Bij plakkaat van 31 mei 1580, gevolgd door een nadere regeling bij landdagsbesluit van 29 november 1581, werden de bezittingen van rooms-katholieke instellingen als kerken, kloosters, kapittels, proosdijen et cetera onttrokken aan hun bestemming ten behoeve van de R.-K. eredienst en het onderhoud van ambtsdienaars. Voortaan werden de opbrengsten gebruikt voor de instandhouding van de Gereformeerde kerk en het onderwijs.
De bijzondere rekenkamer die werd opgericht voor het beheer heeft maar een jaar gefunctioneerd. Van 1581-1600 waren Hof en Rekenkamer met de directie en administratie belast. Dat stuitte op veel bezwaren omdat ze daarvoor onvoldoende waren toegerust. Vanaf ca. 1600, toen de colleges van Gedeputeerden in de kwartieren behoorlijk begonnen te functioneren, werden die met de dagelijkse leiding belast. De regeling was bedoeld als overgangsregeling, totdat er een gemeenschappelijk bestuur van de geestelijke goederen in het hele gewest zou zijn ingesteld. Dat is er nooit van gekomen.

De Landschap wilde allereerst een overzicht hebben van de betreffende goederen met hun juridische status. De eerste taak van de Gedeputeerden was het afmaken van de overzichten waar de Rekenkamer aan begonnen was. De stads- en plattelandsbesturen moesten worden aangeschreven om binnen twee maanden lijsten in te sturen. Hieruit destilleerden de Gedeputeerden een verzamelstaat, waaruit de jaarlijkse inkomsten voor het Kwartier berekend konden worden. Verder moesten ze zorgen dat het Hof een plakkaat uitgaf waarbij iedere bezitter van collatie- en soortgelijke rechten werd opgeroepen bewijsmateriaal daarvoor over te leggen.
Kloosters en instellingen met voldoende bewoners mochten voorlopig zelf hun goederen blijven beheren, mits ze overzichten van hun bezittingen en rechten opmaakten en verpachtingen plaatsvonden ten overstaan van de Gedeputeerden.

Het Zutphense overzicht is te vinden in 0012 Gelderse Rekenkamer, inventarisnummer 7279.

De geestelijke goederen werden beheerd in 4 rentambten, die elk een aantal voorgangers gehad hebben.



Rentambt Zutphen (vanaf 1609)

Dit omvatte goederen in de steden Zutphen, Doesburg en Lochem, de scholtambten Zutphen (Almen, Gorssel, Vorden en Warnsveld) en Lochem (o.a Laren en Ampsen), de richterambten Doesburg (met Angerlo en Keppel) en Steenderen en de bannerij Bahr en Lathum. Na de opheffing van het rentambt Bergh in 1682 werd de heerlijkheid Westervoort bij het rentambt Zutphen gevoegd.



Rentambt Doetinchem (vanaf 1610)

Dit omvatte goederen in de stad Doetinchem, de richterambten Hengelo, Zelhem, Ruurlo en Hummelo, de bannerij Wisch (Varsseveld en Terborg), de heerlijkheid Bredevoort (Bredevoort, Aalten, Winterswijk en Dinxperlo) en de kloosters Syon, Bethlehem en Schaer. Na de opheffing van het rentambt Bergh in 1682 werden Kleef, Didam, Zeddam, Gendringen en Silvolde bij het rentambt Doetinchem gevoegd.



Rentambt Borculo (vanaf 1616)

Dit omvatte goederen te Borculo (Borculo, Gelselaar, Geesteren, Eibergen, Rekken, Neede en Groenlo) en Lichtenvoorde (Lichtenvoorde, Lievelde en Vragender). Na de opheffing van het rentambt Bergh in 1682 werden de inkomsten uit de St.-Nicolausvicarie te Zeddam en de vicarieën in de kerk te 's-Heerenberg bij het rentambt Borculo gevoegd.



Rentambt Bergh (1604-1682)

Dit omvatte goederen te Westervoort, Kleef, Didam, Zeddam, Gendringen en Silvolde en inkomsten uit 2/3 van de St.-Nicolausvicarie te Zeddam en uit de vicarieën in de kerk te 's-Heerenberg.



De stukken betreffende de geestelijke goederen beslaan ongeveer 40% van het archief.