De vroegste vermelding van poldervorming in het Noordeinde van Aarlanderveen dateert uit 1534. Op 2 maart van dat jaar deden drie scheidslieden uitspraak in een geschil tussen de buren en ingelanden van Aarlanderveen en die van Ter Aar, waarbij die van Aarlanderveen toestemming kregen om een sluis in de Aardijk te maken. Hierdoor kon een gebied van 500 morgen onder Aarlanderveen afwateren op de Aar. Een voorwaarde voor deze afwatering was het leggen van een kade om deze 500 morgen, zodat er geen andere landerijen van Aarlanderveen via de sluis op de Aar zouden afwateren. Deze kade moest door Aarlanderveen onderhouden worden. Over eventuele bemaling werd vastgesteld dat alleen met toestemming van de heer en de buren van Ter Aar een molen geplaatst mocht worden. * 

Op 27 mei 1570 kregen schout, ambachtsbewaarders en molenmeesters van het Noordeinde van Aarlanderveen vergunning van dijkgraaf en hoogheemraden van Rijnland tot het plaatsen van een molen om circa 500 morgen land te bemalen en het water uit te slaan op de Oude Rijn. *  Op 8 juli van hetzelfde jaar verklaarden dijkgraaf en hoogheemraden dat schout, ambachtsbewaarders en molenmeesters van het Noordeinde van Aarlanderveen kerkgebod hadden gevraagd om een molen te plaatsen om 750 morgen land te bemalen en een kade te leggen, aan de zuidzijde aan de Kerkvaart en aan de noordzijde aan de Aardijk. Het door de molen opgemalen water wilde men uitslaan op de Oude Rijn nabij de Gouwesluis. Tegen dit kerkgebod kwam oppositie van de schout van Zwammerdam. *  Of het verzoek tot bemaling van 750 morgen na deze oppositie is ingewilligd, is niet bekend. Evenmin is duidelijk waarom één maand na verkregen vergunning om 500 morgen te bemalen een verzoek is ingediend om 750 morgen te bemalen. Er is in ieder geval een molen aan de Oude Rijn geplaatst, waarschijnlijk dicht bij de Kortstekerpolder. Op 4 augustus 1571 kreeg de schout van Aarlanderveen vergunning van dijkgraaf en hoogheemraden van Rijnland om vijftien morgen land te bemalen door de molen van de Noordeinderpolder na een duiker door de Aardijk gelegd te hebben. *  In 1577 werden twee nieuwe molenzeilen gekocht en in 1583 werd de molen van de polder, die een oppervlakte van 750 morgen bemaalde, verplaatst van de Oude Rijn naar de Aardijk, nabij de galg van de Hoef. De reden van deze verplaatsing was een conflict tussen de Noordeinderpolder en de Kortstekerpolder, die eerstgenoemde polder belette te malen. * 

In 1583 had de polder in ieder geval de omvang die hij op het moment van samengaan met de Zuideinderpolder in 1666 ook zou hebben. De polder strekte zich aan weerszijden van het dorp Aarlanderveen uit, ook in het gebied dat sinds het begin van de 19de eeuw deel uitmaakt van de polder Nieuwkoop.

Het bestuur bestond uit de schout van Aarlanderveen en drie molenmeesters, van wie er ieder jaar één aftrad. * 

Begin 1655 ontvingen dijkgraaf en hoogheemraden van Rijnland een verzoekschrift van schout, ambachtsbewaarders, gezworenen en vier molenmeesters, zowel van de Zuideinderpolder als van de Noordeinderpolder, om beide polders te combineren. Eén van de ondertekenaars van het rekest was Gijsbert Pietersz. Sael, molenmeester van de Zuideinderpolder. Op 3 maart 1655 besloten dijkgraaf en hoogheemraden dat er te Aarlanderveen kerkgebod gedaan zou worden. Tegen dit kerkgebod kwam oppositie van de molenmeesters van de Zuideinderpolder, die zeiden te spreken namens alle gezworenen, de ambachtsbewaarder en de gezamenlijke ingelanden van hun polder. In het daaropvolgende jaar bleek dat de op 5 maart 1655 afgetreden molenmeester Gijsbert Pietersz. Sael eigenmachtig had gehandeld en door geen enkele regent van de Zuideinderpolder werd gesteund. Pas in 1666 kwam de samenvoeging van beide polders tot stand. Op 2 maart van dat jaar verschenen de molenmeesters van beide polders voor schout en schepenen van Aarlanderveen en verklaarden hun polders te willen samenvoegen. Over deze samenvoeging waren diverse vergaderingen gehouden. Vooral over de jaarlijkse omslag waren veel meningsverschillen geweest, mede omdat de molen van de Noordeinderpolder veel ouder en aftandser was dan die van de Zuideinderpolder. Toch had men overeenstemming bereikt. Op 5 juni 1666 keurden dijkgraaf en hoogheemraden van Rijnland de samenvoeging goed. *