Het oudste originele stuk, inv.nr. 469, dateert uit het midden van de 16e eeuw. De dijkschrijver Reinier van Schuijlenborgh bracht in 1774 de archiefstukken onder in een kast die verdeeld was in vakken. Hij is ook degene die verantwoordelijk is voor de handgeschreven nummers op de oudere archiefbescheiden. Pas aan het begin van de 20ste eeuw vond een nieuwe inventarisatie plaats door G.L. van den Helm. Hij stelde een inventaris samen op grond van een alfabetische lijst van trefwoorden, lopende van aanbesteding tot waterlossing, en nummerde de archiefstukken overeenkomstig die lijst. Met een mogelijk toen nog aanwezige 'oude orde' is bij die inventarisatie zeker geen rekening gehouden. De trefwoordeninventaris werd in de jaren '50 van de 20ste eeuw van aanvullingen voorzien door H.L. Driessen.
In de oude inventarissen is sprake van stukken uit de 13e, 14e en 15e eeuw. Helaas werden deze stukken al niet meer door inventarisator Van den Helm aangetroffen.

Tussen 1970 en 1980 heeft een onbekend gebleven inventarisator een begin gemaakt met een inventaris naar hedendaagse inzichten. Hij heeft aan de stukken nieuwe inventarisnummers toegekend en ze in een nieuwe volgorde geplaatst, maar tot een inventaris is het evenwel niet gekomen.
Uit het archief van de "Collegien der Exonererende Landen" zijn enkele tekeningen overgenomen. Een stuk dat duidelijk tot dit archief behoort, maar omwille van de eigendom niet in deze inventaris is opgenomen, is de legger uit 1678, aanwezig in het oud-archief van Wageningen, onder inventarisnummer 1127.
Tussen de ingekomen stukken bevonden zich verschillende brieven gericht aan de voorzitter der Collegien der Exonererende Landen. Zij zijn inmiddels ondergebracht in dat archief. Een afgedwaalde begroting van de Buitenste Polder onder Wageningen is teruggebracht in het archief van die polder. Een aantal dubbelen van de rekeningen, alsmede een aantal boekhoudkundige aantekeningen en kladnotities zijn niet in de inventarisatie betrokken, en kunnen na verkregen toestemming van de eigenaresse vernietigd worden. Mede op grond van de eigendomsrechten is vernietiging zeer beperkt toegepast.