De Maatschappij van Weldadigheid begon tegen het eind van 1817 gestalte te krijgen toen een aantal aanzienlijke Nederlanders een Provisionele Commissie van Weldadigheid vormden, die de voorbereidende werkzaamheden moest verrichten. Van deze commissie was Van den Bosch voorzitter *  .

In januari 1818 wendde Van den Bosch zich met een verzoekschrift tot de koning. De aanhef hiervan luidde als volgt: "Een aanzienlijk getal onderdanen van Uwe Majesteit hebben zich verenigd om een Maatschappij van Weldadigheid op te richten onder de bescherming van zijne Koninklijke Hoogheid Prins Frederik, met het oogmerk om aan de talrijke klassen van behoeftige ingezetenen arbeid te verschaffen, en zulks in de Eerste plaats door middelen van Fabrieksmatige inrichtingen en ter vervaardiging van zoodanige goederen, die geheel of grootendeels van Buitenlands worden ingevoerd, het debiet daar van te verzekeren door eene Vrijwillige overeenkomst der Leden van de Maatschappij, om Jaarlijks eene zekere hoeveelheid stoffen op deze wijze vervaardigd tegen gezette prijzen te ontvangen, ten Tweede door het ontginnen en Vruchtbaar maken van nog ongecultiveerde gronden in ons Vaderland, en daarop bij wijze van Colonisatie over te brengen zoodanige Armen die voor deze arbeid geschikt geoordeeld worden" *  .

De regering was aanvankelijk niet erg enthousiast over de plannen van Van den Bosch c.s. en gaf hiervan blijk in een advies aan de koning. Uiteindelijk was de officiële reactie deze, dat de plannen steun ontvingen mits men behoedzaam zou zijn ten aanzien van het vervaardigen van goederen ten einde bestaande industrieën niet te schaden. Zelfs zou men al voorzichtig moeten zijn met het vervaardigen van artikelen, die hier te lande werden ingevoerd. De initiatiefnemers namen deze wenken ter harte en zetten de ontginning van woeste gronden in hun programma bovenaan *  .

Van den Bosch had inmiddels zijn plannen ontvouwd in zijn "Verhandeling over de mogelijkheid, de beste wijze van invoering en de belangrijke voordelen eener Algemeene Armeninrigting in het Rijk der Nederlanden, door het vestigen eener landbouwende kolonie in deszelfs Noordelijk gedeelte". Deze verhandeling werd in 1818 uitgegeven en beleefde nog datzelfde jaar een tweede druk *  .

Op 1 april 1818 kregen de voorlopige plannen hun beslag en deze datum wordt dan ook aangehouden als het tijdstip van oprichting van de Maatschappij van Weldadigheid. Artikel 8 van het reglement omschrijft de doelstelling aldus: "Het doel der Maatschappij van Weldadigheid is hoofdzakelijk om den toestand der armen en lagere volksklassen te verbeteren, door zodanige ontwerpen die voor dezelve dienstig geoordeeld worden, ter uitvoering te brengen, inzonderheid door aan dezelve arbeid, onderhoud en onderwijs te verschaffen, en hen uit dien toestand van verbastering, waartoe deze menschen, in het algemeen, vervallen zijn, op te beuren, en tot eene hoogere beschaving, verlichting en werkdadigheid op te leiden" *  . Uit het bovenstaande blijkt dat het hoofddoel was de stichting van landbouwkolonies op woeste gronden en deze gronden te laten ontginnen door paupers, die ter plaatse gehuisvest moesten worden, teneinde hen, althans voor zover mogelijk, de gelegenheid te geven zich in de agrarische sector een bestaan op te bouwen. Het nevendoel was de opvoeding van de kinderen van kolonisten voor de 'gewone' samenleving, waarbij vooral het onderwijs van belang was.

De Maatschappij van Weldadigheid was een particuliere instelling, die zonder staatshulp te werk wilde gaan. De inkomsten zouden bestaan uit de renten van het stichtingskapitaal, de jaarlijkse ledencontributies, vrijwillige giften en legaten, de opbrengst uit de verkoop van eigen producten en uit hetgeen voor de verpleging van personen werd betaald. Een grote ledenwerfactie in het land resulteerde in 21.000 leden, die een contributie stortten van 72.000 gulden *  .

