De taak die schout en heemraden in 1393 werd opgelegd, betrof in de eerste plaats de schouw van de Slaagse dijken op St Maartensdag in de winter (11 november), St Geertruydendag (17 maart), Meyavond (30 april) en St Jansdag te middesomer (24 juni). Zij dienden bij nalatigheid van de onderhoudplichtige het dijkwerk aan te besteden en ter plekke te blijven tot het werk gereed was, alles op kosten van de dijkplichtige. Had deze evenwel niet genoeg bezit om dat te betalen, dan dienden de heemraden op hun eed erop toe te zien dat de geërfden 'die tot dien dijk hooren' eveneens bijdroegen in alle voornoemde kosten.

De geërfden waren dus in groepen aansprakelijk voor het onderhoud van onderdelen van de dijken, zoals de Grote Slaagse dijk en de Kleine Slaagse dijk, als de dijkplichtige (vermoedelijk de aangelande geërfde) de kosten van dat onderhoud niet zelf kon opbrengen. Dit blijkt ook uit de 'dijckcedulle van den Slage' *  (waarschijnlijk daterend uit de tweede helft van de 16e eeuw gezien de erin voorkomende namen van geërfden) die in 1644 werd gecopieerd uit een thans niet meer aanwezig rekeningboek van De Slaag. Een waai in de dijk werd evenwel hersteld op gemenelandskosten, dus op kosten van alle geërfden, die eveneens meebetaalden aan de vergoeding voor land dat verloren ging door waaivorming of afdijken (afsnijden van de rest doordat de dijk er door- of overheen werd gelegd).

Ook in de 17e eeuw kwamen de kosten van buitengewoon onderhoud of herstel van de dijken ten laste van de polder. Zo werd in 1638 de schade hersteld ontstaan door waaien in Rootgenscamp en bij de sluis, en in 1651 die ten gevolge van doorbraken veroorzaakt door de St Pietersvloed (4/5 maart 1651). De geërfden besloten tot verhogen en verzwaren van de dijken in 1657, 1667 en 1684 na stormvloeden. Overigens wordt in de tweede helft van de 17e eeuw ook in veel andere jaren melding gemaakt van herstellingen wegens ernstige stormschade. De dijken waren toen eigendom van de polder en de pachtopbrengst werd gebruikt ter dekking van de onkosten *  . Het polderbestuur bezat het recht van aardhaling ten behoeve van de dijken.

Geleidelijk aan moet ook het gewone onderhoud van de dijken ten laste van de polder zijn gekomen, want in 1834 antwoordde het polderbestuur aan Gedeputeerde Staten op een vraag daaromtrent dat zij zelf de dijken onderhielden *  . Veel had dat niet om het lijf, want de dijken, die in 1811 volgens dijkgraaf en hoogheemraden van de Bunschoter Veen- en Veldendijk nog in zeer goede en welonderhouden staat verkeerden *  , geraakten daarna steeds meer in verval.

Zij waren veel lager dan de andere Eemdijken en de zeedijken, en daardoor liepen zij regelmatig over bij hoge waterstanden op de Eem, waardoor de Hooglandse- en Bunschoter polders en het Gelderse Arkemheen onder water liepen. Om deze reden wilden dijkgraaf en hoogheemraden van de Bunschoter Veen- en Veldendijk in 1817 de Slaagse dijken doen verhogen en verzwaren, maar de geërfden van De Slaag, op wier kosten een en ander zou worden uitgevoerd, wendden zich tot Gedeputeerde Staten met het verzoek het al begonnen werk te verbieden *  .

Dat geschiedde en daarmee begon een lange controverse tussen het hoogheemraadschap en de gemeenten Amersfoort, Soest, Baarn en Eemnes en die in de Gelderse Vallei over de verhoging van de Slaagse dijken. Het provinciaal bestuur bewoog zich enigszins hier tussenin, maar het liet bij gebrek aan oplossing de bestaande toestand intact. Zo bleven de klachten over de regelmatig terugkerende overstromingen door overloop van de Slaagse dijken aanhouden. In 1836 gaven weliswaar de geërfden van De Slaag hun verzet op en besloten zij de dijken te verhogen, maar de aanbesteding mocht niet doorgaan *  .

