Voordat de archieven aan de CAS ter bewerking werden aangeboden, berustten zij in de archiefbewaarplaats van AB-DLO aan de Bornesteeg 65 te Wageningen. Er waren in de archieven verschillende ordeningsstelsels te onderkennen.

De archieven van het CILO en het IBS waren deels geordend volgens het agendastelsel, tenminste voorzover het de uitgaande stukken betrof. Tevens werden enkele series jaar- en kwartaalverslagen, begrotingen, werkplannen en projectverslagen aangetroffen. Buiten deze series, voornamelijk met betrekking tot onderzoekingen, herkende men het streven om tot dossiers te komen. Ingekomen stukken werden weinig aangetroffen.

Het archief van het CPO was volgens het dossierstelsel ingericht op basis van het Koninklijk Besluit, nr. K 425 van 2 oktober 1950, houdende voorschriften voor de behandeling van post- en archiefzaken bij de rijksadministratie. De dossiers werden, voor wat betreft .07 (organisme) en .08 (personeel), geclasseerd volgens het registratuurplan van het Ministerie van Landbouw en Visserij. Het taakgedeelte was geclasseerd volgens een archiefcode, gebaseerd op de U.D.C.

Het archief van de CABO bestond voor een groot deel uit series. Daarnaast werd er een soort rubrieksgewijze ordening aangetroffen. Bij laatstgenoemde ordening werden de stukken onderwerpsgewijs in een omslag gedaan en waren ze onderling willekeurig geordend.

Uit de archieven van het CILO, IBS en CPO is in het verleden reeds verschillende keren vernietigd, waarvan verklaringen in het archief aanwezig zijn (zie inv.nrs. 116 en 227).