Het archief was oorspronkelijk ingedeeld in rubrieken (zie bijlage 3). Daarbinnen vormden de stukken een op "chronologische" volgorde geplaatste massa dossiers.

Tijdens de inventarisatie is besloten om de oude ordening niet te handhaven, maar de te bewaren dossiers te ordenen volgens een voor de gebruiker vriendelijker en meer logische indeling. Bij de selectie is gebruik gemaakt van de Vernietigingslijst archiefbescheiden provinciale en interprovinciale organen 1989/1994. Artikel 1 van de Lijst is daarbij buiten beschouwing gelaten. Volgens dit artikel mogen alle stukken waarvan de tekst, maar niet het ontwikkelingsstadium gelijk is aan stukken in het archief van de griffie worden vernietigd. De hieruit voortvloeiende bijna integrale vernietiging zou echter geen recht doen aan de beeldvorming over werkwijze en taakuitoefening van Provinciale Waterstaat en houdt geen rekening met verliezen in het archief van GS.

Voor de inventarisatie had het archief een omvang van circa 57 m, plus een kaartsysteem van 50 laden van 40 cm (20 m) en vier portefeuilles met kaarten en tekeningen. De collectie kaarten en tekeningen is integraal bewaard en afzonderlijk beschreven. De index op de dossiers (het kaartsysteem) is vernietigd, daar deze bij alle omvang maar een deel van de inhoud van het archief dekte (de periode 1929-1949), niet van alle rubrieken fiches aanwezig waren en vele fiches verwezen naar vernietigde dossiers. De klappers, de dossierinventaris en de inventaris van vernietigde dossiers zijn gedeeltelijk als vervanging te gebruiken. Na de bewerking is de omvang van het archief 21 m.