Het archief is sedert de opbouw van de Cannenburg door Marten van Rossem vermoedelijk steeds op de Cannenburg blijven berusten en was, naar uit een acht tiende-eeuwse inventaris blijkt (inv. nr. 418), in kisten en kasten in diverse vertrekken opgeborgen. Na het overlijden van Fr. K.Th. baron van Isendoorn à Blois in 1865 bleef het archief aanvankelijk in het kasteel berusten, mogelijk tot na de dood zijner weduwe in 1881, hoewel reeds in 1880 door de "erfgenamen Van Isendoorn à Blois" enige stukken, afkomstig van Marten van Rossem, in bruikleen werden afgestaan aan het Rijksarchief in Gelderland.

Na het overlijden van de douairière van Isendoorn à Blois vererfde de inboedel van de Cannenburg, en hiermede een groot gedeelte van het archief, op de familie Van Oldeneel, die omstreeks de eeuwwisseling een gedeelte van het archief opruimde, Dit kwam in handen van de verzamelaar J.A.J.W. van Hal te Breda, die op al deze stukken potloodnummers aanbracht en ze voegde bij zijn collectie archivalia betreffende Breda etc. Na zijn overlijden werd zijn boedel vereffend door notaris A.J.A. Verschraage te Breda, die de archivalia uit de nalatenschap grotendeels liet veilen (in manden!) door de vendumeester Sluyters te Breda. Een deel is toen, in 1913, gekocht door de marktboek-handelaar Couvreur, die deze collectie vervolgens overdeed aan de gemeentearchivaris van Tilburg, F, Ouwerling. Een ander gedeelte van de collectie Van Hal werd op de veiling gekocht door de papierfabriek te Breda, waar F. Ouwerling, inmiddels gewaarschuwd, nog enige archivalia, grotendeels tot snippers verscheurd, heeft weten te redden. Een groot en belangrijk gedeelte van het archief was toen echter al verloren gegaan.

Een gedeelte van het archief schonk F. Ouwerling vervolgens aan het gemeentearchief van Breda, waar reeds stukken uit de collectie Van Hal (die immers veel archivalia betreffende Breda bezat) aanwezig waren. Een ander gedeelte werd door hem verkocht aan de graaf van Renesse in België, die het verenigde met zijn familiearchief. Stukken betreffende de Cannenburg verkocht F. Ouwerling aan de eigenaar van de Cannenburg, die een gedeelte nadien vernietigd zou hebben. Het restant, dat bijna uitsluitend uit snippers bestond, stond hij in 1928 af aan het Rijksarchief in Noord-Brabant; het werd verenigd met het Bredase gedeelte van de collectie Van Hal, nadat het eerst ten Rijksarchieve was uitgezocht en gerestaureerd. Enkele stukken werden overgedragen aan het Rijksarchief in Gelderland, waarna de rijksarchivaris in Noord-Brabant, mr. J.P.W.A. Smit, een inventaris maakte van het Bredase gedeelte van de collectie. In 1930 werden nog twee stukken, die in het Gemeentemuseum van Breda terecht waren gekomen, met "de collectie Van Isendoorn à Blois" verenigd, waarna in 1931 overdracht aan het Rijksarchief in Gelderland volgde. In hetzelfde jaar werden nog enige bij vergissing in 's-Hertogenbosch achtergebleven stukken bijgevoegd. Twee andere stukken betreffende de familie Van Hoensbroek, die niet herkend werden als deel van het archief van de Cannenburg, werden in later jaren overgedragen aan het Rijksarchief in Limburg, dat deze in 1960 overdroeg aan het Rijksarchief in Gelderland.

Andere stukken van de collectie Van Hal zijn, hetzij via de notaris Verschraage, die verscheidene stukken had achtergehouden, hetzij via de veiling, in handen van particulieren geraakt.