Twaalf jaar later beschuldigden de heemraden van Overzeldert (ten onrechte) het bestuur van Neerzeldert ervan de Zeldertse- en Slaagsewegen te willen verhogen, zodat Neerzeldert bij overloop van de Slaagse dijken minder en Overzeldert des te meer last van het water zou hebben *  . Op 19 februari 1854 liepen de polders weer onder door overloop van de Slaagse dijken, evenals op 20 december 1862, 21 januari 1863, 3/4 december 1863, 2 januari 1867, 20 november 1875, 30/31 januari 1877, 8/9 maart 1878, 15-17 oktober 1881 en 9 februari 1889 *  .

De kwestie van de te lage Slaagse dijken was er oorzaak van dat pas in 1877 een bijzonder reglement voor het hoogheemraadschap werd vastgesteld door Provinciale Staten van Utrecht, waaraan echter op verzoek van dijkgraaf en hoogheemraden de Koninklijke goedkeuring werd onthouden, omdat volgens het rapport van de rijksinspecteur van de waterstaat d.d. 23 mei 1878 de veiligheid van het hoogheemraadschap er door niet gewaarborgd werd. Het dijkbestuur had aangevoerd, dat het toezicht op de Eemlandse- en Slaagse dijken, dat het meende te hebben op grond van de Sententie arbitrael van de Veldendijk van 1603 en het appointement van de Gedeputeerden der Staten van 30 april 1667 o.s., niet meer in het nu vastgestelde reglement voorkwam, terwijl het juist meer bevoegdheden ten aanzien van die dijken nodig had om iets te kunnen doen tegen de steeds terugkerende overstromingen *  .

Nadat het bestuur van het hoogheemraadschap in 1880 juridisch advies had ingewonnen, waaruit gebleken was dat schout en heemraden van De Slaag als enigen bevoegd waren de afmetingen van de Slaagse dijken vast te stellen *  , werd besloten de dijken te verhogen op gezag van laatstgenoemden en op kosten van het hoogheemraadschap. Dit werd door Gedeputeerde Staten verhinderd door middel van toepassing van artikel 7 van het Koninklijk Besluit van 17 december 1819 nr 1, volgens hetwelk de goedkeuring van de Minister van Waterstaat, Handel en Nijverheid vereist was voor werken van een waterschap, waarbij belangen van anderen, buiten dat waterschap, betrokken waren. Deze toestemming werd geweigerd *  .

De dijk werd in 1883 op plaatsen waar deze lager was, hersteld tot een hoogte van 1.63 m + A.P. met aarde afkomstig uit de verbindingswaterleiding tussen de Slaagse- en de Zeldertse wetering, aangelegd in verband met de stichting van het stoomgemaal *  . Bij de stormvloeden van 12/13 december 1883 en 24 januari 1884 werd de dijk echter weer ernstig beschadigd. Eerst werd het herstel door Gedeputeerde Staten verboden, daar er sprake van was dat de regering de hoogte van de dijk op 2 m + A.P. zou willen stellen *  , maar in november werd het werk toch uitgevoerd, waarbij het bestuur van De Slaag erin berustte, dat een hoogte van 1.63 m + A.P. werd aangehouden *  .

Het volgend jaar wenste het provinciaal bestuur dat de Grote Slaagse dijk, die een grotere hoogte had, tot hetzelfde peil verlaagd zou worden, maar hier protesteerde het bestuur fel tegen *  . In 1886 bepaalde de Minister van Waterstaat, Handel en Nijverheid, dat de hoogte van 1.63 m + A.P. als maximum voor verdere herstellingen moest worden aangenomen *  .

Nadat tenslotte in 1889 het bijzonder reglement voor het hoogheemraadschap was vastgesteld en goedgekeurd door de Kroon, kwam de zorg voor beheer en onderhoud van de Eemlandse-, Slaagse- en Vudijken daarbij te liggen. Dijkgraaf en hoogheemraden lieten een onderzoek instellen door ir C. Lely naar de gevolgen die een verhoging van de Slaagse dijken werkelijk zou hebben voor de gemeenten die zich daardoor bedreigd achtten. Op grond van zijn rapport *  werd toestemming van de Minister verkregen om de dijken te verhogen tot 2 m + N.A.P. Het werk was begin 1894 voltooid. Bij de storm van 23 december daaraanvolgend bleek, zoals verwacht, dat de verhoging geen wezenlijke schade betekende voor de tegen-standers ervan.

