Gecommitteerde geërfden van Eemnes Buitendijks hebben vanaf hun aanstelling een eigen archief gevormd, zij het niet zo systematisch, waarschijnlijk omdat zij geen eigen secretaris hadden. Het archief werd bewaard in een kist, die oorspronkelijk bij de secretaris van de Hoge heerlijkheid mr François Maes thuis stond. In 1689 werd hij vandaar overgebracht naar de 'kerckekamer'. In die kist moeten behalve (met name) de rekeningen ook de blaffers of kohieren gelegen hebben, waarnaar de omslagen door gecommitteerde geërfden werden gegaderd, maar die helaas niet bewaard gebleven zijn *  .

Ondanks de duidelijke opdracht daartoe, die gecommitteerde geërfden in 1679 meekregen, is er waarschijnlijk de eerste tijd niet zo zorgvuldig aantekening gehouden van hun vergaderingen en handelingen, anders was er niet zoveel onduidelijkheid en verwarring over hun beheer ontstaan. Na de vervanging van het hele college in 1697 werd de aftredende penningmeester Jan Petersz. van Oudenaller betaald Voor zijn moeite om alle vocasij van de gecommitteerdens pertenentelijk in een boek te schrijven'. Dat boek is vermoedelijk het 'ander boek', waarvan sprake is in het enig overgebleven resolutieboek van gecommitteerde geërfden (inv.nr. 1) op pagina 2 in de marge en op pagina 9. Terwijl dat 'vorige resolutieboek' verloren is gegaan, is het in 1702 begonnen resolutieboek juist tot 1850 nog gebruikt om er de notulen van de vergaderingen van gecommitteerde geërfden van Eemnes, uitmakende het dijkbestuur aldaar, in bij te schrijven.

Gecommitteerde geërfden lieten in 1706 een 'bekwame letterkasse maken om de papieren van het collegie daarin in ordre te plaatsen en te bewaren' *  . In 1819, toen de pas opgetreden gecommitteerden van Eemnes overgingen tot het huren van een eigen vergaderkamer in het etablissement van Hendrik Perier, besloten zij alle papieren daar in een kast op te bergen, terwijl de secretaris (een notaris uit Utrecht) en een lid van het college wonende ter plaatse elk een sleutel daarvan zouden hebben *  .

Deze maatregelen konden echter niet verhinderen, dat er in de loop der tijd archiefstukken verloren zijn gegaan, zoals de 'bijsondere memorie' vermeld in het resolutieboek op pagina 3 verso (13 oktober 1702), de acquitten (bewijsstukken) bij het merendeel der rekeningen, het verpachtboek, voorafgaande aan dat begonnen in 1742 (inv.nr. 10), stukken betreffende het plan van Jan van den Heuvel voor het beheersbaar inunderen en weer droog laten lopen van de polders te veld uit 1766/1767 (zie inv.nrs 67 en 68), de tekening en bestek voor de watermolen ontworpen in 1772 door molenmaker Jan Pot uit Korthoef (zie Inv.nrs 73 en 137), de tekening van de te bouwen nieuwe woning ten zuiden van de grote sluis uit 1776 (niet doorgegaan, zie inv.nr. 1, p. 167, 10 oktober 1776), de tekening van de watermolen gemaakt in 1790 (door molenmaker Timmers? zie inv.nr. 1, p. 189-190, 6 september 1790), een banboek voor Eemnes in groen linnen band, aangekocht in 1814 (zie inv.nr. 111), etc.

In het archief van Prins Willem III in het Koninklijk Huisarchief zijn geen stukken (meer) aanwezig betreffende de bemoeienis van de stadhouder van de Hoge heerlijkheid van de Prins met gecommitteerde geërfden van Eemnes Binnen- en Buitendijks *  . De herstelde gerechten van Soest, Baarn, Ter Eem en Eemnes Binnen- en Buitendijks hebben in 1702 hun papieren en protocollen, berustende onder de secretaris van het pas opgeheven hooggerecht, opgevraagd *  . Gecommitteerde geërfden worden daarbij niet vermeld. Ook uit het archief van het Uitvoerend Bewind en dat van de Agent van Inwendige Politie in het rijksarchief voor de centrale regeringsarchieven vanaf 1795 (Tweede afdeling van het Algemeen rijksarchief) in Den Haag zijn alle stukken verdwenen betreffende de ontheffing in 1798 door het intermediair gemeentebestuur van Eemnes Buitendijks van de Buitendijkse gecommitteerden van hun functie en de aanstelling in hun plaats van andere Buitendijkers, inclusief een andere penningmeester, benevens betreffende het herstel in functie van de oude gecommitteerden in 1800 *  . De door het gemeentebestuur aangestelde penningmeester moest toen bij het doen van zijn rekening 'alle de papieren en chartres op een wettige wijze onder hun geslagen' weer overgeven aan het herstelde college *  .

Gecommitteerde geërfden van Buitendijks hebben dus steeds zelfstandig hun archief gevormd en bewaard, los van dat van het gerecht van Buitendijks en later van de gemeente Eemnes. Helaas heeft echter het bestuur van het waterschap Eemnes op 15 oktober 1868 een commissie tot regeling van het archief benoemd, die zich met grote ijver, doch zonder kennis van de toen overigens ook nog niet tot ontwikkeling gekomen archiefwetenschap van die taak gekweten heeft.