Sommige dezer archivalia zijn in de loop der jaren weder verenigd met het archief. Zo verwierf het Rijksarchief in Gelderland in 1921 stukken betreffende tienden te Vaassen van het Algemeen Rijksarchief, in 1929 een rekening van de Cannenburg over 1553/54 van mr. P.J. Stigter te Ginniken, en in 1930 leenbrieven van goederen in de heerlijkheid IJzendoorn enz. van prof. jhr. dr. Elias te Delft. Speciale vermelding verdient echter een aanwinst, die reeds eerder had plaatsgevonden. De heer M.G. Wildeman had in een der eerste jaren dezer eeuw in België te Mechelen een corsettendoos aangetroffen, die gevuld bleek te zijn met archiefstukken betreffende de families Van Rossem en Van Isendoorn. Een groot aantal dezer stukken, die hij ten dele schonk, ten dele verkocht aan het Rijksarchief in Gelderland in de jaren 1906-1912, werden door hem gepubliceerd in de Nederlandsche Leeuw van 1908 en volgende jaren.

Wat de familie Van Oldeneel nog aan Cannenburg-archief bezat, werd in 1950 door het antiquariaat Israël te Arnhem geveild. Op deze veiling werd het overgrote deel aangekocht door het Rijksarchief in Gelderland. Een gedeelte van het archief geraakte toen echter in verschillende handen, w.o. het Belastingmuseum te Rotterdam en het Kroondomein te Apeldoorn, waardoor enige zeer belangrijke registers en andere archivalia niet met het archief verenigd konden worden. Een overzicht van deze elders berustende archivalia vindt men op blz. 152-163.

Was na het overlijden van douairière van Isendoorn à Blois in 1881 het grootste gedeelte van het archief in het bezit van de familie Van Oldeneel gekomen, andere gedeelten bleven op het kasteel berusten of geraakten in handen van derden. Het is niet uitgesloten dat bv. bij de boeldag, die in 1881 op de Cannenburg werd gehouden, kisten met inhoud (te weten archivalia) verkocht zijn. Mogelijk is M. van Delden te Vaassen op deze wijze aan Cannenburg-archivalia gekomen, welke hij in 1903 aan het Rijksarchief in Gelderland ten geschenke gaf.

De eigenaar van de Cannenburg was eveneens in het bezit van enige archivalia, wellicht ten dele na 1881 op het kasteel achtergebleven en ten dele door hem aangekocht van F. Ouwerling uit de collectie Van Hal. Of en in hoeverre hiervan stukken zijn vernietigd, is niet bekend. Na de oorlog is de Cannenburg als vijandelijk vermogen door het Beheersinstituut overgedragen aan de Stichting "Vrienden der Geldersche Kasteelen", die in 1946 het archief dat op het kasteel was aangetroffen, in bewaring gaf aan het Rijksarchief in Gelderland.

Een ander, en voor het beheer van de uitgebreide bezittingen van de Van Isendoorns te Vaassen, vooral wat betreft de papiermolens, zeer belangrijk archiefbestanddeel was in het bezit gekomen van het museum "Felua" te Apeldoorn. In 1948 kon ook dit gedeelte van het archief door het Rijksarchief in Gelderland verworven worden.

Van enigszins andere aard was de aanwinst van 1952, toen 5 pakken archivalia werden ontvangen van de erven E.C.C. Houck. Deze aanwinst bleek het archief te omvatten van mr. H. Houck, notaris te Deventer, als executeur van de nalatenschap van Fr.K.Th. baron van Isendoorn à Blois en als zaakwaarnemer van diens weduwe Ch.Th.M.A. barones van Oldeneel tot Oldenzeel, Hoewel deze stukken formeel nooit deel hebben uitgemaakt van het archief van de Cannenburg, zijn ze toch in de inventaris opgenomen (inv.nr. 189-218, 231- 236, 409-418, 526-533 en 752-770), aangezien zij er ten nauwste mede samen hangen en slechts het feit dat het Van Isendoorn-bezit is geliquideerd ertoe heeft geleid, dat deze stukken onder de notaris zijn blijven berusten.

Door het in 1944 verloren gaan van de correspondentie en de aanwinstenlijsten van het Rijksarchief in Gelderland en door het niet opnemen van veel aanwinsten in de gedrukte jaarverslagen, was het niet altijd mogelijk de herkomst hiervan na te gaan.

