In 1485 kregen de inwoners van Koudekerk vergunning om een polder van ongeveer 600 morgen in de Lagenwaard te bemalen. Gezien de oppervlakte van de latere Lagenwaardse polder (331 morgen) en de latere Hondsdijkse polder (447 morgen en 200 roeden), ligt het voor de hand te veronderstellen dat de 600 morgen die in 1485 bemalen mochten worden zich over het gebied van de beide latere polders uitstrekten. Drie later was er een conflict tussen Gerrit van Poelgeest, ambachtsheer van Koudekerk, en de gemene buren (d.w.z. de inwoners) van dit ambacht over een molen die op verzoek van beide partijen en met toestemming van hoogheemraden van Rijnland was geplaatst en via de gracht van Gerrit van Poelgeest uitwaterde op de Oude Rijn. Waarschijnlijk was deze molen identiek aan de in 1485 genoemde molen, maar het staat in ieder geval vast dat in 1488 sprake was van de molen van de Hondsdijkse polder, die toen ook nog de latere Lagenwaardse polder bemaalde. De molen stond in het midden van de polder en sloeg zijn water via een lange voorboezem uit op de Oude Rijn. Op deze voorboezem kwam ook de waterpartij van het huis Poelgeest uit. De afloop van het conflict is aan het begin van de inleiding al beschreven. De molen bleef staan en diende na de afscheiding van de Lagenwaardse polder in 1509 uitsluitend als molen van de Hondsdijkse polder. * 

In de loop van de 16de eeuw of de eerste helft van de 17de eeuw zal deze molen ongetwijfeld wel eens vervangen zijn. In ieder geval weten wij dat in 1657 in Amsterdam een achtkante molen werd aangekocht. Hij kostte fl. 4097 en met alle bijkomende kosten waren de ingelanden van de polder in totaal ruim fl. 4909 kwijt. *  Lang plezier had de polder niet van deze molen. In 1693 brandde hij af, waarna het polderbestuur een molen van de stad Leiden kocht. Deze achtkante molen, die aan de Slaghsloot buiten de Marepoort had gestaan, was aanzienlijk goedkoper dan de in 1657 gekochte molen, namelijk fl. 1075. * 

De in 1693 gekochte molen ging langer mee, maar in 1955 was restauratie toch noodzakelijk geworden. Hoewel de provincie Zuid-Holland bereid was een financiële bijdrage in de kosten te leveren en het werk door het polderbestuur al aan een molenmaker was opgedragen, besloot een meerderheid van stemgerechtigde ingelanden in maart 1958 de restauratie voorlopig niet uit te voeren en het bestuur op te dragen een onderzoek uit te laten voeren naar plaatsing van een dieselgemaal. Hoewel het bestuur deze gang van zaken betreurde, werd dit besluit uitgevoerd. In december 1958 besloten stemgerechtigde ingelanden tot stichting van een machinale hulpbemaling. Daarna zou de molen alsnog gerestaureerd worden. In 1959 werd dicht bij de molen een dieselgemaal geplaatst. Dit gemaal functioneerde naar volle tevredenheid, zodat stemgerechtigde ingelanden in 1960 besloten de molen buiten gebruik te stellen. Van restauratie kwam voorlopig niets. In 1966 werd de molen verkocht aan de Rijnlandse Molenstichting, die zich verplichtte de molen te restaureren, zij het niet in maalvaardige staat. * 

Sinds 1867 bemaalde de Hondsdijkse molen ook de Kooipolder, een ten noordoosten van de Hondsdijkse polder gelegen poldertje van ongeveer 26 hectare in de gemeente Woubrugge. *  Zoals hiervoor al vermeld, werd de Kooipolder in 1942 met de Hondsdijkse polder verenigd. In 1947 werd deze 'bezettingsmaatregel' om formele redenen ingetrokken en meteen weer opnieuw vastgesteld. *