De waterlozing van de polder De Slaag geschiedde door de Slaagse wetering vanaf het einde van de Overzeldertse wetering lopend naar de Grote Slaagse sluis, iets ten zuiden van de Neerzeldertse sluis, en door de binnen- of dwarswetering lopend vanaf de Kleine Slaagse sluis in de Kleine Slaagse dijk naar de Slaagse wetering. De weteringen en sluizen waren evenals de dijken eigendom van de polder. De landerijen rond de Hamelenberg, die oorspronkelijk buiten de polder viel, waterden af door een eigen sluis in de dijk langs perceel nr 639 op de dijkkaart van 1666 (archief Bunschoter Veen- en Veldendijk inv.nr 275).

De schouwbrief van 1393 gaf schout en heemraden het recht sluizen en watergangen te leggen met de instemming van de meerderheid van de geërfden, als zij dat redelijk en nuttig zouden vinden. In 1598 werd de dwarswetering op kosten van de polder gebracht op een wijdte van 10 voet. De onderhoudslast werd vervolgens gelegd bij de aangelande geërfden onder de schouw van schout en heemraden, jaarlijks op St Jansavond (23 juni). Op dezelfde wijze moest een ieder zijn sloten onderhouden op een wijdte van 5 voet. In 1651 werd bepaald dat de opgaande- en dwarssloten 7 voet wijd moesten zijn, jaarlijks in orde te brengen vóór 1 augustus respectievelijk 1 mei.

In 1671 werd door het polderbestuur aanbesteed het graven van een sloot langs de buitenteen van de dijk, vijf voet wijd en drie voet diep *  , nadat in 1668 bij het verhogen van de dijk de ringsloot was verwijd en verdiept tot tien voet drijvens water *  . In de rekeningen vindt men ook posten voor het snijden van de dwarswetering en voor het verwijden en verdiepen daarvan in 1683/84. De onderhoudplicht voor de Slaagse wetering rustte op de polder Overzeldert, die in ruil daarvoor het recht had op die wetering te lozen.

In de 19e eeuw lag de onderhoudplicht voor de dwarswetering en sloten weer bij de aangelande geërfden. Er werd toen schouw gevoerd in mei en september *  . De waterlozing werd verbeterd door de aansluiting van het waterschap De Slaag op het stoomgemaal op de Neerzeldertse wetering, dat geëxploiteerd werd door De Gecombineerde Stoombemaling van de Zelderdsche Wetering. Het stoomgemaal werd in 1883 gebouwd door het bestuur van De Slaag in afwachting van de oprichting van het waterschap De Gecombineerde Stoombemaling, dat in 1884 tot stand kwam *  . Om het water uit De Slaag en Overzeldert te kunnen afvoeren naar het gemaal werd een verbindingswaterleiding aangelegd tussen de Slaagse- en de Zeldertse wetering, met een duiker door de Slaagse weg, op kosten van De Slaag en Overzeldert gezamenlijk. Het gemaal werd in 1926 geëlektrificeerd met subsidie van het hoogheemraadschap.

Een jaar later besloten de ingelanden van De Slaag de onderhoudslast voor de Slaagse wetering vanaf de Martjesbrug tot de nieuwe wetering naar de Zeldertse wetering voor rekening van het waterschap te nemen. De waterlozing van Overzeldert werd in 1928 op kosten van het hoogheemraadschap in het kader van de inmiddels tot stand gekomen gemeenschappelijke bemaling van alle polders verbeterd door de aanleg van de Polwetering. Nadat het waterschap De Slaag in 1929 was opgegaan in Beoosten de Eem werd de Grote Slaagse sluis gedicht door het hoogheemraadschap *  .

Het waterschap De Slaag was niet belast met de zorg voor wegen. In 1870/71 besloten de ingelanden een bijdrage te verlenen voor de verharding van de Slaagseweg (uitgevoerd in 1873). Hiervoor werd een bijzondere omslag geheven van fl. 10,-- per hectare *  .