Voor 1828 werd het archief vermoedelijk bewaard door de dijkgraaf, de secretaris en de ontvanger. Na ingebruikname van het dijkstoelhuis in het bovengenoemd jaar zal wellicht hier dat deel van het archief opgeslagen zijn geweest dat de secretaris en ontvanger niet dagelijks nodig hadden. Na de bouw van een nieuw (nu nog bestaand) dijkstoelhuis aan de Grebbedijk zal het archief ook verhuisd zijn. In de Tweede Wereldoorlog is een deel van het aldaar bewaarde archief door oorlogshandelingen vernietigd. Na de opheffing van de dijksteel op 1 januari 1949 gaf het nieuwe waterschap "Wageningen en Ede" als rechtsopvolger het archief in bewaring bij de Rijksarchiefdienst, die het onderbracht in het hulpdepot te Schaarsbergen.

Tegelijk met het archief van de "Collegien der Exonererende Landen" werd het in 1961 overgebracht naar het provinciehuis in Arnhem. In 1987 werd de gemeente Wageningen de nieuwe inbewaringnemer *  en daarmee keerde het archief op zijn oude plek terug. De eigendom berust thans bij het waterschap de "Gelderse Vallei". Een gedetailleerdere geschiedenis van het archief is reeds beschreven door Benjamins *  .