Het bestuur van de Maatschappij van Weldadigheid werd gevormd door drie commissies: de Commissie van Weldadigheid, de Commissie van Toevoorzigt en de Permanente Commissie. De Commissie van Weldadigheid, die als hoofdbestuur optrad en haar bureau in Den Haag had, was belast met alle werkzaamheden en bestond uit de voorzitter prins Frederik en twaalf leden, van wie jaarlijks twee tot "assessoren" werden benoemd. Deze laatsten moesten de voorzitter bij de uitoefening der werkzaamheden behulpzaam zijn en werden aangeduid als "eerste assessor" en "tweede assessor". Op de eerste, op 22 juni 1818 gehouden vergadering van de Commissie van Weldadigheid, werd zij verdeeld in vier afdelingen: Financiën, Correspondentie, Lopende Werkzaamheden en Onderwijs. De eerste assessor was belast met de leiding van de afdeling Onderwijs, de tweede assessor met de afdeling Lopende werkzaamheden. De laatste functie werd vanaf de oprichting vervuld door Johannes van den Bosch *  .

De Commissie van Toevoorzigt zetelde in Amsterdam en stond onder voorzitterschap van prins Willem, de latere koning Willem II. Zij was verdeeld in twee commissies, de ene belast met het controleren van de door de Commissie van Weldadigheid uitgebrachte rekening en verantwoording van inkomsten en uitgaven, de andere met de inspectie van de koloniën *  . Op de bovengenoemde vergadering van 22 juni trad de Provisionele Commissie af, maar kwam in dezelfde samenstelling terug als Permanente Commissie. Omdat de Commissie van Weldadigheid 1 of 2 maal per jaar en de Commissie van Toevoorzigt slechts éénmaal per jaar bijeenkwam, was de dagelijkse leiding feitelijk in handen van de Permanente Commissie. Belangrijke besluiten moest zij weliswaar onderwerpen aan de Commissie van Weldadigheid, maar deze maakte op haar schaarse vergaderingen zelden bezwaar.

Dikwijls zijn zeer ingrijpende maatregelen geheel op eigen gezag door de Permanente Commissie genomen. De voorzitter van de Commissie van Weldadigheid, prins Frederik, speelde eigenlijk een belangrijker rol dan de commissie zelf. Zijn advies werd geregeld door de Permanente Commissie ingewonnen. De Permanente Commissie bestond uit een voorzitter en twee leden. Als tweede assessor van de Commissie van Weldadigheid én als voorzitter van de Permanente Commissie nam Johannes van den Bosch een dominerende plaats in. Nagenoeg alle voorstellen gingen van hem uit, omdat hij doorgaans de meest deskundige was *  .

Het functioneren van de Maatschappij van Weldadigheid was dus sterk afhankelijk van de voornaamste oprichter. Het bestuur was dan ook ernstig gedupeerd, toen Van den Bosch in 1827 van overheidswege werd opgedragen om orde op zaken te stellen in de West-Indische koloniën. Van den Bosch verweerde zich tevergeefs tegen deze opdracht en vertrok in oktober 1827 naar Curaçao. In oktober 1828, drie weken na zijn terugkeer in Nederland, werd hij bevorderd tot luitenant-generaal en tegelijkertijd benoemd tot Gouverneur-Generaal van Nederlands Oost-Indië. De koning was zeer verontrust over de grote staatsschuld en zag in Van den Bosch de enige persoon om de overzeese koloniën winstgevend te maken. Toen Van den Bosch in 1829 naar Oost-Indië vertrok, benoemde het bestuur van de Maatschappij van Weldadigheid de directeur der koloniën, W. Visser, tot 'Inspecteur der Koloniën'. Hij kreeg als standplaats Den Haag, waar hij de Permanente Commissie moest assisteren. Hij moest geregeld de koloniën en gestichten bezoeken, ter inspectie en om opdrachten van de Permanente Commissie over te brengen. Ook was hij belast met het ontwerpen van reglementen en besluiten voor de koloniën, het opstellen van de begroting voor het volgende jaar en het opnemen der kassen en magazijnen in de koloniën. Tot nieuwe directeur werd J. van Konijnenburg benoemd *  .

Behalve door haar bestuur werd de Maatschappij vertegenwoordigd door plaatselijke subcommissies, waarin de contribuerende leden van de Maatschappij van Weldadigheid waren verenigd. De subcommissies werden opgericht in steden waar een 'rechtbank van eersten aanleg' was. Dit waren de stedelijke commissies. Daarnaast waren er dorpscommissies, in dorpen die onder de jurisdictie vielen van de desbetreffende rechtbank van eerste aanleg. De dorpscommissies correspondeerden met de stedelijke subcommissies, die op hun beurt correspondeerden met de Commissie van Weldadigheid. De subcommissies waren samengesteld uit het plaatselijke bestuur, de geestelijkheid en de aanzienlijke burgerij. Een eventueel aanwezig garnizoen was er ook in vertegenwoordigd; verscheidene garnizoenen hadden een eigen militaire subcommissie. De taak van de subcommissies bestond uit ledenwerving, het innen en afdragen van contributie, het inzamelen van vrijwillige bijdragen en giften, het verzorgen van de afzet van in de koloniën gefabriceerde producten en het voordragen van en voorlichting geven aan potentiële kolonisten. Met elke subcommissie hield de Permanente Commissie een lopende rekening. Voor het plaatsen van een gezin in de vrije koloniën moest door een subcommissie ? 1700 (de geschatte kolonisatiekosten) in de kas van de Maatschappij worden gestort *  .

