Evenals de meeste van de bij zijn oprichting opgeheven waterschappen ontving het waterschap Beoosten de Eem het grootste deel van zijn inkomsten uit de omslag. De wijze van omslagheffing was een twistpunt geweest vóór de oprichting van Beoosten de Eem, daar de waterschappen onder Hoogland en Baarn, die geen deel hadden uitgemaakt van het waterschap De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee, niet wensten mee te betalen aan de aflossing van de schulden aangegaan voor de bouw van het elektrisch gemaal te Spakenburg in 1921. In het bijzonder reglement van Beoosten de Eem was daarom een bepaling opgenomen (artikel 20), dat voor de aflossing van deze schulden een bijzondere omslag geheven zou worden over de percelen gelegen in het gebied van het opgeheven waterschap De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee. Deze omslag bedroeg in 1929 ? 1,70 en in 1941 ? 0,80 per hectare.

Na de samenvoeging van Beoosten de Eem met het opgeheven hoogheemraadschap van de Bunschoter Veen- en Veldendijk en het Bekaaide Maatwaterschap in 1942 verviel de omslag, omdat sinds 1929 de kosten van het onderhoud van wegen gelegen buiten het gebied van De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee, welke kosten door het gehele waterschap Beoosten de Eem werden gedragen, zozeer waren toegenomen, dat het onbillijk werd geacht de gronden in de voormalige Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee nog langer alléén te belasten met de aflossing en rentebetaling van de geldlening voor het elektrisch gemaal te Spakenburg, dat bovendien in mei 1940 was verwoest. De aflossing kwam nu ten laste van het gehele waterschap.

Ook over de grondslag van de omslagheffing had bij de oprichting onenigheid bestaan. De op te heffen kleine waterschappen hadden een heel scala van verschillende omslagen gekend, waarbij bepaalde percelen onder Hoogland wegens hun ligging ver van de uitwatering of het gemaal en hun mindere kwaliteit slechts voor de helft of een derde in de omslag bijdroegen. Men wenste daarom voor het nieuwe waterschap een klasse-indeling van de gronden voor de algemene omslag. Hieraan kleefden echter zoveel bezwaren dat tenslotte toch werd besloten tot heffing van één omslag naar de kadastrale grootte der percelen met de bepaling, dat uiterlijk vijf jaar na de inwerkingtreding van het bijzonder reglement omtrent de wijze van omslagheffing een nadere beslissing zou worden genomen (art. 21). Door onder andere de vertraging in het voornemen tot samenvoeging van Beoosten de Eem en het hoogheemraadschap van de Bunschoter Veen- en Veldendijk werd deze beslissing nog tweemaal middels reglementswijziging uitgesteld. In 1936 besloten Provinciale Staten tenslotte de wijze van omslagheffing te handhaven en artikel 21 te laten vervallen (prov. blad nr 17 van 1937), omdat sinds de oprichting van Beoosten de Eem de waterlozing juist voor die landerijen die het verst verwijderd lagen van een watergemaal, belangrijk was verbeterd en omdat de omslag inmiddels was gedaald van fl. 5,50 per hectare in 1929 tot fl. 3,60 in 1936.

Vrees voor verhoging van de omslag was voor de ingelanden van het Bekaaide Maatwaterschap een van de redenen om zich te verzetten tegen de samenvoeging met Beoosten de Eem, die tenslotte in 1942 zijn beslag kreeg. Sinds de afsluiting van de Zuiderzee in 1932 konden de landerijen in de Bekaaide Maat niet meer onderlopen, maar ook natuurlijke lozing werd moeilijk. Zowel voor waterlozing als voor watervoorziening werd nadien af en toe de Noordersluis in de Veldendijk gebruikt. Daar de sloten in de Bekaaide Maat door het zeewaterslib grotendeels dicht waren geraakt en slootonderhoud vrijwel ontbrak, kon bemaling echter nauwelijks voordeel opleveren. Daarom werd in het nieuwe reglement van Beoosten de Eem in 1942 bepaald, dat in de Bekaaide Maat, zolang de landerijen daar niet in de bemaling zouden zijn opgenomen, een omslag van fl. 1,-- per hectare zou worden geheven. Dit is echter nooit geschied, daar het nieuwe bestuur van Beoosten de Eem direct in 1942 een aanvang maakte met de slootverbetering op kosten van de eigenaars en de landerijen dientengevolge al in 1942 in de normale omslag werden aangeslagen *  .

