Bij de totstandkoming van de polder in 1634 was bepaald dat de ingelanden vier molenmeesters zouden kiezen, twee uit Leiden en twee van buiten de stad. Jaarlijks zouden twee van de vier molenmeesters aftreden, waarvan één uit Leiden. De rekening moest ieder jaar op 2 februari gedaan worden in de Leidse herberg De Swan. De ingelanden waren verplicht hier te verschijnen om het verschuldigde molengeld te betalen. * 

Over een bestuurstaak voor de schouten van de drie ambachten waar de polder deel van uitmaakte wordt in 1634 niets gezegd. Uit de polderrekeningen, die sinds 1653 bewaard zijn, blijkt pas vanaf 1656 enige betrokkenheid van schouten. De schout van Leiderdorp was aanwezig bij het doen van de rekening over dat jaar en over de jaren 1657 en 1659. De rekeningen over de jaren 1660-1667 werden gedaan in aanwezigheid van de schout van Oegstgeest. De rekening over 1668 werd afgehoord en gesloten ten overstaan van de schout van Warmond, die ook bij de schouwen aanwezig was geweest. Dit werd voortaan de gewoonte, met uitzondering van de jaren 1674 en 1677, toen zijn collega's van Leiderdorp en Oegstgeest elk nog één keer bij het doen van de rekening aanwezig waren, maar niet bij de schouwen. * 

In het laatstgenoemde jaar ontstond een conflict tussen de schout en de secretaris van Warmond enerzijds en de molenmeesters of poldermeesters anderzijds over het feit dat de poldermeesters de schouw hadden gedreven zonder voorkennis van de schout en de secretaris van Warmond. Nadat de schout en de secretaris hierover bij dijkgraaf en hoogheemraden van Rijnland hadden geklaagd en gewezen hadden op de Rijnlandse voorschriften dienaangaande, kregen de poldermeesters van dijkgraaf en hoogheemraden het bevel de schouw altijd op de daartoe vastgestelde dag te doen, zodat schout en secretaris daarbij aanwezig konden zijn. Ook werd het de poldermeesters verboden vergaderingen te beleggen zonder schout en secretaris daarvan op de hoogte te stellen. * 

Voortaan was alleen de schout van Warmond betrokken bij het bestuur van de polder; de schouten van Leiderdorp en Oegstgeest speelden verder geen rol meer. Het geschil van 1677 was echter niet het laatste. Ook in 1736 en 1804 ontstonden geschillen met de schout en de secretaris van Warmond, als gevolg waarvan nadere regelingen met betrekking tot het bestuur tot stand kwamen. In 1736 leidde dit tot de vaststelling dat er ieder jaar op 6 januari een 'voorrekening' gedaan moest worden. Op deze voorrekening moesten de molenmeesters vier personen voordragen, waaruit de aanwezige ingelanden er twee zouden kiezen om de eerstvolgende twee jaar als molenmeester te dienen. *  In 1804 kwam men overeen dat de schouwen gedreven zouden worden door de schout en secretaris van Warmond en de poldermeesters. De rekeningen moesten gedaan worden ten overstaan van de schout van Warmond en door hem als secretaris van dit ambacht gesloten worden. In het zesde artikel van de overeenkomst werd gesteld dat schout en poldermeesters gezamenlijk het college vormden dat met de administratie en het bestuur van de polder was belast en dat de schout niet boven de poldermeesters stond. Zonder medewerking van de poldermeesters kon hij geen gezag uitoefenen. * 

Niet alleen als gevolg van conflicten tussen de poldermeesters en de schout van Warmond werd de bestuursregeling van 1634 in latere jaren aangepast. In 1680 verviel de verplichting om de jaarlijkse rekening binnen de stad Leiden in herberg De Swan aan de Haarlemmerstraat te doen. Dijkgraaf en hoogheemraden van Rijnland hadden het bedrag dat poldermeesters en ingelanden bij het doen van de rekening mochten besteden teruggebracht van 20 gulden tot 2 gulden en 5 stuivers. De herbergier had onaangenaam gereageerd. Naast het bedrag voor wat kleine verteringen had hij 15 gulden lokaalhuur gevraagd. Schout en poldermeesters hadden dit moeten betalen, want de herbergier liet weten 'het ongemack van de boeren niet te willen hebben' voor zo'n klein bedrag aan verteringen. Op de oude voet wilde hij wel doorgaan. Het verzoek van schout en poldermeesters om de vergaderingen voortaan te mogen houden in de herberg aan het Warmonderhek, waar zij geen kwade bejegening zouden hoeven te ondergaan en waar zij ook niet meer zouden hoeven te verteren, werd door dijkgraaf en hoogheemraden van Rijnland ingewilligd. * 

De regeling voor de verkiezing van de poldermeesters werd in 1796 nader aangevuld met bepalingen inzake het stemrecht van ingelanden en de vaststelling van een bepaling dat de jaarlijks door de ingelanden te kiezen poldermeester die niet in Leiden woonachtig was, moest wonen onder Warmond, Leiderdorp of Oegstgeest. * 

In de eerste helft van de 19de eeuw bleef het polderbestuur bestaan uit de schout (later: de burgemeester) van Warmond en vier poldermeesters. In 1853 werd een verkiezing gehouden voor een hoofd van het polderbestuur volgens een in 1850 door Provinciale Staten van Zuid-Holland vastgesteld reglement houdende provisionele bepalingen omtrent de wijze van voordracht of benoeming van leden van het bestuur van waterschappen. De ingelanden kozen de burgemeester van Warmond. In 1854 en 1856 werden volgens bovengenoemd reglement poldermeesters gekozen. Hun aantal bleef als vanouds vier. * 

Na de inwerkingtreding van het Algemeen reglement voor de polders in de provincie Zuid-Holland werd in 1858 een bijzonder reglement voor de polder vastgesteld. Voortaan bestond het bestuur uit een voorzitter en twee andere leden, onder de benaming voorzitter en poldermeesters. *