In de eerste jaren van de kolonisatie werden te plaatsen gezinnen door de subcommissies geselecteerd op voldoende werklust en "werkvatbaarheid". Naderhand werden vele minder valide mensen naar de koloniën gezonden, die niet in staat waren door eigen arbeid geheel in hun onderhoud te voorzien. Onder de kolonisten bevonden zich echter ook personen, die wel konden maar niet wilden werken. Deze omstandigheden hebben tot tal van moeilijkheden geleid *  .

De leden van de Maatschappij van Weldadigheid, onder wie zich vele hoge ambtenaren, intellectuelen en bemiddelde burgers bevonden, hadden uitsluitend invloed op de samenstelling van de Commissie van Toevoorzigt. Zij kozen via getrapte verkiezingen de 24 leden van deze commissie *  . Behalve gewone leden waren er ook honoraire en corresponderende leden, die door het bestuur werden benoemd *  . Op 1 april 1819 bedroeg het ledental 21.187. Een jaar later was dit aantal gestegen tot 23.478, waarmee het maximum was bereikt. Daarna daalde het ledental geleidelijk *  .

De Permanente Commissie bestuurde vanuit Den Haag de koloniën van de Maatschappij, maar in de koloniën waren ambtenaren, die haar besluiten ten uitvoer brachten. Tot die ambtenaren behoorde in de eerste plaats de directeur, die het beheer over de gezamenlijke koloniën voerde, en onder wie adjunct-directeuren, onderdirecteuren en andere ambtenaren werkzaam waren. De directeur en zijn medewerkers moesten zich strikt houden aan de reglementen en voorschriften, die door de Permanente Commissie werden uitgevaardigd *  . Financieel werden zij kort gehouden. Voor elke uitgaaf moest de directeur zich wenden tot de Permanente Commissie, die dan een "mandaat" afgaf, betaalbaar bij de Afdeling Financiën, die in Amsterdam zat. Deze stroeve regeling werd noodzakelijk geacht om een nauwkeurige controle mogelijk te maken *  .

Vanaf 1 januari 1826 werden de zes vrije koloniën tot drie koloniën samengesmolten, onder gezamenlijk beheer van een adjunct-directeur, bijgestaan door twee onderdirecteuren, één voor de huishouding en één voor de landbouw en buitenwoningen. Op 1 september 1829 werd dit veranderd; toen kregen de drie gewone koloniën elk een onderdirecteur *  . De koloniën waren verdeeld in wijken van 20 à 30 huisgezinnen, waarover wijkmeesters werden aangesteld, die met het politietoezicht waren belast. Elke wijk was verdeeld in twee secties, onder toezicht van opzieners, die belast waren met het geven van onderricht in de veldarbeid *  .

Geheel in overeenstemming met de grote verwachting die Van den Bosch had van een goede discipline, waren de eerste ambtenaren grotendeels officieren en onderofficieren. Wijk- en sectiemeesters werden in latere jaren echter grotendeels gerecruteerd uit de meest betrouwbaar geachte kolonisten. Naast deze meer officiële posten werden kolonisten ingezet als koks, ziekenverplegers en waspersoneel om de kosten zoveel mogelijk te drukken *  .

De directie over de fabrieksmatige arbeid in de vrije koloniën werd op 29 september 1820 opgedragen aan de directeur van de spinnerij, die op 14 oktober 1823 werd vervangen door een adjunct-directeur der fabrieken *  .

Evenals de vrije koloniën stond ook de kolonie Veenhuizen onder beheer van een adjunct-directeur, aan wie waren toegevoegd een 'onderdirecteur-binnen' (voor de wezengestichten), een 'onderdirecteur-buiten' (voor de landbouw en de buitenwoningen) en een officier, als commandant over de veteranen en andere militairen. Het beheer in het gesticht te Ommerschans werd tot 1824 gevoerd door de genoemde officier in de functie van onderdirecteur; daarna werd een adjunct-directeur aangesteld, onder wiens bevel de officier kwam te staan *  .

De adjunct-directeur der fabrieken in de vrije koloniën was ook belast met het toezicht op de fabrieksarbeid in Veenhuizen en Ommerschans, waar de onderdirecteur de arbeid regelde. Op 21 januari 1832 werden de betrekkingen van adjunct-directeur en onderdirecteur voor de fabrieken opgeheven. Aan de onderdirecteur van de fabriek in kolonie III (Willemsoord) werd toen het toezicht op het fabriekswezen in alle koloniën en gestichten opgedragen *  .