Het aantal leden nam vanaf 1820 voortdurend af tot omstreeks 10.000 in 1826, op welk aantal het bleef schommelen. Het bestuur zocht de oorzaak in de ontstemming in het land wegens de overbrenging van stedelijke wezen naar Veenhuizen en vooral in de "laksheid" van de subcommissies. Vele subcommissies waren niet voldoende actief, inden geen contributie of waren nalatig met de storting ervan. Verscheidene commissies maakten geen gebruik van hun recht tot plaatsing van huisgezinnen in de koloniën. Een nieuw, uitvoerig reglement voor de subcommissies moest hier in 1830 verbetering in brengen *  .

Het bleek al spoedig, dat de oorspronkelijk gekozen bedrijfsgrootte te klein was, hetgeen minder gunstige uitkomsten op landbouwkundig gebied tot gevolg had. Men heeft te lang gewacht ' feitelijk tot 1860 ' om hierin verandering te brengen. Daarbij kwam nog dat de Maatschappij van Weldadigheid steeds in geldnood verkeerde, zodat er te weinig vee kon worden aangeschaft en er dus een tekort aan stalmest was. Voor het vee was er ook geen hooiland genoeg en moest duur hooi worden aangekocht. Door geldgebrek kon men evenmin tegenslagen als misoogsten en veesterfte opvangen *  .

De hoofdgedachte van Van den Bosch: paupers op te voeden tot landbouwers, is op een ontgoocheling uitgelopen. In het begin werd een vrij groot aantal bevorderd tot vrijboer, maar de meesten moesten spoedig weer 'gedegradeerd' worden, omdat het vrije beheer van een hoeve bij hen niet vertrouwd was. Op enkele uitzonderingen na lukte het niet om stedelingen om te vormen tot boeren. De opzending van vele lichamelijk en geestelijk ongeschikte personen werd de Maatschappij van Weldadigheid echter noodlottig. Van den Bosch probeerde de hoge onkosten van de bedelaars- en wezengestichten omlaag te brengen door er op grote schaal nijverheidsarbeid in te voeren.

Het oorspronkelijke principe om alleen door middel van landarbeid bedelaars en weeskinderen tot een arbeidzaam bestaan op te voeden, werd dus verlaten. De financiële toestand werd echter steeds slechter. Rond 1830 was de nood van de Maatschappij al zo groot, dat zij bij de regering om steun moest aankloppen. Koning Willem I verleende daarop meermalen ' bij geheime besluiten ' toelagen uit 's lands schatkist. Als voorwaarde werd echter gesteld, dat de Minister van Binnenlandse Zaken volledige inzage kreeg in de boekhouding van de Maatschappij. In 1832 werd een staatscommissie benoemd die nog datzelfde jaar verslag uitbracht over haar bevindingen *  . Vervolgens werden twee regeringscommissarissen benoemd om het bestuur van de Maatschappij te assisteren en om zich op de hoogte te stellen van de koloniale activiteiten. Hun rapport, in 1834 uitgebracht, leidde tot nieuwe, grote financiële bijdragen van het rijk *  .

Nadat bij K.B. van 5 februari 1836 een staatscommissie was benoemd, die belast was met het toezicht op de financiële gang van zaken in de Maatschappij *  , werd in 1841 een nieuwe staatscommissie benoemd die de zaken moest onderzoeken. Deze wees in haar rapport op tal van fouten, maar concludeerde dat de Maatschappij moest blijven bestaan *  . Toen de staatscommissie aan de Permanente Commissie een voorstel deed tot regeling van de (financiële) zaken van de Maatschappij, weigerde het bestuur echter mee te werken. Het was van mening, dat de staatscommissie de Maatschappij uitsluitend naar de financiële resultaten had beoordeeld en voorbij was gegaan aan al hetgeen tot stand was gebracht.

De fout lag volgens het bestuur bij de regering, die de plannen had doorkruist met de opzending van invaliden en door het wegzenden van Van den Bosch naar Nederlands-Indië *  . Nadat de staatscommissie in haar verslag aan de koning de houding van het bestuur critiseerde, verdedigde de Permanente Commissie zich in diverse pamfletten *  . Toen de regering het bestuur van de Maatschappij een nieuw contract met de Staat voorlegde, trad de Commissie van Weldadigheid per 1 januari 1843 af; het contract achtte zij "onaanneemlijk en onuitvoerlijk en in strijd met de waardigheid van de commissie" *  . Dankzij de bemiddeling van prins Frederik slaagde de regering erin om het vertoornde bestuur weer bijeen te krijgen *  .

In 1843 werd een Gecommitteerde der Regering bij de Maatschappij benoemd, die volledige inzage kreeg in de boeken en correspondentie en alle bestuursvergaderingen mocht bijwonen. Nog in datzelfde jaar werd een nieuw contract tussen de Maatschappij en de regering gesloten. Uit kracht daarvan kocht de Staat alle roerende en onroerende goederen in Veenhuizen en Ommerschans, om ze onmiddellijk weer gratis aan de Maatschappij in vruchtgebruik af te staan. De Maatschappij verbond zich 9200 personen te verplegen en tevens katoenen stoffen te blijven produceren voor het Departement van Koloniën *  .

De nieuwe financiële regeling met de regering garandeerde echter geen voorspoed. Door de beruchte aardappelziekte in de jaren 1840 gingen grote delen van de oogst verloren. Verder viel ook de opbrengst van de nijverheid tegen. De financiële nood steeg in de jaren 1850 weer zo hoog, dat de regering in 1855 opnieuw een staatscommissie instelde die een andere, bevredigende regeling met de Maatschappij moest bewerkstelligen. Deze staatscommissie bepleitte in haar eindrapport de scheiding van de vrije en onvrije koloniën, waarbij de gestichten geheel naar de Staat zouden overgaan *  . Na de nodige briefwisseling tussen de regering, het bestuur van de Maatschappij en de staatscommissie, kwamen alle betrokken partijen op 28 november 1856 bijeen. Men kwam echter niet tot overeenstemming. Dit had tot gevolg dat alle leden van de Commissie van Weldadigheid opnieuw hun werkzaamheden neerlegden. Op de eerstvolgende Algemene Vergadering werd daarop uit de leden een commissie benoemd, die als ad interim bestuur zou optreden.

Deze "Commissie Baud", genoemd naar haar voorzitter, de Minister van Staat J.C. baron Baud, heropende de onderhandelingen met de regering, die uiteindelijk leidden tot het contract van 27 december 1858 (Akte van Scheiding) tussen de Maatschappij en de regering, waarna een nieuwe Maatschappij van Weldadigheid werd geconstitueerd *  . In dat contract werd bepaald, dat het 'oude' contract van 1843 zijn geldigheid zou verliezen, zodra de nieuwe wet op het beheer van Veenhuizen en Ommerschans door de Staat in werking zou treden. Deze wet kwam op 19 augustus 1859 tot stand. De gestichten te Veenhuizen en Ommerschans kwamen op 15 september 1859 onder rijksbeheer. De eigendom van de gronden, gebouwen en roerende goederen aldaar kwam ' voor zover nog op naam van de Maatschappij ' aan de Staat, terwijl de nieuwe Maatschappij kosteloos alle eigendommen van de vorige Maatschappij verkreeg. *