrijfstellingen van systemen werden afgerond. Deze periode liep van maart 2004 tot het begin van de wachttijd, medio 2005.

Op 14 april 2005 werd de veilige insluiting voltooid en op 1 juni 2005 ging de fase WA van start. Dit is de periode vanaf het van kracht worden van de vergunning voor de wachttijd tot en met de ontmanteling medio 2045. De centrale wordt gedurende deze wachttijd bewaakt. GKN registreert gedurende deze periode belangrijke gegevens van de installatie, zoals die met betrekking tot de stralingsniveaus in de verschillende ruimten en componenten.