Het waterschap De Malesluis grensde in het westen aan de Grebbeliniedijk langs de Eem, in het noorden aan de waterschappen De Slaag en Overzeldert (langs de Vudijk) en Duist-Nieuweland (langs het Ruigedijkje aan de Heisteeg, de Wolfhaarschesteeg, zuidelijk van de Nieuwlandseweg, de Kalveenseweg, de Veenweg en de Roevoetsteeg tot aan de brug over de Laak), in het oosten aan de provincie Gelderland en in het zuiden aan de waterschappen De Drie Sluizen en Coelhorst (langs de Postloperssteeg bij Hoog en Wel en verder westwaarts tot de Koekboersteeg, enigszins noordwestwaarts tot de Molenweg, daarlangs tot de Bunschoterstraat, daarlangs tot de Coelhorsterweg, daarlangs tot voorbij het huis Coelhorst en vandaar zuidwestwaarts naar de Grebbeliniedijk). De bodemhoogte in het waterschap lag tussen circa 0 m en circa 5 m boven N.A.P. De belastbare oppervlakte bedroeg circa 1230 hectare.