De afgescheiden gemeente te Arnhem is waarschijnlijk gesticht in 1842. Immers uit dat jaar dateert het oudste notulenboek. Wel zijn vermoedelijk reeds eerder geestverwanten van De Cock en Scholte in de Gelderse hoofdstad geweest. Dit wordt aannemelijk gemaakt door het feit dat in 1832 de brillenslijper R.G. Kamans, een gewezen theologisch student, aan de Koning toestemming verzocht voor het houden van godsdienstige bijeenkomsten van meer dan negentien personen. Het verzoek werd afgewezen omdat het "afzondering en scheuring" in de hand zou werken. * 

Op 25 maart 1842 is in de notulen van de vergadering van Burgemeester en Wethouders van Arnhem sprake van een request aan de Koning, waarin H. Russer en H. Willemsen "toelating" vragen van een Christelijke Afgescheiden Gemeente. *  Het request was niet in de voorgeschreven vorm gesteld, zodat het verlangde besluit nog enige tijd op zich liet wachten. Pas in de kerkeraadsvergadering van 7 november 1843 kon worden medegedeeld dat "vergunning wordt verleend tot het bestaan van eene Christelijk Afgescheiden Gemeente te Arnhem". * 

De jonge gemeente was klein en leidde een armelijk bestaan. *  Drijvende kracht was Ds. A. Brummelkamp, die zich als predikant bij de Hervormde Gemeente te Hattem een vurig voorstander van de orthodoxie had getoond, wat in 1835 tot zijn afzetting leidde.

Het eerste kerkje der Afgescheidenen stond in de Varkensstraat. Lang heeft de gemeente het niet in bezit gehad, want geldnood dwong in 1847 tot verkoop. Men hield het gebouwtje daarna in huur tot 1851, toen kon worden overgegaan tot aankoop van een pand in de Bakkerstraat, dat men voorlopig deelde met de Theologische School der Afgescheidenen, die drie jaar later naar Kampen verhuisde. * 

In 1869 verenigden de Christelijke Afgescheiden Kerken zich met de Gereformeerde Kerken onder het Kruis, die vanaf 1838 een zelfstandig bestaan hadden geleid, niet alleen omdat ze op dogmatische punten afweken, doch vooral omdat ze weigerden aan de overheid "erkenning" te vragen. Een kruisgemeente had in Arnhem als sedert 1851 bestaan, hoewel ze pas in 1856 in het landelijk verband van de Gereformeerde Kerken onder het Kruis werd opgenomen. *  De Arnhemse Gereformeerden onder het Kruis kwamen bijeen in een huis aan de Kortestraat, later in een lokaal aan de Weerdjesstraat. * 

De uit het samengaan van beide richtingen ontstane kerk noemde zich Christelijke Gereformeerde Kerk. De Arnhemse gemeente bleef samenkomen in de reeds vermelde kerk aan de Bakkerstraat tot 1887, toen men naar de Kerkstraat verhuisde. Daar sedert 1868 bij de afgescheiden gemeente de predikantsplaats vacant was geweest, leverde de benoeming van een herder betrekkelijk weinig moeilijkheden op. Ds. Van der Vegt, leraar van de Gereformeerde Gemeente onder het Kruis, werd de eerste predikant van de Christelijke Gereformeerde Kerk van Arnhem.

De Doleantie van 1886-1887 leidde ook in Arnhem tot een nieuwe uittocht uit de Hervormde Kerk. De Nederduitsche Gereformeerde Kerk ontstond. De al in 1887 aan de Rietgrachtstraat gebouwde Oosterkerk werd het bedehuis van de Arnhemse Nederduitsche Gereformeerde Kerk.

Weliswaar verenigden de Christelijke Gereformeerden en de Nederduitsche Gereformeerden zich in 1892 op landelijk niveau tot de Gereformeerde Kerken in Nederland, in Arnhem echter bleven binnen dit kerkverband twee gereformeerde gemeenten bestaan, namelijk de Gereformeerde Kerk A, voortzetting van de Christelijke Gereformeerde Kerk, en de Gereformeerde Kerk B, opvolgster van de Nederduitsche Gereformeerde Kerk. Heet heeft sinds 1892 niet ontbroken aan pogingen om ook in Arnhem te komen tot één gereformeerde gemeente. *  Pas in 1907 vond de fusie plaats en ontstond de Gereformeerde Kerk van Arnhem.