Na de samenvoeging nam de hoogte van de omslag geleidelijk toe van fl. 8,-- per hectare in 1942 tot fl. 37,-- in 1972, het laatste jaar van het bestaan van Beoosten de Eem. De toename kwam uiteraard gedeeltelijk voor rekening van de inflatie. Door de bijzondere financiële omstandigheden van de ingelanden was het mogelijk om in 1943 een extra omslag te heffen van fl. 10,-- per hectare ter aflossing van een geldlening aangegaan in 1937 door het hoogheemraadschap, waarvan op 1 januari 1944 nog fl. 45.000,-- aan derden was verschuldigd. Het jaar daarop werd opnieuw een bijzondere omslag uitgeschreven van fl. 24,10 per hectare voor de terugbetaling ineens aan het Rijk van de bouwkosten der gemalen Eemdijk en Veendijk met bijbehorende kunstwerken en van de machinistenwoning bij Veendijk *  .

Na de ruilverkaveling werd de kadastrale boekhouding in 1952 nieuw opgezet door het administratief- technisch bureau J.L. Poppinga te Santpoort-Station. Het bijwerken van de kadastrale leggers en van het kaartsysteem werd vanaf 1961 verricht door het Technisch bureau van de Unie van waterschapsbonden.

In 1929 waren vrijgesteld van omslag, behalve de percelen genoemd in artikel 113 lid 1, 2 en 3 van het Algemeen reglement voor de waterschappen in Utrecht, de dijken en kaden langs de grenzen van Beoosten de Eem, de openbare wegen, vaarten en watergangen, en de percelen kadastraal bekend als water (art. 15). Volgens de omschrijving van het bijzonder reglement van 1942 (art. 14) waren toen bovendien vrijgesteld de buitendijkse percelen, tenzij deze in de bemaling waren opgenomen. Na de wijziging van het Algemeen reglement in 1957 verviel de vrijstelling van omslag voor begraafplaatsen. De wegen werden in 1962 belastbaar gesteld. Maar een omslag voor het gebouwd onroerend goed zoals het bestuur wenste, werd niet ingevoerd. Zeer kleine bedragen werden oorspronkelijk niet geïnd, omdat de kosten van inning het te innen bedrag overtroffen. De wijziging van artikel 131 van het Algemeen reglement in 1955 (prov. blad nr 78 van 1955) maakte het echter mogelijk een minimum omslag ten bedrage van ?1,-- te heffen van omslagplichtigen wier totale aanslag krachtens het kohier beneden dat bedrag bleef. Dit geschiedde in Beoosten de Eem vanaf 1957. In 1967 werd de minimum omslag verhoogd tot fl. 3,-- (prov. blad nr 8 van 1967) *  .

Behalve uit omslag had het waterschap Beoosten de Eem inkomsten uit verpachtingen van landerijen, dijken en wegbermen. Dit grondbezit was met name afkomstig van de vroegere polders De Haar, Over- en Neerzeldert en De Slaag. Daarnaast was er een strook in recht van opstal uitgegeven grond aan de oostzijde van de havenkolk te Spakenburg, afkomstig van het waterschap De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee. De pachtopbrengst bedroeg in 1929 fl. 2.261,57. Door de economische crisis daalde dit bedrag tot fl. 1.272,50 in 1941. Door de samenvoeging verkreeg Beoosten de Eem vanaf 1942 de eigendom van het aanzienlijke grondbezit van het hoogheemraadschap. In dat jaar werd fl. 9.033,-- aan pacht ontvangen, in 1972 was dit bedrag opgelopen tot fl. 28.207,82. De samenstelling van het grondbezit werd in de loop der jaren wel herhaaldelijk gewijzigd, deels ten gevolge van de ruilverkaveling, deels door verkoop.

Behalve over enig onroerend goed beschikte Beoosten de Eem in 1929 over een aantal obligaties afkomstig van de Bunschoter waterschappen. Hierbij werd in 1942 gevoegd het effectenbezit van het hoogheemraadsschap. De opbrengst van grondverkoop werd in het algemeen aangewend voor aankoop van effecten. Bij de opheffing van Beoosten de Eem in 1972 bedroeg de post van voor belegging bestemde gelden fl. 167.298,21 *  .

De verpachting geschiedde vóór de oorlog in het algemeen onderhands door het bestuur, daartoe gemachtigd door de vergadering van hoofdingelanden bij besluit van 29 oktober 1930. De bedoeling hiervan was te bereiken, dat alle huurtermijnen gelijktijdig zouden eindigen, en bovendien te zorgen, dat landerijen in gebruik bij goede huurders ook bij hen in huur zouden blijven. Vanaf 1941 werd door de pachtkamer van het kantongerecht te Amersfoort en het pachtbureau voor Utrecht, en vanaf 1943 door de grondkamer in de provincie Utrecht in verband met de ruilverkaveling verpachting voor kortere termijnen dan de wettelijk voorgeschreven zes jaar toegestaan. Na 1946 kwam het waterschap als verpachter voortdurend in conflict met de grondkamer over de hoogte der pachtprijzen. Het in 1951 ingestelde beroep bij de Centrale grondkamer tegen de verlaging der met de pachters overeengekomen pachtprijzen werd door het waterschap gewonnen vanwege de door de ruilverkaveling sterk verbeterde toestand van de landerijen. Eenzelfde beroep verloor Beoosten de Eem evenwel in 1958. Daarna werd besloten advies in te winnen bij de rijksconsulent voor grond en pachtzaken.

