Over de gang van zaken in de Sint-Nicolaas- en de Rijck Visscherspolders in de 17e en 18e eeuw is niet veel bekend. De Rijck Visscherssluis was in 1638 vernieuwd. In 1657 besloten dijkgraaf en heemraden van de Bunschoter Veen- en Veldendijk hoofdman en heemraden van de sluis een laatste waarschuwing te geven om deze te herstellen *  . Tien jaar later kreeg het bestuur van Rijck Visscherspolder op bepaalde voorwaarden vergunning van het dijkbestuur om een stenen sluis te doen leggen *  . Mogelijk was de sluis beschadigd bij de stormvloed van 5 december 1665 n.s. *  , waarbij in de Veldendijk vanaf Bloklandspolder tot Bickerssluis zeven gaten vielen, waarvan drie doorlopend *  .

Enkele grote Amsterdamse heren steunden in 1668 het plan om in de Bickers-, Noorder- en Rijck Visscherspolders waarin zij geërfd waren, 's winters het zeewater in te laten om de vruchtbaarheid van de grond door het bezinken van het slib te vergroten. Omdat zij niet wilden wachten tot de geërfden in de andere polders binnen het heemraadschap van de Veen- en Veldendijk hadden besloten of zij ook mee wilden doen, wilden de Amsterdammers de drie bovengenoemde polders met een kade afsluiten, zodat het water niet daaruit zou kunnen lopen. Bovendien zouden er sluizen of duikers in de Veldendijk moeten worden gelegd. Dijkgraaf en heemraden verlangden echter zeer zware garanties inzake de vergoeding van eventuele schade, indien de kade of de sluizen het bij storm zouden begeven, en hierdoor werd de zaak vertraagd. Na 1671 wordt er niet meer van vernomen *  .

In de jaren hierna werden de polders in Eemland door rampen getroffen: de Franse inval in 1672, de aanval van de Staatse troepen op de Zuiderzeekust van Utrecht waarbij o.a. de Duister-, Bickers- en Spakenburger sluizen werden vernield met als gevolg overstroming in 1673 *  , en de stormvloeden van 4/5 november en 4/5 december 1675 n.s. eveneens gevolgd door inundatie *  . Er trad een periode van verval in, de landen brachten nog nauwelijks de erop rustende lasten op. In 1702 deed zich opnieuw een zware overstroming voor en daarna werd de landstreek geteisterd door veeziekten. De vaststelling van een nieuwe schouwbrief voor de Sint- Nicolaaspolder in 1759 kan wellicht beschouwd worden als een keerpunt in deze ontwikkeling, hoewel ook daarna nog veel schade werd geleden door stormvloeden in 1775, 1776, 1779, 1791, 1825 en 1855 *  .

In de 19e eeuw kwam het onderhoud van de Sint-Nicolaaswetering en van enige banwerken aan het Karelsbruggetje (over de wetering langs de polder, waar deze uitmondde in de Westbuitensingel van Bunschoten) ten laste van de Sint-Nicolaaspolder. De Rikvisscherspolder droeg de onderhoudslast van de sluissloot, de Rikvisscherssluis en de daaraan grenzende dijk *  .

Toen het bestuur van het nieuwe Vereenigd Sint-Nicolaas- en Rikvisscherswaterschap in 1859 met zijn werkzaamheden begon, was de Rikvisscherssluis in slechte staat. De sluis werd nog in datzelfde jaar hersteld, maar in 1863 en wederom in 1896 en in 1911 - 1913 was vernieuwing noodzakelijk *  . In 1909/10 werd de Sint-Nicolaaswetering uitgebaggerd *  . Ter verbetering van de waterafvoer naar het stoomgemaal te Spakenburg besloten de ingelanden in 1871 twee heulen te leggen in de Sint-Nicolaaspolder en één in de Rikvisscherspolder *  .

Vanaf 1880 bestond er een conflict met het naburig waterschap Blokland over de aanwezigheid van enige dammen in de dijkwetering, waardoor de waterafvoer uit dat waterschap belemmerd werd. Maar de ingelanden van het Vereenigd Sint-Nicolaas- en Rikvisscherswaterschap weigerden hardnekkig de dammen te vervangen door hoofden. Pas in 1926 werden hier bruggen gelegd door het waterschap De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee *  .

Evenals de besturen van de andere inliggende waterschappen maakte het bestuur van het Vereenigd Sint- Nicolaas- en Rikvisscherswaterschap er bezwaar tegen dat, zoals het provinciaal bestuur wenste, de bepaling van de afmetingen van de weteringen en de dijksloot in de eigen keur zouden vervallen, nadat in 1915 het toezicht op deze watergangen was overgegaan op het bestuur van de Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee, maar eind 1920 gaf men het verzet op. De bepalingen werden toen opgenomen in de keur van de Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee, vastgesteld in 1924 *  .

Het schouwrecht over de wetering vanaf de Haarbrug tot aan het Karelsbruggetje, over de Sint- Nicolaaswetering, de dwarswetering en de dijksloot met de daarin gelegen hoofden was daarmee definitief overgegaan op het overkoepelende waterschap. Tot de taak van het bestuur van het Vereenigd Sint- Nicolaas- en Rikvisscherswaterschap behoorden nog slechts de schouw over de opgaande sloten en de dwarssloten waarin geen vaste (waterkerende) dammen lagen, en over de heulen in de dammen. Daarnaast was het waterschap belast met de zorg voor het onderhoud van de Rikvisscherssluis, de Sint- Nicolaaswetering, twee loopbruggetjes met draaiplanken daarover, de duiker in de burgwal westzijde, een heul in het land genaamd 'het boompje', een heul in de Gasthuisstreek, een heul in het Breedeland, en een heul in de scheidingsdam tussen het Sint- Nicolaas- en het Bikkerswaterschap *  .

Na de totstandkoming van de overeenkomst tot gemeenschappelijke bemaling van alle polders op de oostelijke Eemoever in 1926, werd de waterlossing verbeterd door het met elkaar in verbinding brengen van de Sint-Nicolaasdwarswetering, de Bikkersdwarswetering en de Neerduisterwetering. Laatstgenoemde wetering werd verbonden met de Haarse wetering en het vernieuwde gemaal De Haar. Daarna nam in 1929 het waterschap Beoosten de Eem de plaats in van alle kleine waterschappen *  .