In de loop der jaren, in 1880, 1903, 1906, 1908, 1909, 1912, 1921, 1928, 1929, 1930, 1931, 1932, 1937, 1941, 1946, 1947, 1948, 1950, 1951, 1952, 1956, 1959, 1960 en in twee onbekende jaren zijn bestanddelen van het archief van de Cannenburg weder bijeengekomen op het Rijksarchief in Gelderland. Mogelijk zullen in de komende jaren nog enkele stukken met het archief verenigd kunnen worden, althans voor zover zij herkend worden als deel van het Cannenburg-archief, wat in het bijzonder geldt voor stukken, afkomstig van aangehuwde geslachten als Van Wassenaer, Van Renesse, Van Hoensbroek enz.

Ter verduidelijking van de lotgevallen van de voornaamste bestanddelen van het archief is bijgaand overzicht toegevoegd (zie de gedrukte versie of het studiezaalexemplaar).

In de jaren 1928 tot 1930 is het archief, voor zover dit in Breda berustte en afkomstig was van de verzamelaar Van Hal, geïnventariseerd door mr. J.P, W.A. Smit, rijksarchivaris in Noord-Brabant, Nadien begon hij tevens aan de inventarisatie van het te Arnhem berustende archief van de Cannenburg, welke arbeid in 1932 werd gestaakt, toen aan de rijksarchivaris in Gelderland was gebleken dat elders (op de Cannenburg, Museum Felua te Apeldoorn, bij de familie Van Oldeneel) nog belangrijke bestanddelen van het archief berustten.

Eerst na 1950, toen men erin geslaagd was de belangrijkste bestanddelen van het naar alle kanten verspreide archief te verwerven, en er in de toekomst nog slechts in omvang geringe aanwinsten waren te verwachten, kon de inventarisatie opnieuw ter hand worden genomen. Daar de bestaande inventarissen van gedeelten van het archief niet meer voldeden, werden ook deze onderdelen opnieuw geordend en beschreven. Zeer veel gemak werd ondervonden van het werk van de heer J.D. Moerman te Apeldoorn, die de archivalia op het museum Felua had geordend en beschreven. Slechts aan iemand, die ter plaatse bekend is, was het mogelijk de zeer vele papiermolens-vaak dubbelmolens met dezelfde naam-van elkander te onderscheiden. Ook de heer W. Terwel verstrekte inlichtingen over plaatselijke omstandigheden, waarvan een dankbaar gebruik werd gemaakt.

De gebruikelijke splitsing in een persoonlijk en een zakelijk gedeelte is weder toegepast, waarbij de stukken, afkomstig van het geslacht Van Isendoorn à Blois als ambtsjonkers van Epe en dijkgraaf van Veluwe, vooraan geplaatst zijn.

Na de persoonlijke stukken, afkomstig van de geslachten Van Rossem en Van Isendoorn à Blois, volgen die van de aangehuwde geslachten, waarachter die van de bastaardtak Van Isendoorn, van wie Frederik Johan van Isendoorn à Blois de erfgenaam was. Hoewel het betwijfeld moet worden of de stukken, afkomstig van de familie Van Oldeneel ooit tot het Cannenburg-archief hebben behoord, en er eerder aan een latere vermenging gedacht moet worden, zijn deze om niet-archief-technische redenen toch in de inventaris opgenomen.

Het archief van de Swanenborg, waarover Elbert van Isendoorn à Blois tijdens de minderjarigheid van zijn dochter Hadewich Anna het beheer voerde, welk bezit na haar dood in 1665 weder terug viel aan de Van Essens, is als afzonderlijk archief achter het archief van de Cannenburg geplaatst. Hierna volgen de stukken, waarvan het verband met de voorgaande archieven niet is gebleken. In deze afdeling is tevens opgenomen het "statutenboek" van Otto van Bronckhorst, dat afschriften bevat van tal van belangrijke rechten en Gelderse staatsstukken. Het blijkt deel uit te maken van een groep statuten-boeken die alle hun oorsprong vinden in Harderwijk en waarvan nog slechts enkele exemplaren bekend zijn. Dit "statutenboek" is afkomstig uit de collectie Van Hal; het is echter onzeker of het deel heeft uitgemaakt van het archief of de bibliotheek van de Cannenburg dan wel door Van Hal op andere wijze is verworven.

De twee regestenlijsten van oorkonden en van brieven lopen tot de dood van Marten van Rossem, 7 juni 1555.