Een poging de verpachting van de Poldermaten in 1964 niet de verlengen in verband met de plannen tot verkoop aan de gemeente Bunschoten mislukte, omdat de pachters hieraan niet wilden meewerken. Bovendien werden ook nu weer een aantal pachtprijzen door de grondkamer aanzienlijk verlaagd, grotendeels wegens minder goede detailontwatering van de percelen. Het bestuur besloot hiertegen niet in beroep te gaan, maar in het vervolg de normen voor de sloten zoals vastgelegd in de keur bij de herfstschouwen volledig te hanteren.

Daarnaast werd in 1967 een slotenschouw ingevoerd over de percelen die door het waterschap verpacht werden. Toch werd in 1968 door de grondkamer slechts een verhoging van de pachtprijzen van 7 à 8% toegestaan tegenover 13,3% zoals het bestuur wenste.

De Slaagse dijken werden van 1929 tot 1942 verhuurd aan het hoogheemraadschap, dat met het onderhoud van deze dijken was belast. Tijdens de ruilverkaveling werden dijkpercelen en wegbermen in het algemeen voor de duur van 1 jaar verpacht vanwege de vele werkzaamheden die daaraan moesten worden uitgevoerd. De pachtvoorziening 1947, vastgesteld bij wet van 9 mei 1947 (Staatsblad nr H 142), maakte de verpachting van waterstaatsgrond (grond toebehorend aan onder meer waterschappen om hun waterstaatkundige taak te kunnen vervullen) veel minder bindend. In het belang van de waterstaat werd het mogelijk te bedingen:
a. verpachting van los land voor kortere duur dan zes jaar;
b. opzegging van de pachtovereenkomst op elk tijdstip, en
c. bepaling van bestemming, inrichting of gedaante van het verpachte uitsluitend door de verpachter. De grondkamer was niet bevoegd dergelijke bedingingen te beoordelen. De dijkpercelen en wegbermen werden daarna steeds door Beoosten de Eem verpacht voor de duur van 1 jaar *  .

Het hoogheemraadschap was gewoon jaarlijks het rietgewas van een aantal percelen publiekelijk te verkopen. Beoosten de Eem volgde deze gewoonte van 1942 tot 1946. Toen men vanaf 1964 de verpachting van de Poldermaten geleidelijk wilde beëindigen, werd besloten het grasgewas van van pacht vrijgekomen percelen jaarlijks bij inschrijving te verkopen. Dit betrof in 1972 de percelen kadastraal gemeente Bunschoten secte F nrs 11 ged., 52 (in 3 gedeelten) en 139/138, en Baarn sectie H nr 40 *  . Daarnaast had het waterschap inkomsten uit verpachting van jacht en visrecht, uit het verlenen van visvergunningen en uit op bepaalde percelen rustende rechten van opstal, erfpacht en uitweg en overpad *  .

Vanaf 1959 ontving Beoosten de Eem jaarlijks uitkeringen uit het door het Rijk aan de provincie Utrecht toegewezen bedrag ten behoeve van de niet op enig wegenplan voorkomende wegen, in onderhoud bij waterschappen. De uitkering bedroeg over 1959 fl. 1.276,06 en over 1965 fl. 8.000,--. Op grond van de Wet uitkering wegen (staatsblad nr 367 van 1966) ontving het waterschap over de jaren 1963 - 1967 alsnog een uitkering van circa fl. 100.000,--. Over de daaropvolgende jaren werd jaarlijks circa fl. 45.000,-- tot circa fl. 55.000,-- uitgekeerd. Bovendien werden vanaf 1969 jaarlijkse bijdragen van het Rijk in de kosten van waterhuishouding en van normaal onderhoud van waterkeringen ontvangen. De sinds 1964 bestaande tekorten op begroting en rekening waren hiermee in 1968 weer verdwenen *  .

Voor de huisvesting van bestuur en administratie werd in 1954 - 1955 een polderhuis annex opzichterswoning gebouwd aan de Bunschoterstraat. Het secretariegebouw van het hoogheemraadschap te Amersfoort werd verkocht. Bij het polderhuis werd in 1971 een machine- en materialenloods gebouwd, waarin tevens het kantoor van de opzichter werd ondergebracht *  .