De oudste vermelding van een molen dateert uit 1486, toen de prior van het klooster Engelendaal en de ingelanden 'onder de molen' in het ambacht Leiderdorp van hoogheemraden van Rijnland vergunning kregen een watermolen te plaatsen in een polder van ongeveer 170 morgen. *  Uit de term 'ingelanden onder de molen' zou men kunnen concluderen dat er op dat moment al een molen bestond. In ieder geval werd sinds 1486 een polder van ongeveer 170 morgen bemalen. Later nam het door de 'Munnikkenmolen' bemalen gebied toe. * 

De molen stond eerst achter het klooster Engelendaal. *  In 1566 werd hij verplaatst naar de Dwarswatering. *  In 1834 werd de op dat moment bestaande wipmolen vervangen door een nieuwe wipmolen. Nadat deze molen was afgebrand, werd in 1890 de thans nog bestaande wipmolen gebouwd. * 

In 1959 werd naast de molen een door een dieselmotor aangedreven elektrische hulpbemalingsinstallatie gebouwd. *  De molen werd in 1964 verkocht aan de gemeente Leiderdorp. *  Sinds 1967 werd een gedeelte van de polder bemalen door het gemaal van de Zijllaan- en Meijepolder. *