De pogingen van de Evangelisch-Lutherse Gemeente te Arnhem om ongehinderd haar godsdienst te mogen uitoefenen, gingen in de loop der eeuwen evenals nagenoeg overal elders met grote moeilijkheden gepaard. In de stadsrekeningen van 1526 en 1527 wordt reeds melding gemaakt van handelingen van de magistraat tegen de Luthersgezinden. *  Verder zijn er echter over de ontwikkeling van de gemeente in die eeuw zeer weinig gegevens. Ongeveer in het midden van de volgende eeuw was er weer sprake van Lutheranen, toen zij in het geheim ten huize van een zekere Jacob Stiegler samenkwamen. Onder hen bevonden zich veel Duitse garnizoenssoldaten en het waren ook deze soldaten die in februari 1644 een verzoek richtten aan de magistraat aan de vrijheid van godsdienstoefening te krijgen.

De magistraat berichtte hun de 18e van die maand dat zij eerst hun verzoek maar eens in het Nederlands moesten opstellen. Nadat zij dat gedaan hadden en hun verzoek ten tweede male hadden ingediend ontvingen zij in het geheel geen antwoord. *  Dit beschouwden zij als een stilzwijgende toestemming, ze kwamen daarna openlijk bijeen. Zelfs beriepen zij in 1648 een predikant, Michaël Rappius. Deze Rappius werd in 1650 door de magistraat ontboden en hij kreeg voor hem en zijn gemeente de zo vurig begeerde vrijheid. * 

Inmiddels was het ledental van de gemeente sterk afgenomen, daar de vrede van Munster in 1648 vele soldaten noodzaakte naar hun vaderland terug te keren. Toch kocht de gemeente in 1656 het huis de "Bontenbergh" op de Korenmarkt en richtte dit in als kerk met pastorie. *  Bijna een eeuw later - in 1735 - werd het huis grondig gerestaureerd en verbouwd (tijdens de verbouwing kwam men met toestemming van de overheid bijeen in de Gasthuiskerk). *  De Lutherse kerk te Arnhem heeft veel te lijden gehad van het oorlogsgeweld. De kerk op de Korenmarkt heeft tweemaal soldaten binnen haar muren geherbergd. In oktober 1794 werd zij gebruikt ter inkwartiering van Engelse, Hannoveraanse en keizerlijke troepen; hoe deze het bewoonden, blijkt daaruit dat, toen ze verdwenen, de meeste glazen gebroken waren, het pas herstelde orgel zwaar beschadigd en de preekstoel half verbrand was, waardoor de gemeente ruim een jaar van haar bedehuis verstoken was. Een gelijk lot trof de gemeente in 1814 toen de kerk weer gebruikt werd voor inkwartiering en later als verblijfplaats voor Franse krijgsgevangenen. Toen in 1875 het oude kerkgebouw zo bouwvallig was geworden dat reparatie geen nut meer had, vatte de kerkeraad het plan op om een nieuwe kerk te laten bouwen in de Sonsbeekstraat, nu Spoorwegstraat geheten.

Archiefbescheiden van de Evangelisch-Lutherse kerk zijn bij gedeelten overgebracht naar het Arnhems gemeentearchief. Van de in 1955 overgebrachte bescheiden is door mejuffrouw F.A. de Vroom een inventaris gemaakt, die de periode 1643-1911 bestrijkt. In 1977 is het overige deel van het archief van de Evangelisch-Lutherse gemeente overgebracht naar het gemeentearchief. Daar zich hierbij nog weer vele 19e-eeuwse stukken bevonden, is deze overbrenging aanleiding geweest tot het samenstellen van een nieuwe inventaris, waarin de aanwezige archivalia van 1643-1969 zijn beschreven. Een uitzondering op deze einddatering is gemaakt voor het "Collecteboek der diaconie" over de periode 1886-1971 (inv.nr. 464), dat eveneens in deze inventaris is opgenomen.