Eerst werd het archiefgedeelte vóór 1859 in bewerking genomen, waarbij het zowel ging om herinventarisatie van het reeds in het rijksarchief aanwezige archiefgedeelte als om inventarisatie en toevoeging van de uit Frederiksoord afkomstige stukken. Van de inventaris van Beth uit 1916 werd een herindeling gemaakt, waarop de uiteindelijke inventaris zou worden gebaseerd. Nog in 1985 werd het gedeelte van het in Frederiksoord bewaarde archief van voor 1859 naar Assen overgebracht, waarna een plaatsingslijst werd gemaakt, met een kopie-exemplaar voor de Maatschappij. Op basis van de heringedeelde inventaris-Beth én de plaatsingslijst werden in 1986 de onderhandelingen over de definitieve inventarisatie van het Maatschappij-archief van voor 1859 afgerond *  .

Na intensief overleg met alle betrokkenen werd in 1986 vervolgens besloten om het nog in Frederiksoord berustende archief na 1859 toe te voegen aan het al in Assen liggende archief. Het omvangrijke archief zou niet in één keer worden overgebracht maar in gedeelten, waarbij elk deel eerst in Assen zou worden bewerkt *  .

In oktober 1986 werd eerst het financiële gedeelte van het archief vanaf 1859, in totaal zo'n 570 dozen, overgebracht naar het rijksarchief. In eerste instantie zou het archief worden geschoond en zou van de resterende stukken een plaatsingslijst worden gemaakt. Met de Maatschappij werd overeengekomen, dat de in het rijksarchief werkzame vrijwilliger drs. J. Hagen deze taak op zich zou nemen *  . Begin 1987 was de eerste schoning voltooid. In februari 1987 werd een restant van het financiële gedeelte én een gedeelte van het niet-financiële archief overgebracht, tezamen zo'n 270 dozen. De schoning hiervan werd in oktober van dat jaar afgerond *  . In november 1987 werd aansluitend daarop een derde "lading" naar Assen overgebracht, waarvan de schoning in het voorjaar van 1988 was beëindigd. Er bevonden zich toen nog archiefstukken in Frederiksoord, waaronder enkele stukken van voor 1859. Deze zijn in oktober 1988 alsnog naar het rijksarchief overgebracht, waarbij volgens afspraak sommige originelen werden gefotokopieerd en teruggebracht naar Frederiksoord. De reeds in het rijksarchief aanwezige series jaargangen van de tijdschriften De Star, De Vriend des Vaderlands en Erica werden aangevuld en voor zover mogelijk gecompleteerd met dubbele of gefotokopieerde exemplaren uit Frederiksoord.

Eind 1986 werd een begin gemaakt met de definitieve herinventarisatie en inventarisatie. De stukken van de plaatsingslijst van de heer Hagen kregen een definitieve omschrijving, waarna de omschrijvingen uit de inventaris van Beth werden aangepast. Tenslotte werden alle stukken tot één inventaris samengevoegd.

Aanvulling december 2023
Deze aanvulling bestaat uit archiefstukken die binnen zijn gekomen in 1999 en in 2012 en op een onbekende datum. Om de inventaris één geheel te laten blijven is er voor gekozen om deze stukken een logische plek te geven in de bestaande inventaris. Hieraan zijn de inventarisnummers van 3603 tot en met 3709 in oplopende volgorde toegekend.
Een archiefstuk dat hier geen relatie mee had is hieruit gelicht en toegevoegd aan het archief van de Rijkswerkinrichting. En een persoonlijke brief van Johannes van den Bosch aan de heer Heenspenk is overgedragen aan het Nationaal Archief ten bate van de collectie van Johannes van den Bosch.
Twee aangetroffen boekjes zijn opgenomen in de bibliotheekcollectie van het Drents Archief.
De stukken die waren binnengekomen in 1999 waren aangetroffen in het archief van Baron Mackay van Ophemert bij het Nationaal Archief. Het betrof hier agenda’s en lijsten van ingekomen brieven. Deze ontbraken in rubriek 2.3.05., het Archief van de Gecommitteerde der Regering. De stukken zijn ingevoegd in de betreffende omslagen.
Vijf dubbele exemplaren jaarverslagen zijn ter vernietiging geselecteerd evenals dubbele velletjes leeg briefpapier van de subcommissie te Amsterdam.
Deze aanvulling heeft een omvang van 1,10 meter en kent geen beperkingen.