Het bestuur bestond uit een voorzitter en vier leden onder de naam watergraaf en heemraden. De heemraden werden gekozen door de vergadering van stemgerechtigde ingelanden, één uit elk deelnemend waterschap of gedeelte daarvan (Eemland). Het waren meestal de voorzitters of heemraden van de inliggende waterschappen. De voorzitter van De Slaag werd in 1884 benoemd tot voorzitter van het nieuwe bemalingswaterschap. Ook later werden deze functies steeds door dezelfde persoon vervuld. Tot secretaris- penningmeester werd eveneens steeds door beide besturen dezelfde ambtenaar benoemd. Verder waren in dienst van het waterschap De Gecombineerde Stoombemaling van de Zelderdsche Wetering een bode, een machinist voor het gemaal en later een hulpmachinist.