Zowel uit de inventarissen van nalatenschappen als uit andere stukken kan men het een en ander vernemen over de lotgevallen van het archief. Terwijl in verscheidene akten van magescheid vermeld wordt, dat de charters en papieren door een ieder tot zich genomen zijn voorzover het de hem of haar toegedeelde goederen betreft, vinden wij omtrent de "algemene familiepapieren" herhaaldelijk bepalingen, die een beeld geven van de belangstelling en zorg voor het familiearchief.

Bij magescheid d.d. 1778 over de nalatenschap van Johan Brantsen (Inv. nr. 63) werd bepaald, dat de "gemeene boedelspapieren" bewaard zouden worden door Gerard Brantsen als oudste zoon, en dat "daarvan ten allen tijden door d'overige confidenten visie of copyen kunnen en mogen gerequireert worden". Deze, Gerard Brantsen, vermaakte alle familieportretten, zijn bibliotheek en het gehele archief, uitgezonderd de eigendomsbewijzen van aan andere erfgenamen toegewezen goederen, aan zijn neef Johan Brantsen van Hulkestein, het hoofd der familie (Inv. nr. 71).

Blijkens Inv. nr. 4 berustte het archief toen in het huis van Gerard Brantsen in de Bakkerstraat. Johan Brantsen, de erfgenaam, verklaarde in 1810 dat het gehele archief wegens de tijdsomstandigheden in enige kisten was geborgen en dat hij het te zijner tijd zou ordenen, Johan Brantsen bezat toen al het archief, dat, in 1742 na het overlijden van zijn overgrootvader Hendrik Brantsen in het bezit was gekomen van diens zoon Willem Reinier en dat bewaard werd in het ouderlijk huis in de Bakkerstraat. Na diens dood was het overgegaan op Derk Willem Abraham Brantsen, de vader van Johan voornoemd, en het berustte toen in zijn huis aan de Grote Markt in een kist op zolder. Daar werd het in 1795 door de Fransen geplunderd en ten dele verscheurd. Een gedeelte ervan werd daarna overgebracht naar het huis van Gerard Brantsen in do Bakkerstraat en in 1800 teruggevonden onder het "geplunderde goed" in dit huis. In 1800 werd het weder door Johan Brantsen geordend.

Voor zover deze stukken dienstig waren voor de opstelling van een genealogie van het geslacht Brantsen, werden zij genummerd en beschreven door Johan Brantsen; de inventaris bevindt zich thans onder Inv. nr. 4.
De "algemene familiepapieren" in het bezit van Nalida Sophia Johanna Brantsen vererfden in 1818 op Gerhardina A.A. Brantsen, weduwe van Derk W.A. Brantsen (Inv. nr. 101) en in 1820 kwamen de "algemene familiepapieren" die berust hadden onder Derk W.A. Brantsen en diens weduwe aan hun oudste zoon Johan Brantsen van Hulkestein, die zodoende dus ook het archief van Nalida S.J. Brantsen verwierf (Inv. nr. 76 en 77). Het is niet onmogelijk dat haar archief ook tijdens haar leven in het huis van Derk W.A. Brantsen heeft berust.

In 1801 vermaakte Hester Henriëtte Brantsen alle familieportretten en archivalia, die zij bezat, als legaat aan haar neef Johan Brantsen, die deze in 1802 na haar dood verkreeg (Inv. nr. 188 en 189), waaronder zich tevens die stukken bevonden, die volgens magescheid d.d. 1788 inzake de ouderlijke nalatenschap door Derk Willem Brantsen bewaard zouden worden (voor zover nog aanwezig). Zij, Hester Henriëtte, bepaalde tevens bij testament, dat dit alles steeds zou moeten vererven op een de naam Brantsen dragend familielid. Een dergelijke bepaling maakte ook Johan Brantsen van Hulkestein, die allengs in het bezit was gekomen van een zeer groot gedeelte van het familiearchief, (zie blz. 21 en 36) Zodoende werd na zijn dood zijn (nog minderjarige) zoon erfgenaam van alle familieportretten en archivalia. Toen deze in 1826 met zijn zuster en zijn moeder in de Rijn verdronk, vererfden het gehele archief en de familieportretten op Derk W.G.J.H. Brantsen, toen het hoofd der familie.

Nadien is door vererving een gedeelte van het archief in de huizen Rhederoord en Wielbergen komen te berusten; het grootste gedeelte van het familiearchief vond zijn bewaarplaats echter op het kasteel Zypendaal. Zoals in het begin van de inleiding vermeld werd, is het archief in 1927 en volgende jaren geschonken aan het Rijksarchief in Gelderland.
Een gedeelte der familieportretten bevindt zich thans als eigendom van de Brantsen van de Zyp-stichting in het kasteel de Cannenburch bij Vaassen.