In het voorjaar van 1657 vroegen de poldermeesters van de Floris Schoutenpolder aan dijkgraaf en hoogheemraden van Rijnland toestemming om de molen van hun polder, die aan vernieuwing toe was, te verplaatsen en daarvoor nieuwe molensloten te graven. Op 7 april 1657 verleenden dijkgraaf en hoogheemraden de gevraagde vergunning. Een jaar later, bij de vereniging van de Floris Schoutenpolder en de Vrouwenpolder, werd bepaald dat de gecombineerde polder bemalen zou worden door de nieuwe molen van de Floris Schoutenpolder. * 

In april 1726 brandde de molen, die zijn water uitsloeg op de Sassenheimervaart nabij de ringsloot van de Lisserpoelpolder, geheel af. De bemaling van de polder werd tijdelijk overgenomen door de molen van de Warmonderdampolder. Hiertoe werd een duiker door de Zandsloot gelegd. Reeds een maand na het afbranden van de molen vond de aanbesteding plaats van de bouw van een nieuwe molen, een wipmolen, staande op het fundament waarop de afgebrande molen gestaan had. De verbindingsduiker door de Zandsloot, die na het gereedkomen van de nieuwe molen overbodig geworden was, werd in 1730 opgeruimd. * 

In 1927 werd de molen gesloopt en vervangen door een ruwoliemotor (dieselmotor), die het bestaande scheprad aandreef. *  Vanaf 1 januari 1928 werd ook de Kooipolder door het nieuwe motorgemaal van de Floris-Schouten-Vrouwenpolder bemalen. Om het water van de Kooipolder naar de Floris-Schouten-Vrouwenpolder te voeren werd een duiker door de Kooisloot gelegd. *  In 1942 werd het door een dieselmotor aangedreven schepradgemaal vervangen door een elektrisch vijzelgemaal, dat ongeveer 150 meter westelijker stond. *  In 1951 werd de oude bemalingsinstallatie verkocht. *