Vanaf de stichting tot 1858 werd de polder bestuurd door vier molenmeesters of poldermeesters, van wie er ieder jaar twee aftraden. Aan het hoofd van het bestuur stond de schout van Esselijkerwoude, later de burgemeester van Woubrugge. In 1726 beklaagden ingelanden en poldermeesters zich bij hoogheemraden van Rijnland over het slechte bestuur van hun polder, waardoor de kaden verwaarloosd waren. Zij weten dit aan een geschil tussen de ambachtsbesturen van Esselijkerwoude, Alkemade en Rijnsburg. De besturen van beide laatstgenoemde ambachten dreven wel bij toerbeurt de schouw, maar mochten niet de rekening doen. De schout van Esselijkerwoude, die meende dat het doen van de rekening alleen aan hem toekwam omdat zijn ambacht een groter deel van de polder besloeg dan de beide andere ambachten, bekreunde zich volgens de klagers niet om de schouw. Zij verzochten daarom dat de rekening gedaan zou worden door het bestuur dat ook de schouw had gedreven. Hun verzoek werd niet ingewilligd. Alles bleef bij het oude. Ook toen de Vrouwen Ven in 1817 bij Alkemade was gevoegd, waardoor meer dan de helft van de polder onder Alkemade viel, bleef de burgemeester van Woubrugge voorzitter van het polderbestuur. * 

Na de inwerkingtreding van het Algemeen reglement voor de polders in de provincie Zuid-Holland werd in 1858 een bijzonder reglement voor de polder vastgesteld. Voortaan bestond het bestuur uit een voorzitter en twee leden, allen gekozen door stemgerechtigd ingelanden. *