Het waterschap Beoosten de Eem werd opgericht met gelijktijdige opheffing van de waterschappen De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee, De Haar, De Hond, De Gecombineerde Stoombemaling van de Zelderdsche Wetering, Het Oosterwaterschap, Het Noorderwaterschap, Het Bikkerswaterschap, Het Vereenigd Sint Nicolaas- en Rikvisscherswaterschap, Duist-Nieuweland, Blokland, Overzeldert, Neerzeldert, De Slaag en Eemland. Het besluit daartoe en dat tot vaststelling van een bijzonder reglement voor het nieuwe waterschap werd genomen door Provinciale Staten van Utrecht op 4 juli 1928 *  . Op 1 januari 1929 kon het bestuur van Beoosten de Eem met zijn werkzaamheden beginnen. In de hiernavolgende jaren werd het bijzonder reglement herhaalde malen gewijzigd. Deze wijzigingen zullen nader aan de orde komen bij de behandeling van het desbetreffende onderwerp.

Al vanaf de oprichting van Beoosten de Eem leefde bij de besturen daarvan en van het hoogheemraadschap van de Bunschoter Veen- en Veldendijk de gedachte dat deze instellingen te zijner tijd zouden kunnen worden samengevoegd. Dit plan werd evenwel bemoeilijkt door de wijziging van de Waterstaatswet 1900 bij wet van 1 november 1933, ten gevolge waarvan ook de bestuursleden van waterschappen belast met het beheer van dijken aan het IJsselmeer door de Koning moesten worden benoemd *  . Van het streven naar samenvoeging werd in 1935 zelfs voorlopig afgezien, omdat het er toen naar uitzag dat de inpoldering van het IJsselmeer niet verder zou worden voortgezet.

Het zou daardoor noodzakelijk blijven de dijken van het hoogheemraadschap in goede staat te houden en dat belang kon beter worden behartigd door een afzonderlijk college. Anderzijds was de afsluiting van de Zuiderzee van zoveel invloed op de waterstanden op de Eem en het IJsselmeer, dat de wenselijkheid om de Grebbeliniedijk tot Amersfoort onder hetzelfde beheer te brengen als de noordelijker gelegen dijken, niet meer bestond. Daarmee werd het plan losgelaten om het gehele gebied van het hoogheemraadschap, Beoosten de Eem en de waterschappen De Malesluis, Coelhorst en De Drie Sluizen tot één waterschap samen te voegen. Men vreesde bovendien dat de belangen daarbinnen zo zeer uiteen zouden lopen, dat het nooit een eenheid zou kunnen worden en dat splitsing in onderdelen onvermijdelijk zou zijn *  .

Van dit standpunt kwamen dijkgraaf en hoogheemraden van de Bunschoter Veen- en Veldendijk bij brief van 30 januari 1941 terug. Gezien de verdere inpoldering van het IJsselmeer en de ontslagaanvrage van hun secretaris-penningmeester wensten zij nu wel weer tot samenvoeging over te gaan. Het bestuur van Beoosten de Eem wilde hierbij ook het Bekaaide Maatwaterschap betrekken, dat (sinds 1889) binnen de grenzen van het hoogheemraadschap viel en dat bovendien opgenomen was in het ruilverkavelingsblok Beoosten de Eem. Zo werden bij besluit van 24 maart 1942 (prov. blad nr 13 van 1942) van de commissaris der provincie Utrecht waarnemend de taak van Provinciale Staten het hoogheemraadschap en het Bekaaide Maatwaterschap opgeheven en werd een nieuw bijzonder reglement voor Beoosten de Eem vastgesteld.

Dit reglement werd met enige wijzigingen opnieuw vastgesteld bij besluit van Provinciale Staten van Utrecht en Gelderland van 1 juni/28 mei 1948 (prov. blad nr 49 van 1948), toen de drie zuidelijker gelegen naburige waterschappen De Malesluis, Coelhorst en De Drie Sluizen werden samengevoegd tot het waterschap 't Hogeland. De grens van Beoosten de Eem met dit waterschap werd aangepast, omdat de waterhuishouding daar was gewijzigd door de aanleg van rijksweg nr 1 Eemnes - Hoevelaken en het in verband daarmee afgraven van terreinen.

De wijziging van de waterstaatkundige toestand aan de zuidgrens was wederom een van de redenen om een nieuw bijzonder reglement voor Beoosten de Eem vast te stellen in 1960 *  . Tevens werd het bijzonder reglement toen aangepast aan de wijzigingen die in de jaren daarvoor waren aangebracht in het Algemeen reglement voor de waterschappen in de provincie Utrecht *  .

In 1967 werd door Gedeputeerde Staten een beleidsnota uitgebracht inzake de reorganisatie van de waterschappen in de provincie *  . Daarin werd o.a. voorgesteld de waterschappen Beoosten de Eem, 't Hogeland, Bewesten de Eem, De Pijnenburger Grift en De Melm samen te voegen tot één waterschap met een omvang van circa 15.000 hectare. Ter voorbereiding van de samenvoeging werd in 1970 een vertrouwenscommissie ingesteld, waarin voor elk op te heffen waterschap twee bestuursleden zitting hadden. Uit deze contactcommissie werd in 1971 een kerngroep gevormd, waarbij ook een vertegenwoordiger van het waterschap Soesterveen werd betrokken. Dit waterschap zou worden opgeheven en ontpolderd. De oprichting van het waterschap De Eem en daarmee de opheffing van Beoosten de Eem kwam tot stand bij besluit van Provinciale Staten van Utrecht en van Gelderland van 17 mei/23 augustus 1972, goedgekeurd bij Koninklijk Besluit van 23 oktober 1972 nr 34, prov. blad van Utrecht nr 85 van 1972. Het besluit trad in werking met ingang van 1 januari 1973.