Deze commissie, bestaande uit de heemraden J.H. Hooft Graafland uit Laren en W. van de Kuinder (tevens secretaris van het waterschap) uit Eemnes, heeft naar eigen zeggen 'stukken uitmakende het archief van het waterschap Eemnes opgedolven uit het gemeentearchief'. Zij hebben uit de archieven van de gerechten van Eemnes Binnen- en Buitendijks alle stukken die maar enigszins een waterstaatkundig onderwerp hadden, meegenomen en deze stukken vermengd met de al bij het waterschap aanwezige archiefbescheiden. Daardoor zijn de archieven van de gerechten van Eemnes Binnen- en Buitendijks geheel uit elkaar gerukt, met als gevolg dat van sommige stukken niet meer met zekerheid is vast te stellen tot welk archief zij oorspronkelijk hebben behoord. Ook kan niet meer worden nagegaan of gecommitteerde geërfden van Binnendijks, die nooit geheel zelfstandig los van het gerecht hebben gefunctioneerd, wel zelfstandig hun archief gevormd hebben of dat dit oorspronkelijk een aparte afdeling van het gerechtsarchief is geweest. Het door de heren Hooft Graafland en Van de Kuinder 'gevormde' archief is in 1868 geïnventariseerd door F. Muller te Amsterdam *  . Gedeputeerde Staten complimenteerden het waterschapsbestuur met de door hem vervaardigde inventaris *  .

In de jaren dertig van de 20e eeuw voldeed deze echter niet meer als toegang op het archief. Door toedoen van dijkgraaf A.J. Looxma van Weideren, baron Rengers werd in 1939 mevrouw dr A. Joh. Maris, toen chartermeester bij het rijksarchief in Utrecht, belast met het maken van een nieuwe inventaris. De eigen oude orde van de archieven van de gerechten en van gecommitteerde geërfden was echter zó grondig verstoord en de stukken waren zodanig vermengd, dat zij er vanaf zag de archiefstukken afkomstig van de drie verschillende colleges van gecommitteerde geërfden en van de polderbesturen weer van elkaar te scheiden.

Wel zorgde zij ervoor, dat een aantal stukken, die evident tot de gerechtsarchieven behoorden, tot die archieven bij de gemeente Eemnes werden teruggebracht (zie de bij deze inventaris gevoegde lijst). Na het 'oudarchief van het waterschap Eemnes inventariseerde zij in 1940 ook dat van de gemeente, d.w.z. de archieven van de gerechten Eemnes Binnen- en Buitendijks, van de schout der beide Eemnessen en van de gemeente (1811-1813). In aansluiting op de inventarisatie maakte zij een studie van de ontstaansgeschiedenis van de beide Eemnessen in de middeleeuwen, waarbij ook een overzicht van de waterschapsgeschiedenis tot 1863 werd opgenomen. Haar boek 'Eemnes,, rechtsgeschiedkundige geschiedenis van gemeente en waterschap' werd in 1947 gepubliceerd bij uitgeversmaatschappij W. de Haarn NV te Utrecht, met steun van het bestuur van het waterschap Eemnes en van intekenaren *  .

Zoals in die tijd gebruikelijk was, geschiedde de ordening in 1939 in kort tijdsbestek en op grond van oppervlakkige interpretatie van de stukken. Er ging geen studie van het ontstaan, de bevoegdheden en ontwikkeling van de verschillende colleges van gecommitteerde geërfden aan vooraf, waardoor een juiste toepassing van het herkomstbeginsel onmogelijk leek en daarom achterwege werd gelaten. De ordening en beschrijving vond plaats, alsof het hier om één en hetzelfde archief ging, in plaats van om tenminste drie afzonderlijke archieven, waardoorheen nog stukken vermengd zaten, afkomstig uit de archieven van de beide gerechten en van de besturen der inliggende polders. Als gevolg hiervan werd een aantal stukken niet herkend voor wat zij zijn en ten onrechte of onder een onjuiste beschrijving opgenomen. Hieronder bevonden zich ook enkele stukken daterende van vóór de instelling van gecommitteerde geërfden in 1679/1680, die als retro-acta werden beschouwd, maar die naar hun aard behoren tot de archieven van de rechtsvoorgangers van de gecommitteerden, i.c. de gerechten van Binnen- en Buitendijks.

Bij de huidige inventarisatie is wèl getracht de archiefbescheiden volgens het herkomstbeginsel van elkaar te scheiden en zo een reconstructie te maken van de oorspronkelijke archieven, al kon van herstel van de oude orde geen sprake zijn. Natuurlijk kwamen ook nu twijfelgevallen naar voren: niet van elk archiefstuk is achteraf met volledige zekerheid vast te stellen tot welk archief het oorspronkelijk naar zijn aard heeft behoord. In zo'n geval is voor de meest waarschijnlijke oplossing gekozen. Een vrij groot aantal stukken werd als behorend tot de archieven van de gerechten Eemnes Binnen- en Buitendijks, de schout van de beide Eemnessen, en de gemeente Eemnes in 1990 overgedragen aan die gemeente, om weer gevoegd te worden bij de voornoemde archieven. Een lijst met toelichting van die stukken is achterin bij deze bundel van inventarissen gevoegd.

De bovengeschetste uitsplitsing was pas mogelijk, nadat een beeld gevormd was van de achtergrond van de instelling van gecommitteerde geërfden en de ontwikkeling, die de colleges daarna doormaakten. Dit maakte een uitvoerige bestudering van niet alleen de te inventariseren stukken, maar ook van de archieven van de gerechten en de schout noodzakelijk. Het resultaat van dit tijdrovend onderzoek is neergelegd in de inleiding tot deze inventaris. Voor de ordening der stukken werd het schema gehanteerd, dat ook werd toegepast bij de inventarisatie van de andere archieven van rechtsvoorgangers van het waterschap Vallei en Eem. Het archief van gecommitteerde geërfden van Eemnes Buitendijks heeft thans een omvang van 1,6 m.